一、我们公司已扣公积金但并未实际缴纳，个人所得税如何处理？
问：我在某公司上班,公司按照应发工资总额的 13%计提住房公积金,在个人应付工资里面扣掉，然后又以现金的形式将这笔住房公积金发给我们，这种形式的住房公积金可以在税前扣除吗?
答：根据《财政部、国税总局关于基本养老保险费基本医疗保险费失业保险费住房公积金有关个人所得税政策的通知》(财税[2006]10 号)规定:
“二、根据《住房公积金管理条例》、《建设部 财政部 中国人民银行关于住房公积金管理若干具体问题的指导意见》(建金管[2005]5号)等规定精神，单位和个人分别在不超过职工本人上一年度月平均工资 12%的幅度内，其实际缴存的住房公积金，允许在个人应纳税所得额中扣除。单位和职工个人缴存住房公积金的月平均工资不得超过职工工作地所在设区城市上一年度职工月平均工资的3倍，具体标准按照各地有关规定执行。
单位和个人超过上述规定比例和标准缴付的住房公积金，应将超过部分并入个人当期的工资、薪金收入，计征个人所得税。
三、个人实际领(支)取原提存的基本养老保险金、基本医疗保险金、失业保险金和住房公积金时，免征个人所得税。”
根据上述规定，贵公司税前计提但并未实际缴存，以现金形式发放的住房公积金不能在个人所得税前扣除。并且贵公司按应发工资总额的 13%计提住房公积金的比例也超过了 12%的标准，即使上述计提并实际缴存，超过比例的部分也不应从个人的工资总额中扣除。(国税总局 2010/1/28)
二、问:我们单位尚未办理住房公积金福利，我以个人参保的形式缴纳住房公积，如何缴纳个人所得税?
答:对于单位未为职工缴纳住房公积金的，而由职工个人自行参与住房公积金制度，并由职工代替单位缴纳应由单位缴纳的住房公积金部分。如果所在城市住房公积金管理部门同意该职工个人缴纳住房公积金，根据现行个人所得税政策规定，其应由职工个人缴纳的部分，可按照有关规定在个人所得税前扣除，而职工个人替单位负担的部分，在计算个人所得税时，不得扣除。
附送两个社保问题处理方法：（有点冷）
1、问题:补充医疗保险是否缴纳个人所得税?
答:现行个人所得税法和有关政策规定，单位替职工缴纳补充医疗保险，应与当月工资收入合并缴纳个人所得税。目前，暂不能比照企业年金(补充养老保险)。
那可否在企业所得税税前扣除？对符合补充医疗保险规定的，企业为在本企业任职或者受雇的全体员工支的补充医疗保险费，在不超过职工工资总额 5%标准内的部分，在计算应纳税用得额时准予扣除;超过的部分，不予扣除。计提而未实际支付的也不得税前扣除如果不符合补充医疗保险规定，按照《中华人民共和国企业所得税法实施条例》(国务院令 2007 年第 512 号)第三十六条规定，企业为投资者或者职工支付的商业保险费，不得扣除。也就是说，个人所得税是不可以税前扣除，但企业所得税在符合条件下是可以扣除的。
2、大病医疗保险金:不得在个人所得税税前扣除
《中华人民共和国个人所得税法实施条例》第二十五条规定，单位为个人缴付和个人缴付的基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费。住房公积金，从纳税义务人的应纳税所得额中扣除。大病医疗保险金不属于个人所得税法实施条例里列举的基本保险类，由于目前未有相应的政策规定，因此不允许在个人所得税前扣除，需要并入个人当期的工资、薪金收入，计征个人所得税。
那可否在企业所得前扣除？《企业所得税企业所得税法实施条例》第三十五条规定：“企业依照国务院有关主管部门或者省级人民政府规定的范围和标准为职工缴纳的基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费、工伤保险费、生育保险费等基本社会保险费和住房公积金，准予扣除。”第三十六条规定：“除企业依照国家有关规定为特殊工种职工支付的人身安全保险费和国务院财政、税务主管部门规定可以扣除的其他商业保险费外，企业为投资者或者职工支付的商业保险费，不得扣除。” 因此，大病医疗保险不能在企业所得税税前扣除。