苹果一直拒绝把Mac的操作系统授权出去，直到1994年，CEO迈克尔·斯平德勒允许了两家小公司——Power Computing和Radius——生产Mac兼容机。1996年吉尔·阿梅里奥接管公司后，又增加了摩托罗拉。结果表明这是一个值得怀疑的商业战略：每卖出一台兼容机，苹果收取80美元的授权费，但是这些兼容机并没有让苹果扩大市场，反而挤压了苹果自己的高端计算机销售，而卖出一台苹果电脑的利润能达到500美元。
然而乔布斯反对兼容机项目还不仅仅是出于经济上的考虑，他打心眼儿里反感这种做法。他的核心原则之一就是硬件和软件应该紧密结合。他喜欢控制生活中的方方面面，而对计算机来说，唯一的方式就是制造全套设备，全方面负责用户体验。因此一回到苹果，乔布斯就把消灭兼容机作为首要任务之一。
1997年7月，就在他协助解聘阿梅里奥几个星期后，新版的Mac操作系统发布，乔布斯不允许兼容机制造商升级到新系统。9月他就跟Power Computing达成协议，付给对方1亿美元收回授权，而苹果可以使用对方的用户数据库。很快他也终止了对其他兼容机制造商的授权。
产品评估显示出苹果的产品线十分不集中。这个公司在官僚作风的驱动下对每个产品炮制出若干版本，去满足零售商的奇思怪想。“真是荒谬，”席勒回忆说，“无数的产品，大部分都是垃圾，由稀里糊涂地开发团队制造。”光是Mac就有很多个版本，每个版本都有不同的、让人困惑的编号，从1400到9600。“我让他们给我解释了三个星期，”乔布斯说，“我还是搞不明白。”最后他干脆开始问一些简单的问题，比如：“我应该让我的朋友们买哪些？”当无法得到简单的回答时，他就开始大刀阔斧地砍掉不同的型号和产品。很快他就砍掉了70%。“你们是聪明人，”他对一个小组说，“不应该把时间浪费在这样的垃圾产品上。”
几个星期过去了，乔布斯终于受够了。“停！”他在一次大型产品战略会议上喊道，“这真是疯了。”他抓起神奇的记号笔，走向白板，在上面画了一根横线一根竖线，做成一个方形四格表。“这才是我们所需要的。”他继续说。在两列的顶端，他写上“消费级”和“专业级”。在两行的标题处，他写上“台式”和“便携”。他说，他们的工作就是做四个伟大的产品，每格一个。
结果是，苹果的工程师和管理人员突然高度集中在四个领域。专业级台式电脑，他们开发出了Power Macintosh G3；专业级便携电脑，开发出了PowerBook G3；消费级台式电脑，后来发展成了iMac；消费级便携电脑，就是后来的iBook。
乔布斯后来解释说，字母“i”就是为了强调设备要和Internet结合得天衣无缝。这意味着公司要退出其他业务领域，例如打印机和服务器。1997年，苹果在销售StyleWriter彩色打印机，基本上就是惠普DeskJet的另一个版本。惠普通过卖墨盒赚走了大部分钱。
乔布斯做的最高调的决定，就是彻底扼杀“牛顿”项目，就是那个带有不错的手写识别系统的个人数字助理。乔布斯讨厌它，因为它是斯卡利最喜欢的项目，因为它不完美，也因为他讨厌手写设备。
在乔布斯回归的第一年，他裁掉了3 000多人，扭转了公司的财务状况。到1997年9月乔布斯成为临时CEO时，之前的一个财政年度苹果已经亏损了10.4亿美元。“我们离破产不到90天。”他回忆说。
在1998年1月旧金山的Macworld大会上，在经历了两年的巨额亏损后，苹果终于在该季度盈利，获得了4 500万美元利润。1998年整个财年，苹果实现了3.09亿美元的盈利。乔布斯归来，苹果归来。
乔布斯的管理准则是“专注”。他取消了多余的生产线，去除了正在开发的新的操作系统软件中无关紧要的功能。他还放下了对产品制造过程的控制欲，把从电路板到成品计算机的制造全部外包了出去。
他对供应商的要求极其严苛。当他开始接管苹果公司的时候，产品的库存期已超过两个月，这比任何一家科技公司都要长。就像鸡蛋和牛奶一样，计算机的贮存期限也很短，这么长的库存周期对利润造成的潜在损失威胁高达5亿美元。到1998年初，乔布斯把库存期缩短为一个月。新的经销商被规定把库存减少75%，最终也做到了。
在乔布斯手下工作了三个月之后，苹果公司的运营主管因为不堪压力而辞职。在之后将近一年的时间里，乔布斯亲自负责运营，因为他认为来面试的人“都是些在生产制造方面观念陈旧的家伙”，他回忆道，他想找一个能够建立准时制工厂和供应链的人，就像迈克尔·戴尔做的那样。1998年，他遇到了蒂姆·库克。当时蒂姆·库克37岁，彬彬有礼，是康柏计算机公司的采购和供应链经理。后来，他不仅成为了苹果公司的运营经理，又逐渐成为乔布斯运营苹果公司不可或缺的幕后搭档。
在任职初期的一次会议上，库克听说苹果公司的某一家中国供应商出了问题。“这太糟糕了，”他说，“应该有人马上去中国处理这件事。”30分钟后，他看着还在桌前坐着的一位运营主管，面无表情地说：“你怎么还没走？”
那位主管站起来，没带任何行李，直接开车去了旧金山机场，买了机票飞往中国。他后来成了库克的第一副手。
库克把苹果的主要供应商从100家减少到24家，并要求他们减少其他公司的订单，还说服许多家供应商迁到苹果工厂旁边。此外，他还把公司的19个库房关闭了10个。库房减少了，存货就无处堆放，于是他又减少了库存。到1998年初，乔布斯把两个月的库存期缩短到一个月。然而到了同年9月底，库克已经把库存期缩短到6天；第二年的9月，这个数字已经达到惊人的两天——有时仅仅是15个小时。另外，库克还把制造苹果计算机的生产周期从4个月压缩到两个月。所有这些改革不仅降低了成本，而且也保证了每一台新计算机都安装了最新的组件。