藻类是维持一个池塘生态系统稳定平衡不可缺少的一环。但藻类过多也会有问题。藻类有好有坏。好的藻类为水产养殖动物提供天然饵料，进行光合作用而释放氧气。坏的藻类消耗氧气，占据水体空间，释放毒素。
水产养殖常见藻类包括：蓝藻门、裸藻门、金藻门、甲藻门、隐藻门、硅藻门、绿藻门、黄藻门。以下为列出水产养殖常见藻类以及它们的镜检图，以便大家对他们有一个基本认识。
蓝藻门的藻类多数属于有害藻，但白鲢喜食且是很好的天然饵料。蓝藻是一种浮游生物，有单细胞，也有多细胞，容易在营养化的水中大量爆发。池塘中出现蓝藻时就应该提高警觉，可以通过在早期换掉上层水除去蓝藻。如果使用杀死蓝藻的药物，切记要使用解毒药！蓝藻死后是有毒的，产生的毒素将会对养殖动物构成威胁。常见的蓝藻有：如色球藻属，常生于温室的花盆上或潮湿的岩石和树干上；微囊藻属，为浮游性群体，夏季大量繁殖形成"水华"，危害水生植物；丝状体的有颤藻属、念珠藻属及鱼腥藻属等。
1、色球藻
色球藻（Chroococcus）藻体多数为2、4、6或更多一些细胞组成的群体，少数为单细胞。单细胞时细胞球形，群体中的细胞为半球形或四分之一圆形。细胞均具明显胶被，群体者既具群体胶被，其内的细胞也各具胶被，有的种类胶被还明显分层。细胞仅具原核。细胞蓝绿色、淡蓝绿色或灰色或黄色等。
色球藻为淡水常见种类，常见于有机质丰富的水体或潮湿的土壤和花盆壁上。
2、微囊藻
微囊藻（学名：Microcystis，来自拉丁文的mikros（小）与kystis（囊状物））是淡水中常见的一个蓝菌的属，其中包含会造成有害藻水华的铜绿微囊藻（Microcystis aeruginosa），其毒素会导致肝脏、胆囊病变。
命名所显示，微囊藻的特征是小型的细胞且没有鞘的包覆。细胞常聚集成大至肉眼可见的群落，本为圆形，但随细胞数增多会逐渐出现孔洞并变不规则。其原生质体的颜色为浅蓝绿色，但充满气体的囊泡常会呈暗色，这是在光学显微镜下用来鉴别微囊藻的特征之一。
颤藻
颤藻（Oscillatoria）属于颤藻科，最原始的绿色植物之一，是丝状的蓝线菌，属于原核生物。表面有黏液鞘，在显微镜底下可以看见细薄的丝状构造，藻体内分泌的胶状物质把丝质在水作媒体的作用下推动，在水面作有韵律的颤动，故名颤藻。是分布最广，种类最多的蓝藻菌，其生命力极强。
颤藻生长不受季节变化的影响，一年四季都可以采到。颤藻细胞直径比细菌大，甚至可以达到70微米。
