科学合理地设计连锁店的组织结构对于连锁店的发展是一件相当重要的大事。连锁店的组织是各个店铺为达到共同目的而使连锁店内所有员工通力协作的具体形式。从具体营运程序看，连锁店必须做好从市场调查到确定进货，再到采购、加工、配送、陈列、销售的所有环节的协调；从职能上看，连锁店必须明确总部职能与分店职能，明确总部内不同部门的职能。连锁店的组织要符合下述原则。
一、统一指挥的原则
这一原则要求每个职务、每个环节都有人负责，每个人都知道向谁负责，并有哪些人要对他负责，从连锁店最低层的职员到最高层的员工，指挥链条清晰、明确、统一。这一原则还要求一个下属只对一个上司负责，这就避免了多头领导可能造成的冲突。正是这一原则使连锁店无论有多少分店、多少部门、多少环节，都是一个统一的有机整体。
二、以工作为中心的原则
连锁店的组织应集中于员工、工作分配、业务促进，其中工作是中心。在连锁店中首先要明确工作，而后根据工作需要，招聘员工、分配工作任务，才能保证连锁店的营运效率。只有以工作为中心进行组织设计才能保证组织机构的精简，否则会造成人浮于事，机构臃肿。以工作为中心，进行组织设计时，有三条标准：一是没有多余的管理环节，每个管理岗位必须有明确的工作任务，而不是可有可无的；二是部门划分粗细适当，都有明确的职责和足够的工作量，工作量太少则不宜单独设立一个部门；三是每个部门的人员配备要与工作任务相适应，既不要人浮于事，又确保工作任务完成，以工作为中心进行组织设计可以保证连锁店组织机构精简，人员工作效率较高。
三、连锁店的组织层次与管理幅度要适当
连锁店应尽力限制组织层次，因为组织层次越多，各个层次间的沟通就越困难，产生的协调问题就越多，因此连锁店的组织层次应适当；此外，一个经理所能直接领导指挥的员工数目是有限的，因此管理幅度也要适当。连锁店经理的管理幅度视其不同职位而有所不同，分店经理应能对分店所有员工实施管理，而部门经理应能对本部门员工实施管理，连锁店总经理应能对各个部门经理实施有效管理。
四、对称原则
连锁店的组织要符合对称原则，要求权力与责任，才能与职位相对称。权力是在一定职位上具有的指挥和行事的权力，责任是在接受职位、职务时所应尽的义务。与一定职位相联系的职务，权力和责任等的规定与说明，通常详载在连锁店的组织章程、营运手册中。在这些文件中，对担任各项工作的人员，分派给他的是什么职务，去行使什么权力，履行什么责任均有明文要求。每个工作岗位都需要不同技能、知识、经验的人才，为此，可以通过考查经历、测验、面试等手段来了解每个员工的知识、技能、兴趣、经验，安排适当的职位。总之，连锁店的组织设置必须贯彻权责对称、才职相称的原则。
五、组织设置要按专业化进行的原则
连锁店的组织设置要按专业化进行。按功能的不同，可将连锁店分为决策功能、执行功能和销售功能，分别由总部高层经理或董事会、总部各职能部门和分店承担。其中总部各职能部门的设置要按工作性质的不同进行，一般应能完成下述工作：发展新店、日常管理、商品的采购与配送，促销、财务、预测等。此外还可按业务过程组织连锁店，使市场调查分析、确定采购商品、配送商品、陈列、收银、统计、预测，这些工作均有人负责。还可按地区划分连锁店组织，如第一区域管理部，第二区域管理部、国际部等。
以上是连锁店组织设计必须要遵守的原则，只有遵照上述原则，连锁店才能组织精简、营运高效，确保营业目标的实现。