故事发生在海底世界，那里生活着一个群族，他们的天空与人类的大海相连，掌管人类的灵魂与世间万物的运行规律，他们非人非神，是其他人。这天，一个叫椿的女孩参加族群的成年礼，需要每个刚满16岁的孩子到人间巡游七日，观察他们掌管的人间规律绝不能和人类有任何接触。族人做法打开了海天之门，椿的妈妈叮嘱椿漩涡是两个世界的唯一通道，一定要平安回来，喝过能变身的汤后，椿便幻化成一只红色的海豚和一起参加成年礼的同伴游向了人间，到了人间，椿看到了人间美丽的景色。
第六天，椿被海上游玩的兄弟吸引，这对兄妹也注意到了椿，他们保持距离观察着对方，晚上椿听完了哥哥的笛声后，便潜入海中回家，可是中途被捕鱼网缠住，在海边居住的兄妹看到了红色海豚遇难，善良的哥哥跳下海中救了椿，可自己却溺水而死，椿无能为力，只能回到了家中。椿询问了爷爷人死后要去哪里，爷爷告诉人死后灵魂会在如升楼化作小鱼由灵婆看管，椿到如升楼见到了灵婆，灵婆说要让死人复活需要用她一半的寿命当作交换，椿答应了灵婆，哥哥复活了，从此他们性命相连，直到小鱼变成大鱼返回人间，椿给哥哥取了个名字叫鲲，鲲慢慢长大，椿的好友湫帮鲲找了一个新家。这天夏日飞霜，族人意识到将有大难来临，椿告诉了湫自己用一半的生命交换鲲的事情，湫担心椿会受到惩罚，选择把鲲放生，赶来的椿得知后，奋不顾身的跳入河中寻找鲲，一个怪婆婆求了椿，拿走了椿的笛子，这样就能回到人间了。
湫去如升楼找到了灵婆打算用自己全部的生命交换椿失去的一半寿命。族长发现海水开始倒灌，打算杀掉不详之物，族人找到了椿和鲲，这时湫赶来打开了海天之门，但被怪婆婆夺去了笛子无法回到人间，只是成全了怪婆婆。这时更多海水从天上涌来，椿不忍看到族人受苦，椿选择自杀，和爷爷化成的大树在一起变成更大的树堵住了从天上流下来的海水，拯救了大家。灵婆施法救活了椿，但是椿失去了法力，变成了凡人，晚上，湫向椿表达了自己的爱意，告诉她，自己赎回了她的生命，椿说自己只把他当哥哥看，湫把椿和鲲送回了人间。
至此剧情达到高潮，相信你也在此刻潸然泪下。《大鱼海棠》营造的是一个宏大世界下的浪漫故事，相信很多人对于那些上古时代的名字熟悉非常，例如：火神祝融，赤松子，鹿神，嫘祖等，这些人物穿插电影中构成了这个时代的浪漫主义，椿的赤子之心，湫的爱而不得，更是把浪漫的爱情表现让人无法忘怀，你们说是不是呢