指在基砧（实生砧）上嫁接营养系矮化中间砧，留取一定长度中间砧段，在其上嫁接品种接穗或芽而培育成的苗木。一般需要2～3年时间。中间砧分段嫁接法在苹果、梨矮化中间砧苗木繁育中常常应用，目前在葡萄中为调节接穗品种生长势（如以生长势弱的维多利亚为中间砧可有效减弱接穗品种的生长势）和克服砧木与接穗的嫁接亲和力差（如南方用刺葡萄为中间砧解决5BB砧木与红地球嫁接亲和力低的问题）的问题也常有应用。中间砧分段嫁接法常常采用枝芽接结合法、夏季芽接或枝接等手法。
一、枝芽接结合法（分段芽接法）
秋季在矮化砧苗上，每隔20cm左右分段芽接栽培品种，来年春，将品种芽分段剪截，再把这些枝段分头枝接在基砧上即可。
二、夏季芽接
第一年培育基砧苗并芽接中间砧芽，第二年春季剪砧后，矮化砧芽萌发生长，于5－7月份时，在要求中间砧长度（15－20cm）的地方，芽接栽培品种。接好后，随即把中间砧苗摘除顶芽，时期充实加粗，有利于接芽成活。接芽成活后7－10天，从品种接芽上端剪去矮化砧梢，促使品种芽萌发生长，当年秋成苗出圃。
三、双重枝接
先准备好基砧苗和中间砧段，在冬季或早春，将栽培品种用切接方法嫁接在20～25厘米长的中间砧枝段上，用塑料条绑紧包严，然后经过砂藏、到春季用切接方法将带有栽培品种芽的中间砧段嫁接到基砧上，到秋季即可培育成矮化中间砧嫁接苗。
四、芽接与靠接结合
在1年生基砧距基部3-5cm处芽接矮化中间砧芽，距中间砧5-7cm的对面芽接栽培品种。翌春，从栽培品种芽的上方剪砧，同时在中间砧芽的上方刻伤，促使两个接芽同时萌发生长。夏季将中间砧和品种枝条靠接，靠接成活后，剪去中间枝段，到秋季即可培育成矮化中间砧成苗。
而葡萄中间砧分段嫁接常采用两年夏季枝接或当年春季硬枝嫁接与夏季绿枝嫁接结合的方法。