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示图1
1.有机物污染的危害:
硝化作用会受到有机污染抑制无法进行，且会干扰硝化细菌的趋化性。
2.竞争性排除作用的危害
生存空间若被有机污染化，大量腐生菌入侵，则对硝化细菌构成排挤，是生活空间的问题，非竞争食物的问题。
过滤器上层：腐生菌的大本营
过滤器下层：硝化细菌的大本营，
过滤器运转一段时间后，上层堆积的有机质越来越多，下层势必被有机污染化，为避免下层硝化细菌被腐生菌排挤，故要定期清洗或更换上层的过滤棉。
3.掠食者捕杀的危害
轮虫、原生动物、甲壳类幼虫等，轮虫威胁最大，但只出现在高浓度溶氧的水中(绝对好气性)，及有机质很低之处。
示图2
4.强光照射的危害
日光能使大部分非光合细菌的细胞分裂及代谢功能受到伤害。光线对硝化细菌的生长及繁殖有抑制现象，故它们均有避光现象。
5.*制剂抑**的危害
醋酸、乳酸、硫化氢或农药。特别的是，溶氧、氨与亚硝酸盐等必要生存资源，若浓度过高，同样也会有抑制作用。
6.硫化氢的危害
是所有生物的呼吸毒物，仅在无氧水体中稳定存在，如缸底有机废物沉积过多，导致厌氧环境，便会产生。底沙不易整理，饲养大型鱼建议用裸缸。
示图3