发酵类为主的制药企业生产过程中产生的废水，主要包括工艺废水、生产冲洗排水、动力系统排水和生活污水等，不包括溶剂回收产生的高浓度釜残液。
1、 废水来源及分类
1.1 发酵类制药典型生产工艺及废水主要产生环节如图 1 所示：
1.2 发酵类制药工业废水主要包括：
a） 工艺废水：提取或精制过程产生的废母液及废水，如提取废母液、精制废母液、树脂再生废水等；
b） 生产冲洗排水：设备冲洗水、地面冲洗水等；
c） 动力系统排水：循环冷却水排水、制水排水等；
d） 生活污水。
高浓度釜残液、废溶剂、废菌丝菌渣、基因工程药物过程中的母液等《制药工业污染防治技术政策》和《危险废物名录》中做出单独规定的污染物不得进入废水处理系统。
2、 废水水量
2.1 综合废水排放总量宜在工厂废水排放总口进行实际测量确定，各生产工序排放的各种工艺废水宜逐一进行废水排放量测量，废水排放量测量应符合 HJ/T 91 的要求。
2.2 废水水量可类比现有同等生产规模、同类原料及产品、相近生产工艺发酵类制药企业的排放数据确定。
2.3 没有实测及类比数据时，可按下式估算：
2.4 以全厂用水量估算时，废水量宜取全厂用水量的 80 % ~ 90 %，并按企业生产工艺和所处区域等实际情况进行调整。
3、 废水水质
3.1 发酵类制药废水主要污染物为发酵残余物和中间产物、提取和精制过程中残留的各种有机溶剂和无机盐类等。
3.2 宜对各生产工序产生的废水逐一进行取样化验，水质化验应符合 HJ/T 91 的要求。
3.3 废水水质可类比现有同等生产规模、同类原料及产品、相近生产工艺发酵类制药企业的排放数据确定。