毛主席对秦始皇有过很多与众不同的评论，在反*派右**运动后他就多次谈到过秦始皇，其中一次是在1958年5月的八届二次会议上，结合知识分子对于秦始皇焚书坑儒的批评，说过这样的一段话：
“范文澜同志最近就写了一篇《历史研究必须厚今薄古》，我看了很高兴。这篇文章引用了很多事实证明厚今薄古是我国的传统。敢于站起来说话了，这才像个样子。文章引用了司马迁、司马光可惜没有引秦始皇。秦始皇主张“以古非今者族”。秦始皇是个厚今薄古的专家。秦始皇只坑了四百六十个儒。我们坑了四万六千个儒。我们镇反，还不是杀掉了一些反革命的知识分子吗？我与民主人士辩论过，你骂我们是秦始皇，不对，我们超过秦始皇一百倍。骂我们是独裁者，是秦始皇，我们一概承认。可惜的是，你们说的不对，往往要我们加以补充，在中国历史上，在中华民族的历史上，有几个能与秦始皇比？”
秦始皇的伟大和历史进步作用到底在哪里呢？结合毛主席后来进一步评价秦始皇就知道了。他1973年针对郭沫若在《十批判书》中否定秦始皇的观点，写了七律诗，高屋建瓴地指出了秦始皇的关键的历史进步作用就在于制度建设上：“劝君少骂秦始皇，焚坑事业要商量；祖龙身死秦犹在，孔学名高实秕糠；百代都行秦政法，“十批”不是好文章；熟读唐人封建论，莫从子厚返文王。”
这里“祖龙身死秦犹在”里的“秦犹在”，指的就是秦始皇建立的郡县制为基础的中央集权制在秦始皇死后历经二千多年而不死；“百代都行秦政法”说的是秦始皇之后，各个王朝不过是这样那样改良秦始皇的中央集权制，以适应新的时代需要。但秦始皇中央集权制的根本的东西没有丢，也丢不掉，丢不起。
所以，陈寅恪不是也有“两千年来皆行秦政”一说吗？秦之后，一般人看到秦始皇死后，秦朝很快就灭亡了，就以为是秦始皇的中央集权制错了，所以汉代刘邦迫于功臣和封建文人谋臣们的压力和形势所迫，就恢复分封制，分封了异姓王和同姓王若干个，结果是连年战乱，汉王朝也最终灭亡了。西晋又一次恢复诸侯分封，结果也搞出了“八王之乱”，西晋王朝照样灭亡了。可见问题不在于中央集权制本身。顾炎武就说过：“汉以后之人，莫不认为秦以孤立而亡，不知秦之王，封建亡，不封建亦亡”。柳宗元则说：“秦之失，在于政，不在于制”，所以柳宗元在他的《封建论》里反对裂土分封。
毛主席要求知识分子和*党**内同志要熟读柳宗元的《封建论》，不要以为秦始皇的错是在中央集权制。毛主席这是从一个社会的根本制度出发，看待社会和历史发展的问题。毛主席对于一个根本制度的创立和维护是特别在意的。所以，把攻击的目标指向主席正在创立的社会主义制度，毛主席显然是不能接受的。
奴隶制取代氏族原始公社，是必然、是进步；封建制取代奴隶制，是必然、是进步；中央集权制，取代分封制是必然、是进步。社会主义取代资本主义也是必然、是进步。不管多么艰难，历史多么长久，这个进步一定要发生，一定要有人去促成它发生。所以，离开了社会主义根本制度的建设和巩固，就不能理解毛主席为什么也是不愿意*派右**翻天的，也是主张反*派右**进攻的；就不能理解为何后来他在八届二次会议上还要那样直率地讲上面的一番话。秦始皇的“坑”是肉体消灭，毛主席的“坑”是思想改造。这是有天壤之别的，体现了毛主席不是任何意义上的封建帝王，而是人民的领袖。
毛主席和柳宗元一样看到了“秦之失，在于政，不在于制”。在他看来，社会主义要“失”的话，也会是“失在政”，而不是“失在制”。所以，在1956年三大改造完成、初步确立社会主义制度之后，他就想坚持维护和巩固这个制度，并把重点放在“政”上，不失于政。所以，在赫鲁晓夫秘密报告出台和波兰、匈牙利事件发生后，毛主席采取了在“政”上主动出击，用整风运动来克服*产党共**的官僚主义和主观主义，以改进*产党共**的行政能力，不失于政。