太平天国最后的衰亡和天京事变有着密不可分的关系。其实早在太平天国建立还没有多久的时候，几位领导人之间就已经埋下了，迟早有一天会刮分权力的种子。
天王东王矛盾加剧
1851年，天王洪秀全在“永安建制”时，命其他四王归东王杨秀清节制。自从南王冯云山及西王萧朝贵相继战死后，权力更加集中在东王一人身上。 在太平天国前期，实权由军师掌握，天王虽然地位在各王之上，然而在制度上是一个虚君，实际权力在正军师东王杨秀清手上，加上东王多次假托“天父下凡”传令，令天王也要听从东王命令 。
在定都天京后，东王与其他诸王的关系日趋紧张。 北王曾因下属犯错而被东王下令杖打，北王的亲戚因为跟东王的亲戚发生财产争执而激怒东王，东王叫北王议罪，北王就说把那人五马分尸。 翼王石达开的岳父黄玉昆因公事开罪东王，被杖刑三百，革去爵位及降职，同一事件亦令燕王秦日纲及另一*官高**陈承瑢被东王杖刑。即使是天王，也多次被假装“天父下凡”的东王以杖刑威吓。由于东王权大，众人往往敢怒而不敢言。
天王与北王合谋屠尽东王极其亲信
1856年9月1日深夜，奉洪秀全密诏，北王韦昌辉率领属下三千余人，冲入东王府，杀了杨秀清及数十门卫。韦昌辉出身富裕之家，他捐出家产，加入拜上帝会。如果我们以阶级来划分人群，他应该是一个背叛了自己的阶级、弃财舍身加入穷苦*反造**队伍的人。可是，在中国的许多教科书中，他却被说成是“混入革命队伍的阶级异已分子”。在杨秀清逼洪秀全封“万岁”的事件发生后，洪秀全连夜召集一些人紧急密议，准备诛杀杨秀清。韦昌辉、秦日纲接到了洪的密诏，先后从南京以外回城参加诛杨活动。
杨秀清有勇有智，但却为人 “阴忍而残刻”。他执法严厉，杀戮果敢，威风跋扈，不知自抑，因此得罪人不少。他对洪秀全的危胁自不必说。杨秀清还非常猜忌石达开。他曾怕石达开在安徽坐大了，就屡次调人以分其权力。他和韦昌辉、秦日纲等人也有过直接冲突。在1854年夏初，燕王秦日纲手下有个牧马人，路遇杨秀清一个族叔，没认出人来，所以没有立即下跪行礼。杨大叔怒了，立即让从人把这个牧马人揪下马，鞭打二百后，送往刑部黄玉琨处要求“严加惩处”。黄玉琨身为卫国侯，觉得杨秀清的族叔太过嚣张，便不买他的帐。杨大叔更怒了，一脚蹬翻了黄玉琨的桌案，转身跑去杨秀清处告状。杨秀清闻言大怒，立刻下令当时主管刑部的石达开逮捕黄玉琨。相关部门的统帅秦日纲和陈成瑢很生气，上书辞职。杨秀清雷霆大发，下令韦昌辉杖责秦日纲和陈成瑢。最后，把那位倒霉的牧马人五马分尸，以消其族叔的怒火。
如此看来，杀掉东王，应该不会有更多的人反对。直接参与此事的北王韦昌辉过去从不敢对东王发作。见了东王就是跪迎跪送，脸带笑容，低三下四地讲话。在怨恨日深的情况下，身在江西前线的韦昌辉接到洪秀全密诏后，自然把此事当作头等大事，立即率三千军马火速赶回天京。杨秀清被杀后，尸体被洪秀全下诏分尸，然后投入大铁锅煮成肉糜，让众将士共啖。
9月2日上午，洪秀全看到了韦昌辉送来的杨秀清首级，仍不放心。就与韦昌辉密议，佯称韦昌辉擅杀东王有罪，下诏说要当众鞭打北王四百，以诱使杨秀清的属下数千人前来观看。杨秀清的部下约有五、六千人，大多是广西出来的太平军骨干份子。听说有天王诏旨，他们在哀痛之余，纷纷响应天王招书前去天王府观看凶手韦昌辉受刑，以解心头之恨。进入天王府之前，每人都要去掉兵器。结果，这些人进去后都被赶入几间大库房内，大门紧关。接着，窗户忽然被打开，*药炸**包一个又一个扔进来，轰隆巨响之下，血肉横飞。当大门打开时，韦昌辉手下冲入，对手无寸铁的幸存者集体*杀屠**。
杀掉了东王部下，洪秀全、韦昌辉还是不放心，在以后的两个多月内，他们派人在天京城内四处搜杀杨秀清的族人及其所有亲属，共杀了二万多人，真是意图斩尽杀绝。很显然，韦昌辉手下三千人难以完成此事。当时天京城内共有军士近三万人，在洪秀全的命令下，也配合了韦昌辉的行动。
翼王回京，匆忙逃离
九月中旬，石达开赶回天京，见天王、北王滥杀无辜，十分生气，就责斥韦昌辉。韦昌辉报告了洪秀全，身处深宫中的天王就动了杀石达开之心。石达开见形势不妙，入城仅数小时后，便率手下由小南门逃走。在洪秀全的授意下，韦昌辉残杀了石达开全家。为了不留后患，燕王秦日纲奉天王诏书，率一万多人出城追杀石达开。
石达开在军中威望很高，很快就有约四万人齐集石达开手下。于是，石达开自安庆渡江至泾县，声言要回天京讨伐韦昌辉。
天王屠尽北王，燕王极其亲信
洪秀全十分害怕石达开手下的精兵强将。他忙派人当众谴责韦昌辉，自己却装成了不知情者。接着，洪秀全忽然转向，要下诏诛杀韦昌辉。韦昌辉气急败坏，率手下三千人扑向天王府。天王府的府墙很坚厚，韦昌辉一时攻不下来。在此关键时刻，天王府中的大脚客家女兵突显神威，誓死保卫天王。在被*攻围**的第二天，这些妇女突然大开天王府门，持枪举刀，主动冲杀。韦昌辉及其手下不知所措，惊溃而去。有一部分北王士兵从朝阳门逃走，韦昌辉本人带着一些残兵返回北王府，成了瓮中之鳖。
洪秀全亲自布置，派军*攻围**北王府。见势不妙，韦昌辉仅率两、三个随从偷偷溜出府门逃跑，被人当场抓获，押送天王府。洪秀全并不见他，立刻下令把韦昌辉五马分尸。他又派人逮捕了率兵追击石达开的燕王秦日纲，斩首示众。然后，洪秀全把二人首级装入匣中，派人送到石达开军中。这就是太平天国时期的第二次*京大南***杀屠**。
石达开于11月28日回到了天京。洪秀全见到石达开，泣诉自己被韦昌辉“挟持”的委屈，以显示自己的无辜。石达开信以为真。对于此次内讧残杀，太平天国上层并不敢对外宣布杨秀清是篡权被诛，而是声称东王被世人陷害，和耶酥一样“*天升**”了。所以，太平天国就把杨秀清被杀的那一天定为“东王*天升**节”。
民众和将领信仰危机
“天京事变”对太平天国产生了极大的影响。从此，对普通百姓与将士而言，太平天国从精神上丧失了昔日的“神灵性”和“正统性”。所以，百姓们私下传说：“天父杀东王，江山打不通。长毛非正主，依旧让咸丰。”太平军士兵很迷惘，“上帝”咋会容许这种事情发生？他们就说：“天父杀天兄，总归一场空。打包回家转，还是做长工。”再笃信“上帝教”的人，也会产生这样的疑问：代“天父”传言的天王，怎么会被“天父”另一个儿子北王杀掉呢？而“真主”天王又怎能把“北王”五马分尸？
太平军的信仰出现了裂痕。为了挽救信仰危机，洪秀全对东王杨秀清作了一系列“追封”工作。他不仅把北王韦昌辉的“雷帅”、“后师”等爵位转给东王，还封东王为“传天父上主皇上帝真神真圣旨”的东王，并作诗道：“七月念七东升节，天国代代莫相忘！”由于杨秀清的两个儿子均被杀害，洪秀全就把自己的第五个儿子洪天佑过继给东王当嗣子，封他为“幼东王”。天京事变后，太平天国内人心开始涣散，军事形势逆转，清军陆续在各战场得胜，太平天国的控制区大为缩小，即使后来太平军攻下江浙一带，形势上一直处于下风。
翼王出走天京衰败
北王韦昌辉死后，翼王石达开执政，天王洪秀全开始重用其兄弟以牵制石达开，激石达开在1857年带领大军出走，更令太平天国雪上加霜。
太平天国初期由军师主政的政制，在天京事变及翼王出走后已名存实亡。后期的太平天国，天王虽然掌握了实权，然而当时的政府架构颇为混乱，加速了太平天国的灭亡 。
在天京事变中，东王杨秀清、北王韦昌辉先后被杀，翼王石达开出走败亡。天京事变严重地削弱了太平天国的领导和军事力量，成为太平天国由盛转衰的分水岭 。
天京事变并未损伤太平天国的实力，主要表现在军事力量上。但是，精神和思想层面的损失才是最严重的，天京事变的恶果不是军事兵力的锐减和战斗力的下降，也不是土地的丧失，而是神话宗教体系的崩溃。
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