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灾难伊始
在我们眼中，她是严厉的继母；
在异乡人眼中，她却是温柔的母亲。
——弗朗西斯科·德·特拉萨斯，新西班牙
征服者的后裔浮夸自负，野心勃勃，注定要给16世纪60年代的新西班牙招致灾难。 随着埃尔南多·科尔特斯的长子、第二代瓦勒侯爵马丁从旧西班牙归来，这场灾难便拉开了序幕。
陪马丁一同回来的还有他的两个同父异母的兄弟路易斯和马丁二世，路易斯是征服者科尔特斯与安东尼亚·德·埃莫西利亚的儿子 ，马丁二世是科尔特斯与翻译官玛丽娜的儿子。
第二代瓦勒侯爵马丁出生于1533年，是科尔特斯和第二任妻子胡安娜·拉米雷斯·德·阿雷利亚诺的儿子，其母阿雷利亚诺是权贵贝哈尔公爵的侄女。 马丁自小在西班牙宫廷长大。
1548年，马丁·科尔特斯曾随同腓力王子前往佛兰德斯；1554年，曾作为贵族委员会成员前去伦敦恭贺腓力和玛丽·都铎女王成婚。 1541年，马丁随父亲参加了悲惨的阿尔及尔远征；1558年，他同埃格蒙特伯爵在圣康坦战役中获胜。
马丁继承了科尔特斯所有的财产，其中包括2.3万名家臣，可见马丁非常富有，不愁吃穿。1563年，腓力二世安排他返回了新西班牙。
马丁·科尔特斯在新西班牙的地产总面积达5万平方英里（约12.9万平方千米），土地年收益高达8万比索，可谓是相当大的一笔财富了。 他可能是当时世界上最富有的个人。这些地产包括塔库瓦亚镇、位于墨西哥河谷地带的科约阿坎镇，以及墨西哥瓦哈卡州的土地。
在新西班牙，第二代侯爵行事傲慢，穷奢极欲。他想让西班牙王室永久承认自己是新西班牙王国继总督之后的第二人。 马丁命人刻了一大枚银质印章，上面刻着交叉双臂的他和一顶王冠，写着“马丁·科尔特斯，第二主要统治者”。
马丁第一次使用这枚印章是在缴纳伍一税的时候，当时的司库、刚被授予新西班牙大公称号的奥图尼奥·德·伊瓦拉看到后对马丁说，不应使用与王室印章相似的印章。 新西班牙总督后来没收了这枚印章，寄回了西班牙。
1563年8月，马丁·科尔特斯拒绝陪同总督路易斯·德·贝拉斯科会见总视察官赫罗尼莫·德·巴尔德拉马，反之，他私底下为巴尔德拉马接风， 招待宴盛况空前，贝拉斯科得知后大为恼火，不过，马丁本意也是为了引起他的不快。
总督与总视察官之间的权力分配本就十分模糊，马丁·科尔特斯的做法更是恶化了二人之间的矛盾。 访问伊始，巴尔德拉马就同第二代侯爵待在一起，这样有失体统的做法引起了激烈争论，触犯了众怒。
埃尔南多·科尔特斯宿敌的后代（例如，古巴都督贝拉斯凯兹朋友的后代）都仇视这位新侯爵。自16世纪20年代起，这种不和就已经存在了。
然而，当时新西班牙面临的最严重问题仍然是如何对待监护主和如何处理监护领地的问题。 蒙提祖马二世的女儿、塔古巴监护主伊莎贝尔·蒙提祖马（Isabel Montezuma）到处慷慨捐赠，连受惠于她的奥古斯丁会修士们都恳求她不要再捐赠了。
1542年颁布的《新法》旨在限制监护主的权利以保护印第安人的权利，然而《新法》还未来得及普及和介绍，甚至还未来得及得到监护主的理解， 许多西班牙定居者就已经认为王室正打算彻底废弃委托监护制了。
总督、公职人员、神职人员和修道院在监护制下对印第安人拥有所有权，而这一权利却要被突然废弃了。 《新法》宣称，将不再授予、认可新的监护领地。监护主一旦去世，其监护领地归王室所有，不再世袭继承。
监护领地上原有的印第安人归身掌数权的督办管理，王室发现，督办这一职务可以履行多方面职责，能够有效管理新西班牙的基层社会。 那些依旧在监护领地上劳作的印第安人必须以货币形式向监护主缴纳贡赋，不得以私人劳役代替贡赋。
虽然第一任总督安东尼奥·德·门多萨对新西班牙产生了许多积极影响，但到16世纪60年代，怨气依旧弥漫在西班牙最有势力的权贵中间，不满迅速升温。 监护主苦恼的另一个问题是伤寒症等疾病导致印第安人大量死亡，人口锐减意味着劳动力的供给远远不能满足他们的需求。
逐渐有所发展
新西班牙总督贝拉斯科曾派人到各地巡视，解决纠纷，而印第安人很快就发现，通过诉讼，他们可以从争端中得到补偿。征服者为此倍感焦虑。 贝拉斯科的新政策从一定程度上弥补了天花、伤寒症、麻疹乃至流感造成的人口锐减所带来的恐慌。
最严重的两次流行病发生在1545—1548年和1576—1581年（半数人口丧生），但在小范围内，当地发生的流血冲突或多或少也都造成了不小的人口损失。
为了应对流行病和其他疾病引发的各类问题，西班牙移民转而采取了很多非法措施。西班牙移民在当地建立了许多牧羊场， 开设了多家小作坊，雇佣印第安人在小作坊里纺织羊毛料。
小作坊本来是犯人和奴隶劳作的场所，后来西班牙移民与人身自由的印第安人签订合同，让他们在此劳作。
虽然早在16世纪30年代，就已经有劳动力受雇佣到谷地里工作，领取工资，5然而许多西班牙作坊主和工场主还是经常把印第安人反锁在屋子里劳动， 门外派印第安守卫把守，简直和监狱没什么两样。
当时特斯科科有8家手工工厂，霍奇米尔科有4家，阿斯卡波察尔科有2家。到1595年时，普韦布拉-德洛杉矶新城的纺织工场多达40家，平均每家有45名雇工（最大的纺织工场里有120名雇工）。61573年，这些新兴的纺织工厂年均能生产5万匹羊毛料。