建立和发展农民专业合作组织，不仅是补齐农业农村短板，推动农业现代化的前提，也是全面实施乡村振兴战略的重要方式之一。农民专业合作经济组织有效解决了农户缺乏组织领导、收益不稳定、生产规模小、难以适应市场需求等问题，以合作的形式将分散的农民组织在一起，使生产、经营、销售达到一定规模，确保农产品以稳定的质量和数量进入市场，既降低了农产品的市场风险和质量成本，又提高了市场竞争力，增加了农民的经济收入。然而其在发展过程中也面临着许多挑战，诸如合作社成员覆盖面不广、发展规模小、经营管理不规范等问题，使得农村合作组织的健康发展受到了影响和制约：
思想观念落后
目前，大多数的农民专业合作经济组织的发展具有自发性的特点,由于文化水平有限、缺乏专业技术知识，经营和管理几乎完全靠经验和运气，不懂得按照科学管理组织生产，而专业人才的缺乏成为制约其快速发展的“瓶颈”。主要原因在于：
一是已制定法律规定得不到很好的贯彻实施，例如《农民专业合作社法》、财政部、农业农村部印发的关于《农民专业合作社财务制度》的通知，许多合作社成员,包括合作社的负责人对这些法律规定都不太了解，其对合作社的保护力度、支持和促进的作用还认识不清；
二是一些基层干部在观念上没有对农民专业合作组织形成正确认识，对发展农民专业合作经济组织的重要性、必要性缺乏足够的了解，他们认为农民专业合作组织是农民的事儿，应该由农民“自我发展、自我管理、自我监督”，由农民自己来管；
三是农民由于文化水平受限，对农民专业合作社的基本含义和概念认识不清，对合作组织的性质、地位、作用尚不清楚，认为有钱挣就行，发展具有一定的盲目性，致使专业合作社发展不足、运行不规范和发展不平衡；四是合作组织建立和发展还处于摸索阶段，缺乏具有全国代表性、典型性和示范性的农民专业合作社，而且对农业生产和农民的致富带动作用发挥不明显。需要指出的是，目前还尚未建立完善规范的高层次职业农民协会评选机制，对高层次职业农民协会的优惠政策和扶持资金很少，限制了示范协会的发展，阻碍了农业现代化的发展进程。
资金短缺
一是合作组织的发展的总体上呈现 “大群体、小规模”特征。虽然无论在登记成立的数量上,还是参与组成社员的数量上都迅速增加，但是个体规模还是普遍偏小，还有一部分是“空壳社”，没有发展实力，跟不上市场经济的发展要求、不符合农民的意愿；二是覆盖面较小，经营领域偏窄，主要集中在种养殖领域，涉及到信息服务、文化旅游、农副产品加工等第三产领域参与的农户比例不高；三是在发展壮大的过程中尚未打破地域的局限，缺少形成跨县市、跨行业的的农民经济合作组织，基本上局限于本村或者本镇范围，以自我活动为主，彼此之间缺乏沟通和交流，专业合作组织的总体服务功能在某种程度上被削弱。
究其主要原因：部分村级集体经济薄弱，生产要素没有得到有效地组织和分配，导致生产效率低下；资金和信贷支持的缺乏，阻碍了合作经济组织的技术升级和大规模的现代化发展。
运行机制不规范
一是部分农民专业合作经济组织的章程制订不标准。例如条款规定不完整、刚性不强、内容不严谨等，甚至有的农民专业合作经济组织成立之初就没有制定章程；二是组织机构不健全，大部分农民专业合作经济组织虽然都能做到严格按照规定的流程进行注册登记，但是他们往往忽视建立规范的合作组织内部运营管理机制。例如相当一部分的农民专业合作经济组织几乎没有设立理事会和监事会等机构,有的即使设立了也没有真正发挥作用；三是内部管理制度不完善，运行和管理随意性较大，日常工作由某个人或某几个人决定，决策缺乏科学化、民主化，致使合作社组织的凝聚力不强，其功能也没有得到充分发挥。
此外一些农民合作组织没有形成真正的利润分享和风险共担机制，出于经济利益考量，一些社员只想通过合作组织分享利益，不愿意承担相应的义务。
支持力度不够
一是政出多门影响政策效果发挥。虽然农民专业合作组织的发展得到了各级政府的大力扶持，但是由于多头管理、缺少专业的协调领导机制，使得合作社在寻求政策支持方面举步维艰，并且各部门之间没有建立有效的沟通机制，各部门在制定各项政策时缺乏通盘考虑，使得出台的各项政策缺乏整体性和协调性，致使要么在有些领域重复落实优惠政策，要么在某些薄弱环节出现空白，在一定程度上削弱了政策扶持效果。例如以县级为例，农牧业局、乡村振兴局、财政局、林业和草原局等，各部门之间没有形成统一的综合协调领导机制。
二是政策支持方式手段较为单一。目前政府对合作社的政策支持的主要分为两种方式：一种是一次性的资金拨付，拨付到位即算是完成扶持，对后续资金的使用情况、取得效果如何缺少监督；另一种是项目支持，重点是设施农业和新农村建设。总的来说，这两种支持方式相对来讲还是比较简单的，既没有起到资金扶持的 “杠杆”作用，也缺少对合作社支持措施的整体考虑。
三是配套政策跟不上。虽然各级政府相继出台多项扶持发展政策，包括土地流转、税收优惠、信贷、保险担保等，但是这些政策要么存在缺位有空白点，要么虽然出台了政策，但不符合实际情况，实际操作执行中难以真正落实到位。例如大多农民专业合作社因为规模小,原始积累不足，缺乏可供抵押的资产，普遍存在*款贷**难的问题，但却没有有效的解决办法。
四是政策执行机制存在偏差。政府对合作组织的支持，首先应该考虑到的是为其平等发展提供支持平台，尤其是要对合作社发展的薄弱环节加以扶持。换个角度讲，政策扶持要有普惠性，至少是所有的合作社有获取支持的公平机会，另外还要考虑对合作社的支持要有针对性，不能“眉毛胡子一把抓”，要有所差异。但是实践中，规模大的合作社得到了更多扶持机会，而由农户组建的小型合作社往往却很难得到扶持，而且政府在对合作社的支持上缺乏针对性，未能相应出台更具针对性的支持政策。
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