医学院是高等院校发展的压舱石和稳定器。上海有普通高等本科大学40所，普通高等专科院校有24所。985工程大学（4所）：复旦大学、上海交通大学、同济大学、华东师范大学；211工程大学：上海外国语大学、上海大学、东华大学、上海财经大学、华东理工大学、海军军医大学。此外还有数所军校。
上海交通大学医学院，上海交通大学医学院前身是由圣约翰大学医学院（创建于1896年）、震旦大学医学院（创建于1911年）、同德医学院（创建于1918年）在1952年调整时合并而成的上海第二医学院。2005年上海交通大学、上海第二医科大学正式合并，在原上海第二医科大学和原上海交通大学医学院基础上，组建上海交通大学医学院。学院现拥有重庆南路、闵行两个校区；有临床医学八年制（授予博士学位）、临床医学八年制（口腔医学方向，授予博士学位）和7个本科专业（临床医学、口腔医学、生物医学科学、预防医学、医学检验学、护理学、营养学）。其中，临床医学、口腔医学、医学检验学、护理学为国家特色专业；临床医学八年制（法文班）、临床医学八年制（4+4硕博班）、临床医学五年制（儿科学方向）、临床医学五年制（英语班）是学院的特色班级。有12所附属医院（附属瑞金医院、附属仁济医院、附属新华医院、附属第九人民医院、附属第一人民医院、附属第六人民医院、附属上海儿童医学中心、附属儿童医院、附属胸科医院、附属精神卫生中心、附属国际和平妇幼保健院、附属同仁医院）。截至2019年学院有教职医务员工34963名，专任教师686名，在职高级职称295人，博士生导师893人、硕士生导师1233人。其中包括中国科学院院士5人，中国工程院院士13人，欧洲科学院外籍院士2人，美国科学院外籍院士1人，法国科学院外籍院士2人，美国医学科学院外籍院士2人，英国皇家内科医师学院院士1人，法国国家医学科学院院士2人，发展中国家科学院院士4人，国际牙医学院院士1人，美国人文与科学院外籍院士1人，法国国家医学科学院外籍通信院士1人，英国皇家外科学院院士1人，国家“973”项目首席科学家18人次，教育部“长江特聘教授”20人，国家杰出青年基金获得者32人，教育部海外名师1人。
复旦大学上海医学院，复旦大学上海医学院创立时名为国立第四中山大学医学院，1932年独立为国立上海医学院。1985年更名为上海医科大学。2000年上海医科大学和复旦大学合并办学，组建成为新的复旦大学。2012年新的上海医学院成立。复旦大学上海医学院设有本科专业10个：临床医学（八年制）、临床医学（五年制）、临床医学（六年制）、口腔医学、基础医学、法医学、预防医学、公共事业管理、药学、护理学。现有博士学位授予权的一级学科9个（医学门类6个，非医学门类3个），设有博士后科研流动站8个：生物学、基础医学、临床医学、公共卫生与预防医学、中西医结合、药学、公共管理（医）、护理学。复旦大学上海医学院拥有中国科学院院士10人，中国工程院院士5人，有国家级高层次人才200余人，其中国家级青年人才100余人。截至2021年底，有在校博士研究生3477人，硕士研究生3338人，普通本科生4149人，共计10964人。有专任教师716人、专职科研人员161人，其中具有高级职称576人。有附属医院18所（含筹）：复旦大学附属中山医院、复旦大学附属华山医院、复旦大学附属肿瘤医院、复旦大学附属妇产科医院、复旦大学附属儿科医院、复旦大学附属眼耳鼻喉科医院、复旦大学附属金山医院、复旦大学附属上海市第五人民医院、上海市（复旦大学附属）公共卫生临床中心、复旦大学附属华东医院、复旦大学附属浦东医院、复旦大学附属静安区中心医院、复旦大学附属闵行医院、复旦大学附属质子重离子医院、复旦大学附属青浦区中心医院、复旦大学附属徐汇医院、复旦大学附属精神卫生中心（筹）、复旦大学附属口腔医院（筹）。
海军军医大学医学院，海军军医大学创建于1949年，时称华东军区人民医学院，主要由华东医务干部学校、第三*战野**军卫生部医学院、国民*党**原国防医学院部分留大陆人员和从地方招聘的专家教授组成。1950年更名为上海军医大学。1951年由中央军委正式命名为中国人民解放军第二军医大学。2017年更名为中国人民解放军海军军医大学，并对外保留第二军医大学校名。学校拥有中国科学院院士2名、中国工程院院士5名、美国护理科学院院士1名，两院院士后备人选6名，国家级创新团队8个，“973”首席科学家8名，国家杰出青年科学基金获得者24名、国家优秀青年科学基金获得者12名、“百千万人才工程”国家级人选10名、何梁何利基金科学与技术奖获得者7名、中国科协求是杰出青年奖获得者7名、*队军**高层次科技创新人才15名。学校有3所直属附属医院，1所非直属附属医院：海军军医大学第一附属医院（上海长海医院）、海军军医大学第二附属医院（上海长征医院）、海军军医大学第三附属医院（东方肝胆外科医院、东方肝胆外科研究所）、海军军医大学附属公利医院（上海市浦东新区公利医院）。
上海中医药大学，上海中医药大学成立于1956年，学校位于浦东新区张江科学城科研教育区内，占地500余亩，教学设施齐全、环境优美。学校有教职员工1300余人，拥有5名两院院士，5名国医大师，3名全国名中医，97名上海市名中医，700多名高级专家和教授，为国家培养和输送了各级各类中医药专门人才。全日制在校学生近8000人，校友遍布70多个国家和地区。学校有国家重点学科4个：中医外科学、中药学、中医内科学及中医骨伤科学；国家重点学科（培育）2个：中医医史文献学针灸推拿学；国家中医药管理局重点学科38个；上海市高峰高原学科4个。直属附属医院：上海中医药大学附属曙光医院、上海中医药大学附属龙华医院、上海中医药大学附属岳阳中西医结合医院，非直属附属医院：上海中医药大学附属市中医医院（上海市中医医院）、上海中医药大学附属普陀医院（上海市普陀区中心医院）、上海中医药大学附属市中西医结合医院（上海市中西医结合医院）、上海中医药大学附属第七人民医院（上海市第七人民医院）、上海中医药大学附属光华医院（上海市光华中西医结合医院）。
同济大学医学院，同济大学在新世纪之初重建医学，与原上海铁道大学合并，在原上海铁道大学医学院的基础上恢复设立了同济大学医学院。医学院分布在四平路、沪北、沪西三个校区，有基础医学院、护理学院（筹）、全科医学院（筹）、康复医学院（筹）、药学院（筹）、公共卫生学院（筹）、生物医学工程与纳米科学研究院、十院临床医学院、同济临床医学院、东方临床医学院、肺科临床医学院、一妇婴临床医学院、附属杨浦医院、附属养志康复医院、附属皮肤病医院、附属上海市第四人民医院、附属精神卫生中心、附属天佑医院（筹）、附属普陀人民医院（筹）、附属康复医院（筹）、附属脑科医院（筹）以及20余家教学医院、社区卫生服务中心、实习基地，临床教学资源丰富，附属医院总床位数12 000余张。医学院拥有9个国家临床重点专科（胸外科、消化内科、产科、职业病科、呼吸科、中医科、急诊医学、临床护理专业和血液科），和一批上海市重点学（专）科和临床医学中心。
上海健康医学院，上海健康医学院是一所上海市属应用技术型本科医学院校。学校地处浦东张江科学城国际医学园区，现有全日制在校生1.1万余人，拥有临床医学、医学影像技术、护理学、康复治疗学、康复物理治疗、口腔医学技术、医学检验技术、卫生检验与检疫、食品卫生与营养学、健康服务与管理、药学、药物分析、生物医学工程、临床工程技术、数据科学与大数据技术、医疗产品管理、公共事业管理、智能影像工程、助产学等20个本科专业。学校拥有崇明医院、周浦医院、嘉定区中心医院、上海市第六人民医院临港院区4所直属附属医院，奉贤区中心医院、上海市第六人民医院金山分院等2家附属医院。
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