第一种说法：
《九阴真经》是记录绝顶武功的秘籍。在宋徽宗皇帝政和年间，他在天下各地搜寻道教，版画和印刷作品。皇帝任命刻板制书之人黄裳，来执行这个任务。黄裳经过几年的雕刻和研究，他深入学习并悟出了武功中的精髓。他在没有人帮助的情况下，无师自通，修炼了内功和外功，竟然成为了一个武功大师。
在随后的几年中，民间出现了一个四处搜寻武功秘籍的教派“明教”，黄裳奉命剿灭这些“邪魔外道”，并杀死了许多明教高手，其中也包括许多武术大师。
后来，许多武术大师都向他*仇报**。他们人数众多，黄裳寡不敌众，负伤出逃，但他的父母、妻子和子女都被“明教”所杀。黄裳到了一个荒无人烟的地方躲了起来，追杀他的那些人的一招一式，他都熟记于心。为了*仇报**，他苦思破解这些招式的方法。久而久之，他终于对每个敌人的招式有了破解办法，于是他就出来*仇报**。没想到敌人都老死了，原来自从他努力学习各种武术以来，已经过去了四十多年。
黄裳这才意识到生命的短暂。为了不浪费自己的心血，他把自己几十年来的武功心得写成了两本书，并将其命名为《九阴真经》。这本书中包含的武术突然出现在世界上。这本书的武功奇幻神秘，一现江湖，令天下习武之人趋之若鹜，你争我夺，为此数百名英雄丧生。后来，郭靖和张无忌就是修炼了《九阴真经》中的绝学，才成为天下第一的大侠。
第二种说法：
由东晋著名的高僧法显所著，它包含了内外上乘功夫的修练方法，举凡吐纳、固婴、葆元以及沟通全身关窍、领悟大道的原理，非常详尽。法显写完书后，就精疲力竭而亡，并传给第一个弟子无着。谁知道不久就被杀害，真经也不知下落。从那时起，武林中因抢占经文而被杀死的人比比皆是，每一个拿到经文的人只能修炼到一层，如果他将经文保存四五年，他肯定会被杀，死状也是极其凄惨。
直到达摩来到东方，写下易筋、易骨、洗髓三部经书后，武林中的人们才对《九阴真经》淡了几分。当时，崆峒派名宿海云子获得了《九阴真经》，由于担心经书会落入恶人之手，海云子将其保存在敦煌石窟中。昆仑派五位长老上山挑衅并想要夺取经文，海云子抄袭《九阴真经》并将赝本奉上。海云子则带着经文隐居于华山，并在去世前小心翼翼地将经文藏在溪流下的石鱼腹中。后来，王重阳发现了它，这才有了后来的华山论剑。