1.触礁理论
有人认为，船舶出事是由于触礁。但是根据探测，百慕大地区海域的海底山脉，最高离海面也仅仅60多米，所以触礁的可能性可以说是微乎其微。更何况飞机在空中事故的许多情况与触礁又有什么关系呢？这该如何解释？
2．飓风假说
有的科学家曾提出这样的理论：百慕大三角区因为离赤道比较近，距离赤道越近的地区，天气的变化就越为剧烈。从北方吹来的冷空气同赤道的暖气流在百慕大三角地区相汇。因为气压相差特别大，所以极易形成飓风，在这种条件下，即使是天朗气清的好天气，也会突然变得风起云涌，甚至刮起很大飓风，这种风云变幻的天气是不可能预测到的。因此，航行经过此地的船舶或飞机都会遭遇这种不利的局面。这种天气的变化范围不是很大，如果在海面上发生的话，到达不了海岸就容易消失，人们也就不易察觉。
3．龙卷风假说
龙卷风是积雨云中伸下的猛烈旋转的漏斗状云柱。发生于直展云系底部和下垫面之间的直立空管状旋转气流，它是一类局地尺度的剧烈天气现象。有人认为，百慕大常常发生龙卷风，由于冷、暖气流突然相遇，在强烈的阳光作用下形成的旋转气流。当船舶和飞机遇上龙卷风，就会被卷得无影无踪。一位曾在百慕大三角海区遇到过飓风的船长说：“当时，大海的波涛汹涌是难以言表的。浪涛翻滚，您会遇到二、三十米高的水墙直挺挺地朝您倒下，也许船只被卷进大浪里，就再也挣扎不起来了”。这段描述说明了遇到飓风的可怕情景。
一位在百慕大三角海区失踪事件中侥幸生存的海员，也讲述了当时遇到风暴时的惊心动魄情景：1973年3月，一艘排水量为13000吨的运煤船，航行至新泽西州麦因角岛东南150海里处失踪了。在救援搜寻中，在根尼角岛以东300海里处，发现了一名黑人海员骑在一块木板上漂流。据他说，他们的船舶遇上了强大的风暴，舱盖被风掀掉了，海水涌满了货舱，仅仅5分钟以后，船就沉没了，除了这位黑人海员外，所有的人都葬身大海了。
根据上面二人的描述，估计只有海龙卷才会有如此巨大的破坏力。所以在海上航行的船舶，如果遇到海龙卷是难逃活命的。当然这种天气必须是偶然的，不能把它当成作一切失事的理由。
4．海水漩涡理论
漩涡作为一种不太常见的海水现象，通常是由相反的水流或流入障碍物的水流所产生的旋转水体。例如我们在生活中会看到，排水时抽掉浴池或者水槽中的盖子，水体中会出现一股细小的漩涡。如果这个时候在上面放上一点细小的碎渣，便可以看到由水流运动产生的漩涡会将碎渣吸入，最终消失在下水管道中。漩涡放在海洋中则是一种十分强大的水体运动现象。这种漩涡往往是潮汐运动引起的，在不少故事中都有描述这种漩涡如何危险。
据太空卫星发现，百慕大海域曾出现过巨大的漩涡，专家们分析，这巨大的海水漩涡有如一面巨大的凹透镜。当阳光充足（一般发事时都是风平浪静之后突然狂涛巨浪）且漩涡形成时，它就会反射太阳光而聚焦于一点，当有飞机此时经过“水凹镜”焦点时，便会化得无影无踪，轮船遇上也会遭殃。前苏联的物理学家们做了一个有趣的试验，他们在一个澡盆里盛满水，然后用木棒搅动使水起漩涡，再用一束特殊强光以60～70度的入射角射入，这时，奇迹出现了：一张悬在澡盆上的薄纸，霎间燃烧起来。这是利用凹面镜聚焦点使物质燃烧。
科学家们推测：如果漩涡直径为1公里，阳光聚焦点直径就有1米多，温度可达上万摄氏度，而魔鬼三角里的漩涡直径大多为200公里，甚至上千公里，寿命长达60多天，焦点直径可达几百米至上千米，其温度足以使不幸闯入其中的飞机、舰船顷刻熔化，即使是稍一靠近，也能引起爆炸和燃烧。这种假说似乎有一定道理，但为什么一点残留物也没有？为什么会有磁异常？漩涡又是什么原因形成的？有何条件等，这种假说本身并没有能充分给出解释，这种假说似乎只揭示了某些现象而没有完全揭示本质。
5．反旋风和下沉涡流理论
还有人认为，在百慕大三角海区有反旋风和下沉的涡流，这也是导致船舶、飞机失事的因素。反旋风在水下形成有力的漩涡可以把船、飞机等卷进去。有一位水文学家说，波多黎各海岸在冬季北风强烈时期，由于内波的影响，从大海表面到海底能够产生一股强大的向下的海流，好似一条海下瀑布，这股海流的流速有时极快，就形成巨大的漩涡，像一个巨大的漏斗，会把经过这里的船只一下子吸进去。
6．大自然激光理论
还有一种理论：百慕大三角海区发生的奇妙事件，可能是一种自然激光的现象。
激光这一概念的理论起源于物理学家爱因斯坦，他于1917年提出了“光与物质相互作用”这一理论。在某种状态下可以以弱光来激发出强光。这也是钱学森教授建议将“镭射”改名为“激光”的原因。由于爱因斯坦的理论十分超前，且在上世纪初的科技水平还不甚发达，所以激光在很久之后才得以面世。科学家们根据人造激光马上就预言了自然激光的存在。宇宙中的自然激光不仅存在，而且还种类繁多。自然激光一般来源于强烈的紫外线，紫外线照亮了环绕星星的气态尘埃云中的氢原子，使他们成了激发态。激发态的氢原子被恰当波长的红外光照射。就会受激辐射吐出同样波长的红外线，也就形成了自然激光。
激光虽然是一种光，但它与普通光截然不同，它有很多特性。例如，激光具有高亮度和高定向性，它可以把光能在时间和空间上高度地集中，从而产生高达几千万度以上的温度，能使任何一种物质在一瞬间化为一缕“青烟”。这是激光最大的威力。激光是激光发射器中发射出来的。
有些人认为，百慕大三角海区，船舶、飞机失事经常发生在天气晴朗的时刻，是因为在万里无云的晴空，太阳是激光的强大辐射源，平静的海面和大气上层好似两面巨大的反射镜，高空的强烈气流起着操纵机构的作用，这些条件则构成了一个巨大的激光发射器，它可以射出巨大的激光束，产生强大的威力。激光辐射流可引起局部地区天气骤变，海面升起浓雾，海水翻腾，出现磁暴、无线电通讯受到严重干扰等现象，航行的船舶或飞机若是进到激光束中，就会被化作一缕青烟。
7．海底裂缝理论
科学家们研究发现，在深邃的海底，藏着多处巨大的裂缝，海洋像一个有裂缝的盆一样，不停地向外渗水。据专家研究发现，这些裂缝每年要渗出30亿吨的海水。这些裂缝中最有名的当属隐藏在马里亚纳海沟深处的裂缝，这也是地球上最深的海洋裂缝。马里亚纳海沟是地球最深的的地方，深度超过10000米。
关于百慕大三角海区之谜，有些科学家认为，百慕大三角区奇异事件发生的原因与也海底地形有关。他们设想该地区的海底，地壳可能有宽大的裂缝，像马里亚纳海沟一样。由于地壳内部地心部分是高热的液态岩浆，沉重的地核在液态岩浆里“漂浮”运动着。在太阳和月亮的引力作用下，地核往往会朝地壳薄弱的方向运动，以强大的压力将熔融的岩浆压向地壳有裂缝或开口的地方，于是岩浆就从这些地方喷发出来，这就是火山爆发和造山运动。当地核退去后，地壳往往下陷，有时会产生“吸入作用”。如果海底地壳有裂缝或开口处，遇到上述情况，就会发生海底火山爆发或海啸。当地核退去时，大量海水会以很高的速度被吸进海底裂缝，于是就产生飓风和磁暴，这也许是使船舶飞机失事的一个因素。
有人认为，在海底地壳的裂缝中不断冒出大量的气体溶解于海水中，海洋底层含有大量气体的水被上层水沉沉地压着，就好像一瓶被盖子严严盖住的汽水。一旦海洋上层压力减小，就像把汽水瓶盖打开那样，下层水中的大量气体就拼命往上冲，因而升起浓浓的泡沫来，假如船只刚好通过泡沫最厉害的地区，就一定会在泡沫中下沉。而当泡沫冲出海面，就会形成茫茫的白雾，飞机飞进这样的白雾里，自然就会迷失方向，坠向大海。
关于地壳裂缝冒气的说法，并不能解释船舶与飞机上导航仪器失灵的现象，以及为何会有漂泊在海面上的空船。这或许只是导致百慕大三角区船舶、飞机失事的因素之一。
8．黑洞理论
黑洞是物理学中已知的密度最大、最神秘的天体，潜伏在宇宙之网上每一个活跃的星系中。它是广义相对论中第一个可以精确求解的系统，最初只是作为一种理论构想而被提出。然而，黑洞被某种视界遮盖，这种视界与宇宙学中的宇宙视界相似。它虽看不见，却能吞噬一切物质。不少学者指出，出现在百慕大三角区机船不留痕迹的失踪事件，颇似宇宙黑洞的现象，舍此便难以解释它何以刹那间消失得无影无踪。
9．超时空理论
超时空状态又称无时空状态，是一种绝对的虚无状态。这个状态下的宇宙没有时间和空间。一般情况下，人类所存在时空是一个连续的系统，其间所有物质、能量和时间都是连续的。而在超时空状态下，没有时间和空间而存在，是绝对虚空状态。 根据相对论的假说，时空对于物体的运动速度具有相对性，假设当某一物体运动速度超过真空中的光速时，时间会停止，宇宙有可能会达到超时空状态。
1991年，一架波音727客机从东北方接近迈阿密机场。机场塔台正以雷达跟踪飞机，飞机突然从屏幕上消失，10分钟后又安全降落。塔台人员登机检查，发现机上人员的手表与仪器上的计时器，都比正确的时间晚了10分钟！科学家认为：在磁气涡动中，多维空间与我们存在的三维空间出现交集。有的交集比较大，所以船舰进入多维空间便告消失，有的交集小，在短暂的消失后，又回到我们的时空里来。
10．月球引力理论
我们时常能能感受到月球引力的存在，因为大海每天都会出现两次潮汐，一次涨潮，一次落潮，这都是月球引力造成的。月球与地球的距离太近了，以至于月球能将地球表面的海水拖向自己——它的引力令海水上涌，形成潮汐。事实上，月球不仅吸引地球上朝向它那一侧的海水，还吸引着所正对的地球表面。随着地球的近月表面被拉扯，地球背面的水面也会相应地涌起。些天体物理学家认为：那些飞机和船只失事的日子，正好是新月或满月（望、朔），这时月亮、地球和太阳处在一条直线上，引潮力最大，于是引起地球磁场扰动，从而使飞机船只的导航设备失灵，造成失事。
11．海底大洞理论
不仅是陆地上有各种各样的洞穴，神秘的海底也有大洞穴。世界上最大的海底洞穴“巴哈马大蓝洞”就位于洪都拉斯伯利兹海岸附近，邻近灯塔礁，是一个水下陷洞。大蓝洞外观呈圆形，直径约为 304 米，深约 122 米。洞中都是奇形怪状的钟乳石和石笋，有的像香蕉，有的像水壶，可谓千姿百态，组成了一个神奇的迷宫。洞壁上长满了各种海绵，洞里有青花鱼嬉戏悠游。因为大蓝洞的全部洞穴都淹没在水下，直通大海，所以大家又叫它“无底洞”。大蓝洞形成于海平面较低的冰河时期，后来因为海水上升，洞顶随之塌陷，于是变成水下洞穴。现在的大蓝洞已经成了一个名闻遐迩的潜水胜地。每年平均有20人死于洞穴潜水，堪称世上最危险的新领域之一。
有的科学家认为，百慕大三角海区下面也有一个海底大洞，海水从这里流进去，穿越美洲大陆，然后在太平洋东南部的圣大杜岛海面重新冒出来。1980年1月，瑞典学者阿隆森用一部电脑和5万公升鲜红的水，给各国的地质学家作表演，引起了轰动。联合国的一位官员甚至认为，这个地球上最神秘的自然之谜已经揭开。
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