对于急性脑卒中的早期康复医疗来说，禁忌症大约可以归纳为三类:
1、病情过于严重或在进行性加重中，如深度昏迷、颅压过高、严重的精神障碍、血压过高、神经系统症状仍在进行发展中等；
2、伴有严重的合并症，如严重的感染(吸人性肺炎等)，糖尿病酮症、急性心肌梗死等；
3、严重的系统性并发症，如失代偿性心功能不全、不稳定型心绞痛、急性肾功能不全、活动性风湿病、严重的精神病等。
早期科学合理的康复治疗能提高中枢神经系统的可塑性，可以较好地挖掘损伤修复的潜力，促进末端突触再生，所以一般认为，早期进行康复训练将缩短整个康复过程。循证医学研究也表明， 早期康复有助于改善脑卒中患者受损的功能，减轻残疾的程度，提高生存质量。 但是也要注意以下几点如出现应停止训练，予以观察:1脉率增至训练前的130%以上，或脉率大于120次/min;训练中收缩压升高大于40mmHg,或舒张压升高大于20mmHg;2出现心悸、恶心、头晕、呼吸困难等；出现短时间内不能恢复的谵妄、嗜睡、昏迷等症状以及焦躁、暴怒的精神症状。
一般认为对于超急性期(48小时内)的患者为了避免过早的主动活动使得原发的神经系统疾患加重，影响受损功能的改善，通常主张在生命体征稳定48小时左右，原发神经系统疾患无加重或有改善的情况下，开始进行康复治疗(脑出血患者脑水肿程度相对较重，一般主张发病后3~8天，待患者病情稳定后开始康复治疗，包括预防失用综合征的治疗)。但2015年的一项针对五个国家“脑卒中康复介入时机的选择”的大型研究表明，在密切检查患者病情保证安全的前提下，在超急性期进行康复的介入，康复周期确实有所缩短(此时一散不建议进行肢体运动等主动康复训练，即使是床边康复也要慎重对待)。
理论上来说无论从何时对脑卒中患者进行康复介人都是有益的，当然基本原则是越早越好；但是客观的说脑卒中康复是一个长期的过程，即使是恢复期的患者如能达到连续或间断的康复训练或是指导对于其改善功能参与社会也是非常重要的。
因地制宜、以人为本、个体评估、选择个性化的介人手段才能既达到良好的后期康复效果又保证安全性。