存货的涉税问题主要集中在两个税种：增值税和企业所得税
1、存货暂估入库
企业对于已验收入库的存货，但正式商业发票尚未收到，企业在资产负债表日合理估计存货的入库成本。在年内企业可以按存货账面金额进行所得税预缴，但是到年终至企业所得税汇算清缴这段时期，若存货的暂估入库仍有没有取得发票的部分，则问题来了。
《国家税务总局关于企业所得税若干问题的公告》国家税务总局公告2011年第34号第六条、关于企业提供有效凭证时间问题：企业当年度实际发生的相关成本、费用，由于各种原因未能及时取得该成本、费用的有效凭证，企业在预缴季度所得税时，可暂按账面发生金额进行核算；但在汇算清缴时，应补充提供该成本、费用的有效凭证。
《企业所得税税前扣除凭证管理办法》国家税务总局公告2018年第28号第六条、企业应在当年度企业所得税法规定的汇算清缴期结束前取得税前扣除凭证。
如果说上述情景都分析全了，暂估无票成本需要调增，怎么一个调法呢？
例：某企业2018年度采购原材料500万元，其中100万元原材料尚未取得发票，存货计价方式为加权平均。年末，原材料余额为50万元，领用并生产原材料450万元（其中在产品50万元，产成品50万元，主营业务成本350万元）。所得税汇算清缴结束前，并未取得税前扣除凭证。
解决A、最常见的100万元原材料全额调增（简单、清晰，税务局非常容易接受）
解决B、因为全年采购500-100（暂估）=400万（发票）>主营业务成本350万元，都是有发票滴，企业喜闻乐见的当然不想调整。
解决C、 调增 50×350/500=35万元，沟通并且解释的通，并且取得税务的认可是个大课题，但是是控制企业税务风险的一个思路。
2、存货在公司组织间的调拨
这个，没有买过一次教训还真不容易引起重视。
《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》第四条：单位或者个体工商户的下列行为，视同销售货物：（三）设有两个以上机构并实行统一核算的纳税人，将货物从一个机构移送其他机构用于销售，但相关机构设在同一县（市）的除外。
同一法人的不同分支机构采取独立纳税的情况下，为保证增值税链条的完整性，在分支机构之间调拨货物应当开具增值税专用发票，缴纳税金。如果总、分机构是一般纳税人，税负还不会有明显的提高。如果总公司是一般纳税人，分公司是小规模纳税人或者说总、分公司都是小规模纳税人，公司的总体税负就会大幅提高。
3、存货的视同销售
a、视同销售，缴纳增值税
《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》第四条：单位或者个体工商户的下列行为，视同销售货物：（四）将自产或者委托加工的货物用于非增值税应税项目；（五）将自产、委托加工的货物用于集体福利或者个人消费；（六）将自产、委托加工或者购进的货物作为投资，提供给其他单位或者个体工商户；（七）将自产、委托加工或者购进的货物分配给股东或者投资者；（八）将自产、委托加工或者购进的货物无偿赠送其他单位或者个人。
b、视同销售，缴纳企业所得税
《中华人民共和国企业所得税法实施条例》第二十五条企业发生非货币性资产交换，以及将货物、财产、劳务用于捐赠、偿债、赞助、集资、广告、样品、职工福利或者利润分配等用途的，应当视同销售货物、转让财产或者提供劳务，但国务院财政、税务主管部门另有规定的除外。
在企业所得税汇算清缴中，视同销售金额将计入"销售收入"中，同时也是业务招待费、广告费和业务宣传费支出扣除限额的计算基数
4、存货损失
a、增值税
《中华人民共和国增值税暂行条例》第十条 下列项目的进项税额不得从销项税额中抵扣：（二）非正常损失的购进货物，以及相关的劳务和交通运输服务；（三）非正常损失的在产品、产成品所耗用的购进货物（不包括固定资产）、劳务和交通运输服务；
如果存货损失是因为管理不善造成被盗、丢失、霉烂变质的损失,违反法律法规被依法没收、销毁、拆除的情形，则属于非正常损失，其进项税额不可以抵扣。反之，不在上述范围内的损失属于正常损失(自然灾害、已过保质期、商品滞销或被淘汰)，其进行税额可以抵扣。
b、企业所得税
《中华人民共和国企业所得税法实施条例》第三十二条企业所得税法第八条所称损失，是指企业在生产经营活动中发生的固定资产和存货的盘亏、毁损、报废损失，转让财产损失，呆账损失，坏账损失，自然灾害等不可抗力因素造成的损失以及其他损失。
企业发生的损失，减除责任人赔偿和保险赔款后的余额，依照国务院财政、税务主管部门的规定扣除。
《关于企业所得税资产损失资料留存备查有关事项的公告》国家税务总局公告2018年第15号，第一条企业向税务机关申报扣除资产损失，仅需填报企业所得税年度纳税申报表《资产损失税前扣除及纳税调整明细表》，不再报送资产损失相关资料。相关资料由企业留存备查。
《国家税务总局关于发布〈企业资产损失所得税税前扣除管理办法〉的公告》（国家税务总局公告2011年第25号）第二十六条存货盘亏损失，为其盘亏金额扣除责任人赔偿后的余额，应依据以下证据材料确认：（一）存货计税成本确定依据；（二）企业内部有关责任认定、责任人赔偿说明和内部核批文件；（三）存货盘点表；（四）存货保管人对于盘亏的情况说明。
第二十七条存货报废、毁损或变质损失，为其计税成本扣除残值及责任人赔偿后的余额，应依据以下证据材料确认：（一）存货计税成本的确定依据；（二）企业内部关于存货报废、毁损、变质、残值情况说明及核销资料；（三）涉及责任人赔偿的，应当有赔偿情况说明；（四）该项损失数额较大的（指占企业该类资产计税成本10%以上，或减少当年应纳税所得、增加亏损10%以上，下同），应有专业技术鉴定意见或法定资质中介机构出具的专项报告等。
第二十八条存货被盗损失，为其计税成本扣除保险理赔以及责任人赔偿后的余额，应依据以下证据材料确认：（一）存货计税成本的确定依据；（二）向公安机关的报案记录；（三）涉及责任人和保险公司赔偿的，应有赔偿情况说明等。
存货损失在企业所得税方面，需要甄别存货损失的类型（第二十六条至第二十八条）、准备相关资料备查，并按照（国家税务总局公告2018年第15号）在年度汇算清缴时填报《资产损失税前扣除及纳税调整明细表》的要求，即可申请存货损失税前扣除。
以上个人观点仅供参考，具体以税务机关回复为准～