redhat设置环境变量 (redhat linux6.5配置snmp)

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1.文档编写目的

R是一套完整的数据处理、计算和制图软件系统。其功能包括：数据存储和处理系统；数组运算工具（其向量、矩阵运算方面功能尤其强大）；完整连贯的统计分析工具；优秀的统计制图功能；简便而强大的编程语言：可操纵数据的输入和输出，可实现分支、循环，用户可自定义功能。本文档主要讲述如何在Redhat中使用源码方式编译安装及配置R的环境。

那么如何在CDH集群中配置R的运行环境？如何使用R开发分析处理CDH集群数据？等等，我们继这篇文章之后在后续的文章都会进行说明。

内容概述

1.安装前准备

2.R源码编译

3.R环境变量配置

4.R代码测试

测试环境

1.操作系统：RedHat7.2

2.采用sudo权限的ec2-user用户操作

3.R版本3.4.2

4.Rstudio版本1.0.153

2.安装前准备

1.安装编译器

sudo yum -y install gcc
sudo yum -y install gcc-c++
sudo yum -y install gcc-gfortran

2.许多R包依赖Java，需要配置Java的环境变量

JAVA_HOME=/usr/java/jdk1.7.0_67-cloudera
CLASSPATH=$JAVA_HOME/lib/dt.jar:$JAVA_HOME/lib/tool.jar:$CLASSPATH
PATH=$JAVA_HOME/bin:$PATH

redhatlinux6.5配置snmp,如何在redhat中定义环境变量

3.安装R编译需要的依赖包

sudo yum -y install readline-devel
sudo yum -y install libXt-devel
sudo yum -y install bzip2-devel
sudo yum -y install xz-devel.x86_64
sudo yum -y install libcurl-devel
sudo yum -y install texinfo.x86_64 texlive-pdftex-doc.noarch tex texlive-scheme-basic

4.*载下**R源码

*载下**R源码至服务器

[ec2-user@ip-172-31-21-45 ~]$ wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/src/base/R-3/R-3.4.2.tar.gz
--2026-03-17T22:18:29+00:00-- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/src/base/R-3/R-3.4.2.tar.gz
…
2026-03-17T22:18:29+00:00 (6.85 MB/s) - ‘R-3.4.2.tar.gz’ saved [30255544/30255544]
[ec2-user@ip-172-31-21-45 ~]$

redhatlinux6.5配置snmp,如何在redhat中定义环境变量

3.R源码编译

1.将R-3.4.2.tar.gz压缩包解压至当前目录

[ec2-user@ip-172-31-21-45 ec2-user]# tar -zxvf R-3.4.2.tar.gz

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2.进入R-3.4.2目录执行命令进行配置

[ec2-user@ip-172-31-21-45 ec2-user]# cd R-3.4.2
[ec2-user@ip-172-31-21-45 R-3.4.2]# sudo ./configure --prefix=/usr/local/R-3.4.2 --enable-R-shlib

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显示如上截图则表示配置成功。

3.配置成功后，执行如下命令进行编译并安装到指定目录

[ec2-user@ip-172-31-21-45 R-3.4.2]# sudo make && make install

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至此已完成R源码的编译及安装。

4.R环境变量配置

1.编辑/etc/profile文件，在文件末尾增加如下内容

R_HOME=/usr/local/R-3.4.2
PATH=$R_HOME/bin:$PATH

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2.执行如下命令，使环境变量立即生效

[root@ip-172-31-21-45 R-3.4.2]# source /etc/profile

3.验证环境变量是否配置成功

[root@ip-172-31-21-45 R-3.4.2]# echo $R_HOME
[root@ip-172-31-21-45 R-3.4.2]# R

redhatlinux6.5配置snmp,如何在redhat中定义环境变量

如上图示则表示R环境变量配置成功，且能正常使用。

5.R代码测试

如下测试代码主要描述使用Spark2的local模式计算本地文件aaa.txt的行数。

1.Rstudio代码运行效果

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2.将test.R文件在Linux服务器上运行

library(sparklyr)
sc <- spark_connect(master = "local", spark_home = Sys.getenv("SPARK_HOME","/opt/cloudera/parcels/SPARK2/lib/spark2"))
count_lines <- function(sc, file) {
 spark_context(sc) %>%
 invoke("textFile", file, 1L) %>%
 invoke("count")
}
count_lines(sc, "file:///home/ec2-user/aaa.txt")
spark_disconnect(sc)
print("Hello R")

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3.在命令行运行test.R文件

[root@ip-172-31-21-45 ec2-user]# Rscript test.R

运行结果：

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6.常见问题

问题一

configure: error: in `/home/ec2-user/R-3.4.2’:
configure: error: C++ preprocessor "/lib/cpp" fails sanity check
See `config.log’ for more details

redhatlinux6.5配置snmp,如何在redhat中定义环境变量

解决方法：由于c++编译器的相关package没有安装导致

[ec2-user@ip-172-31-21-45 R-3.4.2]$ sudo yum install gcc-c++

问题二

checking for main in -ltermcap... no
checking for main in -ltermlib... no
checking for rl_callback_read_char in -lreadline... no
configure: error: --with-readline=yes (default) and headers/libs are not available

redhatlinux6.5配置snmp,如何在redhat中定义环境变量

解决方法：由于需要依赖readline-devel包

[ec2-user@ip-172-31-21-45 R-3.4.2]$ sudo yum -y install readline-devel

问题三

checking for Fortran 77 libraries of fc... 
checking how to get verbose linking output from gcc -std=gnu99... -v
checking for C libraries of gcc -std=gnu99... -L/usr/local/lib64 -L/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.8.5 -L/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.8.5/../../../../lib64 -L/lib/../lib64 -L/usr/lib/../lib64 -L/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.8.5/../../.. -lgcc_s
checking for dummy main to link with Fortran 77 libraries... none
checking for Fortran 77 name-mangling scheme... configure: error: in `/home/ec2-user/R-3.4.2’:
configure: error: cannot compile a simple Fortran program
See `config.log’ for more details

redhatlinux6.5配置snmp,如何在redhat中定义环境变量

解决方法：由于需要依赖gcc-gfortran包的缘故

[ec2-user@ip-172-31-21-45 R-3.4.2]$ sudo yum -y install gcc-gfortran

问题四

checking for wctrans_t... yes
checking for mbstate_t... yes
checking for ICU... no
checking for X... no
configure: error: --with-x=yes (default) and X11 headers/libs are not available

redhatlinux6.5配置snmp,如何在redhat中定义环境变量

解决方法：需要依赖libXt-devel包

[ec2-user@ip-172-31-21-45 R-3.4.2]$ sudo yum -y install libXt-devel

问题五

checking mmap support for zlib... yes
checking for BZ2_bzlibVersion in -lbz2... no
checking whether bzip2 support suffices... configure: error: bzip2 library and headers are required

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解决方法：

[ec2-user@ip-172-31-21-45 R-3.4.2]$ sudo yum -y install bzip2-devel

问题六

checking whether bzip2 support suffices... yes
checking for lzma_version_number in -llzma... no
configure: error: "liblzma library and headers are required"

redhatlinux6.5配置snmp,如何在redhat中定义环境变量

解决方法：

[ec2-user@ip-172-31-21-45 R-3.4.2]$ sudo yum -y install xz-devel.x86_64

问题七

checking curl/curl.h presence... no
checking for curl/curl.h... no
configure: error: libcurl >= 7.22.0 library and headers are required with support for https

redhatlinux6.5配置snmp,如何在redhat中定义环境变量

解决方法：

[ec2-user@ip-172-31-21-45 R-3.4.2]$ sudo yum -y install libcurl-devel

问题八

configure: WARNING: you cannot build info or HTML versions of the R manuals
configure: WARNING: you cannot build PDF versions of the R manuals
configure: WARNING: you cannot build PDF versions of vignettes and help pages

redhatlinux6.5配置snmp,如何在redhat中定义环境变量

解决方法：

[ec2-user@ip-172-31-26-102 R-3.4.2]$ sudo yum -y install texinfo.x86_64 texlive-pdftex-doc.noarch tex texlive-scheme-basic

问题九

configure: WARNING: neither inconsolata.sty nor zi4.sty found: PDF vignettes and package manuals will not be rendered optimally

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解决方法：

*载下**inconsolata包

wget http://mirror.lzu.edu.cn/CTAN/fonts/inconsolata.zip

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解压inconsolata.zip，将压缩包内容拷贝至/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex

[ec2-user@ip-172-31-21-45 ~]$ unzip inconsolata.zip
[ec2-user@ip-172-31-21-45 ~]$ cd inconsolata
[ec2-user@ip-172-31-21-45 inconsolata]$ sudo scp -r * /usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex

redhatlinux6.5配置snmp,如何在redhat中定义环境变量

执行命令刷新sty：sudo mktexlsr或者sudo texhash

[ec2-user@ip-172-31-21-45 inconsolata]$ sudo mktexlsr
mktexlsr: Updating /usr/share/texlive/texmf/ls-R... 
mktexlsr: Updating /usr/share/texlive/texmf-config/ls-R... 
mktexlsr: Updating /usr/share/texlive/texmf-dist/ls-R... 
mktexlsr: Updating /usr/share/texlive/texmf-local///ls-R... 
mktexlsr: Updating /usr/share/texlive/texmf-var/ls-R... 
mktexlsr: Done.

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醉酒鞭名马，少年多浮夸！岭南浣溪沙，呕吐酒肆下！挚友不肯放，数据玩的花！

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