食品是人类生存最基本的必需物质。然而，现代科学技术的快速发展，在大规模开发利用资源的同时也导致了严重的环境污染，使食品安全问题日益突出。为了保障人们的食品安全和生命健康，有识之士开始对农业生产模式和农业生产技术体系进行反思。有机农业就是在这一背景下出现的一种选择，这是一种能够生产安全食品的农业生产模式。
随着人们对生态环境和食品安全的关注，国内外有机产业得到了飞速发展，全球性的有机市场前景十分广阔，越来越多的生产者、加工者、流通者转入有机生产、加工与销售，以满足市场对有机产品的需求。有机产业作为资源节约型、环境友好型的发展模式，以健康、生态、公平、关爱为发展理念，遵循自然生态系统原理，将可持续思想贯穿于有机产品生产的全过程，在保护生态环境的前提下，促进农业转型升级、提质增效。
有机农业自提出至今已有近百年历史。我国对有机农业的研究从20世纪80年代，开始有机食品的生产和开发。2003年以后，有机农业进入规范化发展阶段。随着国内外有机产品市场的不断增长，社会对与有机农业相关的技术支撑与职业培训需求也不断增加。2005年，欧盟资助的亚洲链接项目“全球背景下的有机农业”启动，由四所欧盟大学，他们是意大利都灵大学，意大利图斯卡大学，德国波恩大学，荷兰瓦赫宁根大学和四所中国大学(中国农业大学，浙江大学，青海大学畜牧与兽医学院，东北农业大学)共同执行。项目旨在借助欧洲有机农业领域的经验，帮助中国的大学建立有机农业领域的核心课程。
中国有机农业经过从自由到自觉发展，从无序到有序发展的过程，已经由松散的民间行为转向为政府的鼓励和引导;有机标准等一系列法律法规和监管制度的实施，标志着有机农业开始进入规范化、法制化发展的轨道。
20世纪70年代以来，越来越多的人注意到，现代常规农业在提高劳动生产率、提高粮食产量的同时，由于大量使用化肥、农药等农用化学品，使环境和食品受到不同程度的污染，自然生态系统遭到破坏，土地生产能力持续下降。为探索农业发展的新途径，各种形式的替代农业，如有机农业、生物动力学农业、生态农业、持久农业、再生农业及综合农业等概念应运而生。它们虽然名称不同，但其基本原理与思想都是相同或相近的，都是将农业生产建立在生态学基础上而不是化学基础上，也可以说它们是替代农业的不同流派。有机农业就是在常规农业出现一系列危机的情况下，诞生的一种替代农业模式。
1909年，美国农业部土地管理局局长金，途经日本来到中国，他考察了中国农业数千年兴盛不衰的经验，并于1911年写成《四千年的农民》一书。书中指出中国传统农业长盛不衰的秘密在于中国农民勤劳、智慧、节俭，善于利用时间和空间提高土地利用率，并以人畜粪便和一切废弃物、塘泥等还田培养地力。该书对英国植物病理学家霍华德影响很大，他在金的基础上进一步深入总结和研究中国传统农业的经验，于20世纪30年代初倡导提出了有机农业，并由英国土壤学会首先实验和推广，并编著了《农业圣典》一书，推崇中国及其他东方各国重视有机肥的经验。
美国农业部的官员在全面考察了有机农业之后，1980年给有机农业下的定义是:“一种完全不用或基本不用人工合成的肥料、农药、生长调节剂和畜禽饲料添加剂的生产体系。在这一体系中，在最大的可行范围内尽可能地采用作物轮作、作物秸秆、畜禽粪肥、豆科作物、绿肥、农场以外的有机废弃物和生物防治病虫害的方法来保持土壤生产力和适耕性，供给作物营养并防止病虫草害。”尽管该定义还不够全面，但它描述了有机农业的主要特征，规定了有机农业不能做什么和应该怎么做。
我国国家质量监督检验检疫总局和中国国家标准化管理委员会于2012年3月实施的《有机产品》标准对有机农业的定义是:遵照特定的农业生产原则，在生产中不采用基因工程获得的生物及其产物，不使用化学合成的农药、化肥、生长调节剂、饲料添加剂等物质，遵循自然规律和生态学原理，协调种植业和养殖业的平衡，采用一系列可持续的农业技术以维持持续稳定的农业生产体系的一种农业生产方式。
以上对有机农业定义的表述虽然各有差异，但主要的内容是相同的。即有机农业是遵循可持续发展的原则，在农业生产中采用符合标准要求的生产投入品与技术，保护生态环境，保障农产品质量安全，保护人类身体健康。