众所周知，黄河漕运的航道尤以三门峡段最是险要，因险滩急流所阻，途经这里的运输其实并不畅通，有如“瓶颈”一般限制住了东西之间的往来。有鉴于此，历代居于长安的统治者莫不以不计成本地投入来整治河道，只为打通这一条联系到京畿供应的运输大动脉。事实上，有关三门峡漕运的问题已经形成了不少的论著，常言其道途艰险，但就其河道狭隘的客观存在却鲜有关注，仍有待于做进一步讨论。
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1.“底柱隘”与“镌广”治河
有汉一代，应漕粮输入关中的需要，始有三门峡漕运初成规模，并常年保持“岁漕关东谷四百万斛以给京师”的规模；事实上，基于运输往来的损失情况，彼时已有感到所谓“砥柱之限”的影响。
其后，三门峡河道亦与汉代的治河工程产生了联系。联系到这里的地质构造来说，“三门峡北为太行山系，南为秦岭山脉，南北两山夹持，使三门峡成为黄河水系东流入海的重要通道”，“由于两侧山地持续抬升，促使黄河水流的下切侵蚀加剧，发育形成深切峡谷；又以黄河地堑的不断下降，构造成为盆地底部，从而表现出了较为显著的河流堆积作用。
据此而论，恰好可以与《水经注》中的文字描述相联系，正如“河水翼岸夹山”一语，黄河河道经三门峡段已明显收窄，加之从上游携带下来的河流堆积物沿途沉积，已经在河床上堆积成了诸多深浅不一的河滩，让原本就并不怎么宽阔的水域显得更加“拥堵”；相应地，受此影响，河水也收束成一股“阏流”。故每每经此峡谷隘口，一旦黄河水势稍有增大，就很容易形成洪流冲击而下，这点无疑会对下游地区的防洪和逆流而上的漕船构成严重的安全威胁。
同例，援引自《后汉纪》载：兴平二年(195年)，献帝逃亡至陕，遭李傕所部*攻围**，于此危急形势下，别将李乐“欲令车驾御船过砥柱出孟津”，太尉杨彪曰：“臣弘农人也。自此东有三十六滩，非万乘所当登也。”宗正刘艾亦曰：“臣前为陕令，知其险。旧故有河师，犹有倾危，况今无师。”
据其描述，可见东汉时就已经有设置专门的“河师”负责沿途导航，应与“镌广”治河的失败存在联系；但即便如此，三门峡漕运的船只仍“犹有倾危”，致使一般载人航行都不能够得到安全保证，足以说明通行条件之恶劣程度。
不难发现：针对河道险情的客观存在，魏晋时期已经有形成“岁常修治”的固定制度，应当是利用黄河枯水的季节，专门就河道中的堆积物予以清理。只不过，这些工程多“功卒不集”，类似于小修小补，故“虽世代加工，水流淵济，涛波尚屯”，整治效果并不怎么明显，而“及其商舟是次，鲜不踟蹰难济，故有众峡诸滩之言”。
那么，诚如番系所言“砥柱之限”一语，因三门峡段河道过于狭窄，限制了东西之间的交通往来，势必会对三门峡漕运造成严重影响。
2.“砥柱山崩”导致“壅河”
较为值得注意的是，类似于汉代“镌广”治河的情况，隋初亦有对三门峡的砥柱石进行过一次穿凿。
然而，这样的情况并未能持续多久时间。在此之前，一般都是以隋末动荡作为漕运衰败的合理解释；看似无误，但却很可能忽略了一项极为重要的史实，即“砥柱山崩”所导致的“壅河”现象。事实上，三门峡所处正当汾渭地震带活动范围，参照《中国历史地震图集》统计，这里在历史上的地震活动原本就很频繁、强烈，仅有记载的破坏性地震可达87次。
有鉴于此，自是常有“壅河”的现象发生，对河道造成不同程度的堵塞；所以，也就有了“岁常修治”的需要，倘若不定期予以清理，恐怕只会使“底柱隘”的问题变得越来越严重，直至航道彻底断绝。显然，在经历了这一次“砥柱山崩”的破坏以后，河水倒灌，三门峡漕运只能再度中断，而隋代为修治河道所付出的努力几乎全部作废。
至唐初，经行砥柱已被往来船只视作畏途。考虑到这次运载货物的特殊性，行船时必定会十分地小心，而在排除了人为因素的干扰以后，仍不可避免倾覆损失，则只能证明航道确实已是残破不堪，甚至根本就无法安全地通行。
面对这种情况，在相当长一段时间里，唐朝都只能“自洛到陕皆运于陆，自陕至京乃运于水”，等同于放弃了三门峡的漕运航道，借“以避底柱之险也”，“但这显然不是解决问题的办法。
3.“底柱隘”对运输效率的限制
既以“底柱隘”的存在，仅就运输而言，最直接的影响莫过于对效率的限制：经此峡谷隘口，不仅“阏流”为险，航道也相应收窄，这在很大程度上限制了三门峡漕运单位时间内漕船通行的数量。对此，可试以数据推算来进行初步论证。
首先，是对漕运运量进行估算。以唐代漕运为例，主要以玄宗时期作参照：开元二十一年(733年)，按裴耀卿所提“节级取便”方案，开辟“北运”线路，“凡三岁，漕七百万石”，年均约230万石；而“开元初，河南尹李杰始为陆运使”，设“八递”用车，“每岁冬初起，运八十万石，后至一百万石”，“是为陆运数额；至天宝中，“每岁水陆运米二百五十万石入关”，但遭安史之乱破坏以后，唐后期漕运状况已大不如前，仅“水陆运每岁四十万石入关”，“尚且不能保证。
据此分析，在扣除陆运部分后，推算运量可达到130～200万石左右。同理，按度量衡标准折算，汉代运额亦在此范围内。
其次，是对漕船载重与数量的计算。考虑到“镇恶所乘皆蒙冲小舰”，可见砥柱一段并不通大船。但即便是一般漕船，却也有明确的载重限制，如人门栈道摩崖题刻记载：大唐贞观十六年四月三日，岐州郿县令侯懿、河北县尉古城师」前三门府折冲侯宗等奉勃造松两艘，各六百石，试上三门。就这次试航所见，较之“造船一艘，计举七百石”所述，应与实际大体相符。若按此计算，则以往对漕船的需求量当在2000～3000艘左右。
为确保漕运的恢复，刘晏曾在扬州定制“上门填阙船”，载重可达1000石，几乎是一般漕船的两倍。很明显，之所以要更大的容量，只能是为缩减船只的数量：考虑到“底柱隘”的存在，经行漕船在数量上必然受到限制，若是容量太小，导致所需数量过多，就会在砥柱之侧造成拥堵；所以，这才要造“歇皇支江船二千艘”，增加单次通行的运量，是为提高运输效率所用。
再次，是对通行时间的推算。仅春秋时节才相对适宜运输，则每年也只有五个多月时间可供通行。那么，何以在限定时间内完成相当数量的运输，也就成了三门峡漕运所必须要面对的难题。就实地所见，假以人力纤挽，漕船只能逐一排队通过三门，考虑到纤引的过程并不轻松，若真是按“每纲上三门，无损伤，亦近百日方毕”来推算，则数千艘船只必定会拥堵于三门之下。
4.辅助线路的开辟
有鉴于此，基于对“砥柱之限”的认知，当低效率的运输不能满足需求时，就只能选择另辟线路。据《新唐书·食货志》记载，在唐玄宗统治下，为扩大运量，至少有开辟过三条辅助线路。
其一，“北运”线路。“北运”线路的开辟由来已久，始自唐朝复辟以来，即有在三门峡段黄河北岸推行陆运；如前文所述，按裴耀卿所奏请的“节级便取”方法，唐朝于开元二十二年(734年)前后在“三门东置集津仓，西置盐仓，凿山十八里以陆运”，经此船漕车转，漕粮可以通过十八里山路的转运，借“以避三门之水险”，直接送抵太原仓。故此，遂有“自河阴西至太原仓，谓之北运”。
及至贞元时，为重新恢复因安史之乱而断绝的漕运，仍有陕虢观察使李泌“益凿集津仓山西迳为运道，属于三门仓”，这条新开辟的“运道”与先前所修的十八里山路双相并行，专“治上路以回空车”，而另设下路以行载重，如此形成对流交通，更是进一步提高了陆上运输的效率。
其二，“八递”南路陆运。在黄河南岸，依循崤函故道的线路亦有开辟一条“八递”线路。为解决开元初年的关内饥荒，唐玄宗委任“河南尹李杰为水陆运使”，于开元二年(714年)起，“从含嘉仓至太原仓，置八递场，相去每长四十里”，其间“用车千八百乘”，往来于各“递场”做逐级转接，是为黄河南岸的主要陆运线路。
值得一提的是，在裴耀卿罢相以后，由于无人统筹运输，一度致使“北运颇艰”；在此状况下，黄河南岸的“八递”运输已经是唯一的陆上运输线路，自然要更加繁忙。但是，高频率的陆运势必要占用更多的畜力资源，遂有“河南尹裴迥以八递伤牛”故，为节省牛畜的使用，“乃为交场两递，滨水处为宿场”，仍是借以船漕车转的方式在部分河段进行漕运。
其三，“开元新河”。据考古工作者勘察，“开元新河”的故址仍位于砥柱之侧。显庆元年(656年)，“苑西监褚朗议凿三门山为梁，可通陆运”，意欲直接在人门左岸开辟出一条道路来，无奈“乃发卒六千凿之，功不成”，可以想见这在工程设计上仍有不小难度。
继其后，至开元二十九年(741年)，又有“陕郡太守李齐物凿砥柱为门以通漕”，正如“开其山巅为挽路，烧石沃醯而凿之”所述，这是难度和规模最大的砥柱整治工程，用工着实费力，这才好不容易穿凿出来一条人工石渠，史称“开元新河”。
总体而论，这三条辅助线路的开辟不仅是为改善运输条件所用，除绕行砥柱以求安全外，更大意义还是在于拓宽漕粮运输的渠道，以增加运量。
但必须指出的是，这些增运线路的开辟往往因时所需，受条件所限，与预期尚且存有一定的差距：仅以“开元新河”为例，按《唐会要》所述，工程自开元二十九年十一月始，至天宝元年(742年)正月二十五日“渠成放流”，“工期仅三个月的时间，不免略显仓促；
虽已完工，“然弃石入河，激水益湍怒，舟不能入新门”，这与杨焉“镌广”治河情况较类似；此外，由于人工石渠穿凿的深度明显不足，实际上仅容黄河水流漫过，却无法载舟承重，只得“候其水涨，以人挽舟而上”，还是需要借助于人力纤引；
故此，“天子疑之，遣宦者按视”，想必已经产生了怀疑，而“齐物厚赂使者，还言便”，“竟然蒙混通过了朝廷方面的检查，此事最终还是不了了之。但是，仅仅数年过后，石渠便因为“河泥旋填淤塞，不可漕而止”，足以说明这条新开辟的线路其实也未能使用多久。