格雷格·卢卡和艾德·布鲁贝克（Ed Brubaker）于1999和2000年先后接手蝙蝠侠连载。卢卡曾参与《无人之地》，布鲁贝克则在2001年与画家达文·库克合作，以更现实的基调重新定义了猫女。卢卡与布鲁贝克联手推出大事件《布鲁斯·韦恩：逃犯》。当小布什入主白宫的时候，DC在漫画中让莱克斯·卢瑟成为了美国的第43任总统。尽管韦恩集团表示全力反对，但耍尽诡计的卢瑟最终还是成功当选，随后卢瑟决定对布鲁斯展开报复。蝙蝠女孩卡珊德拉的父亲大卫·该隐推理出蝙蝠侠的真正身份，他受雇于卢瑟，杀害了布鲁斯的一个女友维斯帕·法尔查德（Vesper Fairchild），并将尸体扔在韦恩庄园。哥谭警方以谋杀的嫌疑将布鲁斯刑事拘留，蝙蝠家族的众人为洗清布鲁斯的污名开始寻找蛛丝马迹。
出人意料的是，逃出看守所的布鲁斯向家族成员表示，根本没有洗清这个嫌疑的必要。蝙蝠侠声称，真正的布鲁斯在父母被害的那一晚就已经死了，蝙蝠侠才是他真正的自我，布鲁斯只是个面具，失去价值的面具大可扔掉，虽然他从看守所逃了出来，但只要永远穿着蝙蝠侠的披风，警方就没法抓到布鲁斯。蝙蝠侠这套钻牛角尖的偏激理论遭到了家族成员的一致反对，随着大卫·该隐落网，布鲁斯的罪名也终于被洗清。大卫没有将蝙蝠侠的身份告诉更多的人，作为交换，他要求布鲁斯照顾好自己的女儿卡珊德拉。
弗兰克·米勒在90年代的主打作品是《罪恶都市》和《斯巴达300勇士》，期间他为跨界漫画《再生侠与蝙蝠侠》担任编剧。进入新世纪，米勒不甘寂寞，推出《黑暗骑士归来》的续作《黑暗骑士再临》（The Dark Knight Strikes Again），又被称为《黑暗骑士2》（DK2）。米勒对续作的态度似乎不怎么严肃，剧情和画面如同吃错药一般混乱，媒体差评如潮，但米勒多年积累的名气依然让《黑暗骑士2》登上年度漫画销量榜首，让人哭笑不得。
随着正义联盟TV版的热播，部分动画设定也开始逆输出到漫画领域，如神奇女侠和蝙蝠侠的互动。格雷格·卢卡撰写了以“神奇女侠对蝙蝠侠”为卖点的短篇《海克提亚誓约》（The Hiketeia），获得好评，此后他成为神奇女侠与蝙蝠侠的双料编剧。曾负责《动作漫画》的乔·凯利从马克·怀德手中接过《JLA》的连载，联盟经过了新的扩招和重组，他笔下的角色更加注重情感，神奇女侠正式与蝙蝠侠交往，为了验证自己最终能否获得幸福，神奇女侠通过预言机器浏览两个人走到一起后可能出现的未来，结果喜忧参半，最终神奇女侠决定与蝙蝠侠回到朋友关系。乔·凯利走后，《JLA》的巅峰时代就此结束，连载不再设长期编剧，随着《身份危机》的临近，故事逐渐转从外患转向内忧。
吉姆·李
以托德·麦克法兰（Todd McFarlane）为首的一批漫画家不愿为漫威或DC做嫁衣，于1992年组建Image集团。曾经为漫威绘制《X战警》的韩裔画家吉姆·李在在Image旗下成立WildStorm（野暴风）工作室，推出《野猫敢死队》（WildCATs）和《风暴守卫》（Stormwatch）等画工精湛的作品。Image在90年代曾兴盛一时，但因为作者缺乏约束、脱稿频繁、重画面不重剧情、过渡炒作等问题，逐渐陷入困境。1998年，DC收购陷入财政危机的WildStorm工作室，吉姆·李开始为DC创作漫画。
吉姆·李的首部蝙蝠侠漫画是2000年的《黑与白》短篇。2002年末，他与杰夫·勒布合作，连载长达一年的新故事《缄默》（Hush），引起轰动。吉姆·李的线条扎实，配合宏大的场景和精美的电脑上色，画面效果极致奢华。杰夫·勒布第一次脱离前传背景，担任蝙蝠侠主线编剧，但剧本依然是过去的风格，各路英雄反派都来走一趟过场，然而《缄默》的结局远不如《漫长的万圣节》出色，留下一堆没有解释的问题，直到2008年保罗·蒂尼编剧的《缄默之心》（Heart of Hush）出版后，才把这些问题解决。
吉姆·李随后又和弗兰克·米勒联手推出《全明星蝙蝠侠与罗宾》，因连载不断跳票，三年只出了10本，米勒的剧情如同《黑暗骑士2》一般不知所云，好在李的加盟至少保障了画面。媒体对这部绣花枕头给予差评，米勒彻底走下神坛，然而两位名人的联手依然让漫画冲到了年度销量榜首位。
2002年末的另一部瞩目作品是格雷格·卢卡和艾德·布鲁贝克标新立异的《哥谭重案组》。二人把视角放在芮尼·蒙托亚等警局的骨干成员上，这些角色在其他漫画中只是无关紧要的配角，却在本作中担任主角，风格空前写实。在很长一段时间内，蝙蝠系漫画的动作元素多过推理元素，虽然对破案过程有一定的描写，但推理往往依赖于高科技分析或罪犯的口供，本格推理故事较少。《哥谭重案组》将视角转移到警员上，以本格推理为主，罪犯三教九流均有，案件的真相也并非全部轰轰烈烈，经常以反高潮风格结束，出乎预料但耐人寻味。
卢卡和布鲁贝克在漫画连载启动前就已经花了整整一年时间构思剧情，充足的准备赋予了本作优秀的剧本质量。《哥谭重案组》已经脱离了超级英雄范畴，再加上“前情回顾”板块，看上去更像是一部精彩的刑侦电视剧，华纳也的确打算把本作改编为电视剧，计划最终搁浅，不过2014年开播的《哥谭》在一定程度上借鉴了《哥谭重案组》的成功元素。本作基调写实，但其内容依然是DC宇宙的一部分，时间线与其他蝙蝠系连载基本同步，蝙蝠侠和各类超级反派也在漫画中亮相，并对蝙蝠信号灯这些特色设定给出详细解释，但并没有喧宾夺主，核心还是重案组。这部漫画为卢卡和布鲁贝克赢得多部权威大奖，销量却不尽人意，连载40期后宣布停刊，好在漫画塑造的几位主角有血有肉，赢得一定人气，停刊后依然在其他连载中保留了一定的戏份。
2003年，DC开启了新连载《超人/蝙蝠侠》，因为标题带一个“/”，故被读者亲切地称为“斜线漫”。这也是在《世界最佳搭档》因1986年的重启停刊后，DC推出的首部以超蝙为主角的常规连载。前两个故事的编剧由杰夫·勒布担任，在《全民公敌》中，卢瑟以总统的身份诬陷超人，发布十亿美元通缉令，超人与蝙蝠侠联手击败无数强敌，终于揭穿卢瑟的*局骗**，让他从总统沦为阶下囚。此前卢瑟为了入住白宫，将莱克斯集团交给塔利亚经营。塔利亚表面上和卢瑟保持合作，暗中帮助蝙蝠侠，卢瑟声名扫地后，塔利亚把莱克斯集团卖给了韦恩集团。《来自氪星的超级女孩》则以超人的表亲卡拉为重心。此后的连载不再设长期编剧，由各路名家客串，在时间线上也逐渐脱离其他连载独立成篇。《超人/蝙蝠侠》一直连载至2011年新52重启为止，于2013年被同类刊物《蝙蝠侠/超人》取代。
泰坦和少年正义联盟两支队伍在《毕业日》中并肩作战，经历了减员，最终重组。老一辈成员中，夜翼迪克和*火军**库罗伊加盟局外人，星火、钢骨和野兽小子回归少年泰坦，指导罗宾蒂姆等晚辈，蒂姆在这里逐渐磨练出一支属于自己的队伍。
格雷格·卢卡推出中篇连载《死亡与少女》（Death and the Maidens），引入新角色妮莎（Nyssa），她是塔利亚同父异母的姐姐，生于18世纪，凭借拉撒路之池活到了现代。二战期间，妮莎被德军关进集中营，拉斯阿古默许希特勒的*行暴**，没有对妮莎伸出援手，导致二者结仇。妮莎绑架了塔利亚，将她一次又一次杀死，又一次又一次投入拉撒路之池复活，通过这种手段对塔利亚进行折磨和*脑洗**。最终，妮莎干掉了拉斯阿古，成为刺客联盟的新首领，拉斯却对此表示满意，他希望两个女儿心狠手辣，这样才能继承自己的事业。这篇故事成为塔利亚的转折点，此后她依然多次协助蝙蝠侠，但逐渐变为反派。
蒂姆·德雷克担任罗宾的事情被父亲杰克发现，杰克因此怒斥布鲁斯，并威胁公布蝙蝠家族的秘密身份，蒂姆只得暂时卸任。搅局者史蒂芬妮·布朗自愿成为新的罗宾，但蝙蝠侠觉得她的能力不如蒂姆，很快找个借口开掉了她。史蒂芬妮认为，只要能够立下大功，证明自己，布鲁斯就会对她刮目相看，引出大事件《战争游戏》。史蒂芬妮从蝙蝠洞偷走了一份用于在局势恶化时稳住哥谭全城黑帮的计划，暗自推行，各大黑帮首脑如约而至，但关键人物“火柴马龙”并没有按计划现身，导致局势陷入混乱。史蒂芬妮并不知道“火柴马龙”是布鲁斯在黑帮的伪装，她暗自推行计划，布鲁斯自然不会现身。缺少“火柴马龙”的制衡，哥谭沦为黑帮火并的战场。史蒂芬妮被帮派头目黑面具抓住，遭遇严刑拷打，最终因伤重不治死在了医院。
漫画角色的死亡和复活在这一时期早已成为家常便饭，但作为又一场“罗宾之死”，读者依然对《战争游戏》的结局给予批评。身为蒂姆和卡珊德拉的同伴，史蒂芬妮多年来作为《罗宾》和《蝙蝠女孩》的常驻角色，积累了一定的人气。她担任罗宾时，并没有遭到大量读者的反对。就算她暗自推行计划让城市陷入战争，也罪不致死，况且蝙蝠侠需要对此承担一定责任。布鲁斯草率接受了史蒂芬妮成为罗宾的志愿，没有和她分享秘密，又迅速开掉了她，显得极不负责。面对批评，DC后来更改设定，称史蒂芬妮只是诈死，并没有去世。
丹·迪迪欧
问题在于，如果说芭芭拉经历瘫痪才能成为神谕，杰森经历死亡才能成为红头罩，那么史蒂芬妮并不需要经历这番折磨，在诈死后，她的能力和性格并没有发生大的变化，让《战争游戏》的虐心剧情显得缺乏意义。事实比读者的想象更丑陋，《战争游戏》的结局从头到尾都是DC高层丹·迪迪欧（Dan DiDio）等人策划的阴谋。“成为罗宾”只是烟雾弹，迪迪欧从一开始就计划让史蒂芬妮死亡。当年的《至亲之死》还有电话调查做借口，戏弄读者的《战争游戏》则是一场彻头彻尾的谋杀。实际上，连DC内部的编剧都表示了不满，但依然无法改变迪迪欧的计划。
《战争游戏》损害了蝙蝠侠之前与警方建立起的信任，戈登早已退休，新的局长下令追捕蝙蝠侠，黑面具趁机上位，很快就遇到了新麻烦。早已死去的二代罗宾杰森·托德在《红头罩之下》中复出，他可以原谅布鲁斯没能挽救自己的失误，但无法忍受小丑依然活着的事实，质问布鲁斯为何不为自己*仇报**雪恨。杰森使用哥谭过去的著名帮派红头罩作为新的身份，他不再恪守杀戒，拿起了枪械，通过胁迫和控制等手段打击犯罪，对不予服从的黑面具发动猛攻。严格意义上讲，杰森并不算真正的反派，更像是反英雄（反传统英雄），但他的作风和手段无法得到蝙蝠侠的认同，二者的关系直到六年后的新52时代才发生变化。
正义联盟的亲属在《身份危机》中纷纷遭到袭击，闪电侠的反派回旋镖队长闯入蒂姆·德雷克的的住所，与蒂姆的父亲杰克同归于尽，导致蒂姆成为父母双亡的孤儿。随着调查的深入，联盟过去的黑历史被挖掘出来。多年前，罪犯光博士（Dr Light）溜进了瞭望塔，伤害英雄家属，被赶到现场的多名英雄制服后，他宣称要把毒手伸向更多的联盟亲属。众人当场投票，决定让魔法师扎塔娜（Zatanna）将光博士*脑洗**，删去这部分记忆，此事却遭到蝙蝠侠的反对，众人一不做二不休，将蝙蝠侠也洗了脑。联盟内部的矛盾逐渐浮现，正如同绿箭所说：“克拉克只会听他想听的，布鲁斯只会知道他想知道的”。
绿箭很清楚，布鲁斯不会善罢甘休。果不其然，被*脑洗**后的蝙蝠侠过了一段时间，逐渐恢复记忆，原本就疑心重重的他建立了监视全球联盟成员的卫星网络“兄弟之眼”。然而，卫星的资料被野心家麦克斯韦·洛德（Maxwell Lord）入侵，联盟成员遭到攻击，为了让超人脱离控制，神奇女侠被迫扭断了麦克斯韦的脖子，这一景象通过网络传播到全世界，引起哗然。
一切乱相都被当年《无限地球危机》中留在天堂空间的人看在眼里，小卢瑟认为他们保留了一个黑暗错误的世界，有必要恢复多元宇宙，用更好的世界取而代之。至尊超级小子击碎时空障壁，改变一系列历史，让杰森·托德从坟墓中爬了出来。小卢瑟利用反监的尸体搭建时空塔，开始恢复多元宇宙。夜翼为保护蝙蝠侠，遭小卢瑟枪击，陷入重伤状态，狂怒的蝙蝠侠试图杀掉小卢瑟，被神奇女侠制止，小卢瑟最终死于小丑之手。发狂的至尊超级小子干掉了主世界的超级小子康纳和地球二的老超人，最终被绿灯军团擒获，关押在军团总部欧阿星（Oa）。这场名为《无限危机》的大事件成为DC的第三次重启，主要目的在于恢复多元宇宙。算上作为主世界的新地球，一共有52个地球。
《无限危机》结束后，DC用一年的时间连载周刊《52》，身心俱疲的布鲁斯、迪克和蒂姆离开哥谭一年进行修炼，蒂姆为了纪念好友超级小子康纳，换上了一身红黑搭配的新制服，期间恢复正常的哈维·丹特代替蝙蝠侠治理犯罪。主线故事则直接跳跃到一年后，以《面对面》（Face to Face）为起点，布鲁斯回归哥谭，戈登也重新担任局长，警署与蝙蝠侠恢复关系。哥谭出现针对超级反派的连环谋杀案，证据指向哈维·丹特，虽然最后查清凶手另有其人，然而被怀疑的丹特在盛怒之下自毁皮肤，变回了双面人，此后布鲁斯正式将蒂姆收为养子。
《52》这部周刊连载创造了新一任蝙蝠女侠凯特·凯恩（Kate Kane），她是火鸟贝蒂·凯恩的表姐，也是布鲁斯·韦恩的表妹，但她和韦恩家族的关系并不紧密，行动更为独立。凯特的父亲雅克布·凯恩（Jacob Kane）是美军上校，母亲在她12岁那一年死于绑匪之手。凯特意图参军，却因为同性恋倾向没能从军校毕业。理想破灭的她开始花天酒地，结识了同为同性恋的女警芮尼·蒙托亚。蝙蝠侠出现后，凯特找到了新的方向，开始偷取*用军**装备打击犯罪。父亲雅克布无力阻止她的夜巡，只得为她提供装备、基地、资金和战术支持。《52》中的芮尼·蒙托亚已经离开哥谭警局，借酒浇愁的她在初代问者维克·萨奇（Vic Sage，《守望者》中罗夏的原型）的帮助下走出低谷，在萨奇因癌症去世后，蒙托亚成为了二代问者。
从2006年的《蝙蝠侠与其子》开始，格兰特·莫里森接手蝙蝠侠连载，拉开七年大戏的帷幕，保罗·蒂尼作为支线编剧辅助莫里森。之前的多部异界作品都曾出现蝙蝠侠与塔利亚的儿子，莫里森将这一概念引入正史，创作出黛米安·韦恩（Damian Wayne）。他并非自然受孕，而是一名试管婴儿。塔利亚多年来向布鲁斯隐瞒孩子的存在，黛米安在刺客联盟长大，自幼按照顶级杀手的标准接受训练，在母亲的熏陶下，黛米安养成了暴戾的性格，视杀人为家常便饭，这与蝙蝠家族的价值观相悖。塔利亚将儿子当作一枚牵制布鲁斯的筹码，布鲁斯对于如何教育这个突然冒出来的傲慢儿子感到极为头疼。
在莫里森最初的计划中，黛米安只是一位登场后迅速死亡的短命角色，但随着连载不断推进，莫里森觉得黛米安越写越有趣，可以牵出更多的剧情，让他逐渐成为常驻角色。《蝙蝠侠》第666期描绘了一个可能发生的未来，一个如同地狱般的哥谭，布鲁斯已死，成年的黛米安化身蝙蝠侠，他把罪犯直接送上西天，因此与警察局长芭芭拉·戈登产生了冲突，这一期登场的很多新反派在日后成为了莫里森连载的常客。
2007年的大事件《拉魔复活》（The Resurrection of Ra’s al Ghul）将焦点转回刺客联盟。拉斯阿古的儿子“白幽灵”杜桑试图将其复活，但需要新的身体作为长期的魂器，以带血缘关系的人为最佳。杜桑以黛米安为目标，塔利亚表示反对，黛米安来到哥谭求助，蝙蝠洞遭到入侵，陷入乱战。黛米安和蒂姆被刺客绑走，布鲁斯与迪克前去营救，最终拉斯以儿子杜桑的身体为魂器完全复活。
蒂姆·德雷克在这几年的连载中屡次遭遇不幸，女友（史蒂芬妮）、父亲（杰克）和好友（康纳）相继横死。《拉魔复活》期间，他试图取走一部分拉撒路池水作为样本进行化验，研究复活技术，但最终放弃。很快，他发现一位身穿紫色披风的神秘人出现在哥谭，连载最终揭露这位神秘人就是史蒂芬妮。莱斯利·汤普金斯医生为了保护她制造了诈死的手续，带她到非洲疗养，最终回到哥谭，这也是她的创造者查克·迪克森在彻底离开DC之前撰写的最后一段故事。这次经历让蒂姆对亲友的态度更为慎重，没有万全的证据不会轻信死亡。不久之后，超级小子康纳也复活了。
编剧布莱恩·阿扎瑞罗（Brian Azzarello）和画家李·贝尔梅霍（Lee Bermejo）在2005年推出《卢瑟》，以全新的视角审视这位超人的宿敌。2008年，二人推出短篇《小丑》，以帮派混混的视角解读这位哥谭最著名的精神病。小丑离开了阿卡姆疯人院，试图重夺地盘，在市区兴风作浪。二人笔下的小丑风格写实，基本褪去了喜剧元素，恐怖感倍增，这也许是漫画中最接近希斯·莱杰的小丑形象。贝尔梅霍表示，虽然这部短篇于2008年出版，但他和阿扎瑞罗对此已构思多年，其中小丑的造型早在2005年的《卢瑟：钢铁之躯》中就已经出现了，此时诺兰导演还未选定莱杰，是漫画先开创了这一形象，但他并不确定剧组在定妆时有没有参考这部漫画。
《蝙蝠侠安息》（Batman RIP）是格兰特·莫里森从2006年初接手连载时就开始构思的故事，相关元素的铺垫花了两年时间。首先登场的是2006年的《幽灵三蝠》（Three Ghosts of Batman），三个模仿蝙蝠侠的角色，一位持枪，一位酷似贝恩，另一位如同恶魔，三人针对蝙蝠侠的弱点发动袭击。2007年的《黑手套》讲述蝙蝠侠与“国际英雄俱乐部”（由世界各地崇拜蝙蝠侠的二线英雄组成）在孤岛聚会，落入神秘组织“黑手套”的陷阱，为生存侦破谜题的故事。这一切的幕后黑手赫特博士（Dr Hurt）在2008年的《蝙蝠侠安息》中决定对布鲁斯发动总攻。哥谭的报纸出现关于布鲁斯父母托马斯和玛莎的报道，声称夫妻二人的光辉形象都是作秀，私下生活极不检点，且沉迷于酒精和药物。托马斯·韦恩雇佣乔·齐尔刺杀玛莎·韦恩，并伪造了自己的死亡。此后赫特占领蝙蝠洞，自称托马斯·韦恩，但最终败给了蝙蝠侠。
实际上，赫特的真名的确是托马斯·韦恩，但他并非布鲁斯的父亲，而是韦恩家族在十八世纪被除名的败类，使用恶魔仪式存活至今，他*谤诽**布鲁斯父母的材料也是伪造的。在一系列围绕赫特博士的故事中，莫里森延续《阿卡姆疯人院》时期的心理描写手法，同时大量引用使用古早时代漫画的典故。《蝙蝠侠安息》以赫特和蝙蝠侠乘坐的直升机坠毁而告终，但这并非蝙蝠侠的结局，逃出直升机的他“死”于达克赛德之手。
奥利安在《最终危机倒计时》中挖出了达克赛德的心脏，干掉了自己的父亲，但随后又被穿越时空的放射性（Radion）屠神*弹子**击中，死在了《最终危机》的开场。蝙蝠侠前往调查，被达克赛德的手下慈祥奶奶俘虏，随后达克赛德以人类的肉体复活，在地球上广播反生命方程方程式，控制了大部分人类。达克赛德的手下试图复制布鲁斯的肉体和智慧，制造一支强大的克隆人军团，但布鲁斯将自己多年来遭受的所有痛苦反馈出去，这些常人难以忍受的记忆让机器瞬间崩溃。随后布鲁斯带着干掉奥利安的屠神*弹子**，破戒举枪射向达克赛德，自己也被达克赛德发射的欧米茄光线击中，待超人赶到现场，只看到了王座上垂死的达克赛德和蝙蝠侠的焦尸。
然而，《最终危机》的结局出现了布鲁斯在山洞中绘制蝙蝠壁画的镜头，他并未死去，而是穿越到过去的时空，超人找到的焦尸只是一具失败的克隆人。但为了纪念，DC在漫画中为他举行了一次虚构的葬礼。这部名为《披风斗士的命运》的短篇由擅长描绘迷幻氛围的尼尔·盖曼负责，蝙蝠侠的盟友和敌人尽数出席，回忆黑暗骑士的前世今生。短篇的风格多变，同一页漫画浓缩了多个时代的形象，极具收藏价值。
《披风争夺战》交代了布鲁斯消失后蝙蝠家族的去向。黑面具察觉到蝙蝠侠已经不在，遂与双面人和企鹅展开帮派火并，人们意识到，对于打击哥谭犯罪，蝙蝠侠是必须存在的。托尼·丹尼尔作为画家与格兰特·莫里森合作多年，《披风争夺战》的主线由丹尼尔第一次担任编剧，他把原本亦正亦邪的反英雄杰森·托德写成了一个真正的反派，引起争议。后来丹尼尔为《蝙蝠侠》主刊和《侦探漫画》写了几部故事，反响依旧平平。《披风争夺战》的混乱结束后，新的职位得以确立，迪克·格雷森和黛米安·韦恩成为蝙蝠侠与罗宾；蒂姆·德雷克变为红罗宾；卡珊德拉·凯恩将蝙蝠女孩一职传给好友史蒂芬妮·布朗；《幽灵三蝠》中的恶魔蝙蝠迈克尔·莱恩脱离赫特博士控制，改邪归正，成为新一代死亡天使。
《披风争夺战》结束后，DC打出《蝙蝠侠重生》（Batman Reborn）的旗号，为连载带来新气象。作为蝙蝠系的总设计师，格兰特·莫里森的新刊《蝙蝠侠与罗宾》自然成为焦点。迪克比布鲁斯更年轻，也更擅长与人相处，他很快就和黛米安取得了互相信任。一个是开朗的蝙蝠侠，另一个是冷酷的罗宾，颠覆传统的新组合颇为有趣，反派阵容则采取新老搭配的思路。这本连载虽然信息量大，但风格明快，雅俗共赏，各类读者都表示满意。
莫里森为《蝙蝠侠》主刊700期推出纪念刊《时间与蝙蝠侠》，收录四个不同时间段的蝙蝠侠，按登场先后顺序，分别为：布鲁斯·韦恩、迪克·格雷森、黛米安·韦恩和特瑞·马金尼斯。特瑞源于动画《未来蝙蝠侠》，但在这一期的设定与动画存在出入，属于彩蛋性质。
保罗·蒂尼的新刊《哥谭街头》（Streets of Gotham）卖点在于“用蝙蝠侠之外的视角观察蝙蝠侠”，这个视角可能是反派，可能是戈登局长，也可能是重要性更低的配角，让读者从街头巷尾而非蝙蝠侠的角度，重新审视哥谭，剧情对其他刊物起到补充作用。
蒂尼的另一本新刊《哥谭魅影》（Gotham City Sirens）以哈莉·奎恩、猫女和毒藤为主角。蒂尼在《蝙蝠侠：动画系列》中亲手创造了哈莉，也写过出色的猫女和毒藤剧集，对于这三位女性角色可谓轻车熟路。因为三人亦正亦邪，担任主角也合情合理，连载的成功明显提升了三人日后的地位。
众人已经接受布鲁斯的逝去，唯独蒂姆·德雷克表示怀疑，他换上红罗宾的新身份单飞，周游世界各地，终于找到了布鲁斯在历史上留下的蛛丝马迹。《红罗宾》的编剧交给以《X战警》闻名的克里斯多夫·约斯特（Christopher Yost），这是蒂姆迄今为止最后、最精彩的一段个人连载。他孤身打入刺客联盟，与拉斯阿古反复周旋，用实力证明自己是智谋最强、性格最冷静、最接近布鲁斯的罗宾。
史蒂芬妮·布朗成为《蝙蝠女孩》的新主角，由《超人前传》的编剧布莱恩·米勒负责。米勒选择他最擅长的清新路线，漫画风趣幽默，剧情也存在战胜过去、克服恐惧等传统超级英雄元素，但更重要的是对亲情、友情的描写。史蒂芬妮的格斗技巧不如卡珊德拉，侦查素质也逊于芭芭拉，然而她的人气并非源于能力，而是邻家女孩般的亲和气质，她的成功证明阳光风格在蝙蝠系连载中也有一席之地。
在格兰特·莫里森的带领下，布鲁斯的失踪非但没有让蝙蝠家族一蹶不振，反而焕发出新的生机与活力。莫里森希望尽量延后布鲁斯归来的时间，让迪克的蝙蝠侠成为常态，这样一来，今后的读者提到迪克，想到的不仅仅是罗宾和夜翼，还有蝙蝠侠这一身份，成为真正的继任者，就像当年《无限地球危机》后接替巴里·艾伦的新一代闪电侠沃利·韦斯特那样。读者很快接受了作为蝙蝠侠的迪克，然而，DC高层丹·迪迪欧却否决了这一计划，他先是修改《最终危机》的结尾，从一开始就向读者表示布鲁斯的结局是穿越而非死亡，又在短短一年后要求莫里森将布鲁斯带回来，饮鸠止渴。
《布鲁斯·韦恩归来》交代了布鲁斯遭达克赛德攻击的结果，他在人类史的不同年代不断穿越，每一次穿越都会失去记忆。达克赛德的计划是让布鲁斯在穿越的过程中积累欧米茄能量，最终毁灭地球，布鲁斯虽然在穿越的过程中反复失忆，但也在历史上留下各种线索，这些蛛丝马迹被身为红罗宾的蒂姆发现，促使正义联盟派出搜救队。布鲁斯在穿越的同时与不死之人汪达尔·萨维奇和家族败类赫特博士不断周旋，还要对付达克赛德派来的怪物Hyper-Adapter，赫特就是被这只怪物感染，才活了数百年。布鲁斯将Hyper-Adapter引到现代，借助正义联盟的力量将其解决，并通过暂停心跳的方式清除了体内的欧米茄能量，让达克赛德的如意算盘落空。
穿越时空的经历让布鲁斯意识到未来存在更大的危机，他决定改变过去的孤僻性格，团结更强的力量。《布鲁斯·韦恩归途》交代他暗中考察蝙蝠家族，分析众人在自己缺席的情况下表现如何，对每一位成员给出详细的评价报告，结果令他满意。对哥谭放心的布鲁斯为了对抗跨国恐怖组织“利维坦”，决定在全球扩大蝙蝠侠的队伍。他想出一箭双雕之计，对外宣布自己是蝙蝠侠的资助者，并以韦恩集团的名义建立跨国战队《蝙蝠侠群英会》（Batman Incorporated）。布鲁斯承认自己资助了蝙蝠侠，但没有直接承认自己就是蝙蝠侠，这样一来，他可以借助韦恩集团的影响力运营群英会，也可以用“资助者”的名义充当蝙蝠侠秘密身份的挡箭牌。
格兰特·莫里森对《群英会》的灵感最早源于1955年《侦探漫画》中的“全球蝙蝠侠”（The Batmen of All Nations），此前在《黑手套》故事中出现的“国际英雄俱乐部”便借鉴了这一概念。《群英会》和“国际英雄俱乐部”的很多角色在早在1955年的“全球蝙蝠侠”中就已经出现，莫里森贯彻了他对古早漫画的致敬。当然，在细节上，莫里森的态度依然是端正的。布鲁斯对加盟者进行考核，群英会属于韦恩集团运营的公开组织，这也意味着世界各地的英雄不能和警方产生正面冲突。《群英会》的第一部以布鲁斯在各地考核英雄为主轴，恐怖组织利维坦的领导者最后浮上水面，她就是黛米安的母亲塔利亚。
莫里森不希望布鲁斯的回归影响迪克的前途，他选择了一条折中路线。《蝙蝠侠》主刊和《侦探漫画》依然是迪克的主场，《群英会》则以布鲁斯为主角。因为两个蝙蝠侠同时存在，为避免混淆，莫里森找到曾参与《蝙蝠侠》700期纪念刊的画家大卫·芬奇，给布鲁斯设计一套胸口带有黄底黑印蝙蝠标志的复古战衣。芬奇还接下了自编自画的新连载《暗夜骑士》，讲述布鲁斯在哥谭的故事，画面收到好评，剧情却遭遇抨击。事实证明，他和托尼·丹尼尔一样，擅长绘画而非编剧。
蝙蝠侠未来的主要编剧斯科特·斯奈德于2011年接手《侦探漫画》。斯奈德原本是小说作家，曾得到史蒂芬·金的赏识，后来因经济危机的影响转向漫画编剧。他与史蒂芬·金在Vertigo漫画《美国吸血鬼》中合作，获得好评。此后他撰写的《黑镜子》成为《侦探漫画》在新52重启前的最后一段故事，重塑了戈登局长之子小詹姆斯的形象。弗兰克·米勒在《蝙蝠侠：第一年》中创造了小詹姆斯，但此后的作者基本都不想碰这个人物，使其成为起源时代的专用背景角色。斯奈德将成年的小詹姆斯设定为精神失常的反派，与小丑那种疯癫形象不同，小詹姆斯用温文尔雅的风度掩盖着极端扭曲的心灵，角色内外的极大反差让人不寒而栗。
斯奈德擅长描写黑历史和惊悚细节，《黑镜子》作为他的第一篇蝙蝠侠故事，已经把这两点充分展现出来。小詹姆斯的邪恶本性出乎很多读者的意料，这一反派的诡计则以生理学研究为基础。中篇《哥谭大门》（Gates of Gotham）在19世纪末和21世纪初之间交叉，讲述哥谭发展壮大的历史和名门望族的恩怨，斯奈德通过这篇故事，将黑历史描写重心从单一的角色转向哥谭这个舞台本身。
蝙蝠系连载的人气高烧不退，DC的整体表现却无法让高层满意，让格兰特·莫里森担心的事情终于发生了，为了刺激全系销量，丹·迪迪欧等高层准备实施又一次重启。迪迪欧对重启的策略完全建立在商业角度之上，销量越高的刊物，受重启的影响越小，蝙蝠系和绿灯系的销量出众，迪迪欧决定在重启初期基本保留这两大系的时间线，其他系连载都经历了较大程度的推倒重来，这种不负责任的思路从一开始就缺乏长远规划，导致诸多时间连续性矛盾。重启也打断了原本的规划，迪克、蒂姆和史蒂芬妮的连载强行告一段落，断送了大好前途，三人沦为重启的受害者，让编剧和读者扼腕叹息。
DC从2011年夏天开始连载大事件《闪点》（Flashpoint），闪电侠巴里·艾伦为拯救自己被谋害的母亲穿越时空改变历史，也改变了主世界的时间线。死在犯罪巷的人变为布鲁斯·韦恩，愤怒的父亲托马斯成了蝙蝠侠。托马斯不再担任医生，转而开设*场赌**和酒店，他没有不杀的戒条，已经干掉了大批罪犯，小丑是是个例外。布鲁斯的母亲玛莎因无法接受儿子的死精神失常成为小丑，这就是托马斯没有干掉小丑，每次只把她扔进阿卡姆疯人院的原因。这次穿越也让DC与Vertigo和Wildstorm这两大子公司的宇宙融合，Wildstorm世界观中的超级战士骗徒（Grifter）得以和托马斯·韦恩并肩作战，日后读者还将看到午夜战士与迪克·格雷森的频繁会面。
巴里向托马斯告知实情，托马斯决定帮助巴里，牺牲自己，换取一个儿子存活的时间线。玛莎得知儿子在另一个世界还活着，暂时恢复了神志，但她听到布鲁斯成为蝙蝠侠，又陷入彻底崩溃，失足而死。为了恢复混乱的时间线，巴里再度发动穿越，来到蝙蝠洞，发现住在这里的人变回了布鲁斯，并把托马斯的亲笔信交给了他。布鲁斯含着泪看完了这封信，知道父亲在另一段时间线中依然爱他。巴里以为一切都恢复了正常。但实际上，巴里没能将时间线完全恢复到《闪点》之前的状态，而是创造了一条与过去略有不同的新时间线。DC此后推出52本刊物连载，重启后的宇宙也被称为新52。
（未完待续）