医学院是高等院校发展的压舱石和稳定器。北京是全国经济和文化的中心，拥有着丰富的高校资源：八所985大学，26所211大学，其中包括清华大学、北京大学、中国人民大学、北京理工大学、中国农业大学、中央民族大学、北京师范大学、北京航空航天大学、北京交通大学、北京邮电大学、北京工业大学、中央财经大学、对外经济贸易大学等。
北京协和医学院，中国医学科学院成立于1956年，北京协和医学院成立于1917年，中国医学科学院北京协和医学院自1957年起实行院校合一的管理体制，是我国最高医学研究机构和最高医学教育机构。院校已发展成为拥有19个研究所、6家附属医院、9个学院、106个院外研发机构，集医教研产为一体的国家级综合性医学科学研究机构。院校现有两院院士26人、国家杰青45人、万人计划领军人才27人，博士生导师1032名、硕士生导师1231名；拥有国家“双一流”建设学科5个，一级学科博士学位授权点9个，在教育部第四轮学科评估中有6个A类学科；拥有国家级重点实验室6个、国家临床医学研究中心5个、其他国家级科研基地15个、省部级实验室59个等。院校直属北京协和医院、阜外医院、肿瘤医院、整形外科医院、血液病医院和皮肤病医院等6所医院，集医院、研究所和教学机构于一体，形成了国内外闻名的医疗、教学和科研紧密结合的医疗服务体系。
北京大学医学部，北京大学医学部地处北京市海淀区，前身是创建于1912年的国立北京医学专门学校，是中国政府依靠自己的力量开办的第一所专门传授西方医学的国立医学校。北大医学集教学、科研、医疗为一体，学科覆盖医学门类中的基础医学、临床医学、口腔医学、药学、公共卫生和预防医学、护理学、医学技术、中西医结合以及理学、工学、教育学、哲学、文学等门类的部分学科。教学贯穿了本科、研究生及继续教育全过程。现有89个博士学位授权点（12个一级学科点，77个二级学科点），95个硕士学位授权点（14个一级学科点，81个二级学科点），9个博士后流动站。学院路38号医学校区设有5个学院：基础医学院、药学院、公共卫生学院、护理学院、医学人文学院。共有6家直属附属医院（北京大学第一医院、北京大学人民医院、北京大学第三医院、北京大学口腔医院、北京大学肿瘤医院、北京大学第六医院）、4家共建医院（北京大学深圳医院、北京大学首钢医院、北京大学国际医院、北京大学滨海医院）和11家教学医院（北京积水潭医院、北京医院、中日友好医院、北京航天中心医院、民航总医院、北京回龙观医院、中国中医科学院西苑医院、解放军总医院第五医学中心、北京地坛医院、首都儿科研究所、北京市海淀医院），承担相关学科的教学、科研、实习任务，并向社会提供医疗服务。共有在校学生10273人，其中博士研究生3293人、硕士研究生2614人、本科生4025人，留学生341人；网络教育学生7917人。拥有大批国际、国内知名的医学教育、科研、临床方面的专家，其中具有高级职称3109人，两院（中国科学院、中国工程院）院士17人，国家重点研发计划项目负责人89人，博士生导师749人，国家杰出青年科学基金获得者50人。
清华大学医学院，清华大学医学院成立于2001年，学院下设基础医学系、临床医学院、生物医学工程系和公共健康研究中心，涵盖了分子与细胞生物学、免疫学、肿瘤生物学、传染病学、神经科学、生物医学工程学、公共健康学与临床医学八大学科。在临床方面，清华大学华信医院、清华大学玉泉医院、北京清华长庚医院是学院的附属医院，北京医院、中日友好医院和北京神经外科研究所（天坛医院神经外科）是学院的教学医院。医学院现有专职教师83人，其中教研系列56人，教学系列8人，研究系列19人。教师队伍中，诺贝尔奖获得者1人，中国科学院院士2人，中国工程院院士1人、万人计划-领军人才1，万人计划-青年拔尖人才1人，国家杰出青年基金获得者6人，国家优秀青年科学基金6人。
北京中医药大学，北京中医药大学是一所以中医药学为主干学科的全国重点大学，直属教育部管理，由教育部、国家卫生健康委员会、国家中医药管理局和北京市共建。学校（含直属附属医院）现有教职工6184人，专任教师1727人。学校有中国工程院院士2人，国医大师8人，并拥有一支以国内外著名专家学者和优秀中青年教师组成的老中青相结合的师资队伍。现有全日制在校生15474人，其中研究生6029人（博士生1590人、硕士生4439人），本科生8937人，留学生508人，另有网络教育学生20813人。目前设有中医学、中药学、中药制药、药学、针灸推拿学、康复治疗学、公共事业管理、工商管理、药事管理、护理学、英语、法学、生物工程、中西医临床医学、大数据管理与应用、中医骨伤科学16个本科招生专业。学校是全国高等中医药院校中首批建立博士学位点和博士后科研流动站的单位之一，设有中医学、中药学、中西医结合3个博士后科研流动站。拥有3个一级学科博士学位授权，囊括42个二级学科博士学位授予点；7个一级学科硕士学位授权，囊括47个硕士学位授予点。拥有5个专业学位类别，囊括10个博士专业学位授权点、14个硕士专业学位授权点。为全国中医、中药学专业学位研究生教育指导委员会秘书处，以及中医学与中西医结合学科评议组召集人所在单位。学校现有北京中医药大学东直门医院、北京中医药大学东方医院、北京中医药大学第三附属医院、北京中医药大学房山医院4家在京直属附属医院和国医堂中医门诊部。另有中日友好医院、广安门医院、西苑医院、望京医院、北京中医医院等19个临床教学基地。
首都医科大学，首都医科大学建校于1960年，是北京市重点高等院校，是北京市政府、国家卫生健康委员会、教育部共建院校。学校校本部设有11个学院、1个研究中心，包括基础医学院、药学院、公共卫生学院、护理学院、生物医学工程学院、中医药学院、医学人文学院、全科医学与继续教育学院、马克思主义学院、国际学院、燕京医学院，脑重大疾病研究中心。学校现有22所临床医学院（其中20所为附属医院），包括首都医科大学宣武医院（第一临床医学院）、附属北京友谊医院（第二临床医学院）、附属北京朝阳医院（第三临床医学院）、附属北京同仁医院（第四临床医学院）、附属北京天坛医院（第五临床医学院）、附属北京安贞医院（第六临床医学院）、附属北京积水潭医院（第七临床医学院）、附属复兴医院（第八临床医学院）、附属北京佑安医院（第九临床医学院）、附属北京胸科医院（第十临床医学院）、首都医科大学三博脑科医院（第十一临床医学院）、附属北京地坛医院（第十二临床医学院）、附属北京儿童医院（儿科医学院）、附属北京口腔医院（口腔医学院）、附属北京安定医院（精神卫生学院）、附属北京妇产医院（妇产医学院）、附属北京中医医院（中医药临床医学院）、附属北京世纪坛医院（肿瘤医学院）、附属北京康复医院（北京康复医学院）、附属北京潞河医院（潞河临床医学院）、中国康复研究中心（康复医学院）、中日友好医院（中日友好临床医学院），以及预防医学教学基地（北京市疾病预防控制中心）。学校还设有39个临床专科学院、专科学系，39个临床诊疗与研究中心。
中国人民解放军军事医学科学院，中国人民解放军军事医学科学院是中国人民解放军的最高医学研究机构，1951年8月创建于上海，1958年迁至北京。2003年，遵照中央军委决定承建解放军疾病预防控制中心。中国人民解放军军事医学科学院下设11个研究机构和307医院、解放军医学图书馆、实验仪器厂、实验动物中心、研究生队等附属机构，驻地分布于北京、天津、吉林、黑龙江四省市。
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