光绪十一年公元1885年，中法战争结束。在中法战争中，陆战取得了中国近代史上著名的镇南关大捷。但是海战一败涂地。为此奕譞上奏要重建中国的海军。于是清廷成立了总理海军事物衙门，命奕譞总理节制沿海水师。在北洋舰队成立前中国没有海军，只有水师。让奕譞掌管沿海各地水师大体相当于当时的海军总司令。同年奕譞上奏说为了加快海军建设步伐他打算让北京的八旗子弟学习海军，为此他想建设一个海军学校。他说清漪园内万寿山下那片昆明湖水面开阔和大海是一样的。为此他要修复清漪园的一些建筑。慈禧一下就听出来弦外之音欣然同意。
清朝皇帝大多喜欢园居生活。慈禧早年间在圆明园和咸丰帝有过一段短暂但刻骨铭心的爱情。为此在同治年间曾大力推动修复圆明园。大臣们以国家积贫积弱为由坚决反对。而且当时慈禧还不能一手遮天只好恨恨作罢。光绪继位后奕譞为了维护自己的地位和儿子的前途用尽浑身解数讨好慈禧所以一直想满足嫂子园居生活的愿望。但他知道国家现在还是没钱一旦开工必然舆论哗然。所以他想到了这个偷梁换柱的方法。以建立“水操内学堂”为由光明正大的修复清漪园。这时光绪十四五岁，慈禧五十出头，娘俩一个青春期，一个更年期经常因为一些鸡毛蒜皮的小事发生矛盾。奕譞想清漪园完工以后慈禧经常去园里游山玩水，儿子生活会顺心一些或许亲政也会顺利一点。
光绪十二年十二月十五日公元1887年1月8日，在昆明湖畔举行了“水操内学堂”的开学典礼和排云殿的供梁仪式，重建正式启动。工程由海军衙门全权包办，不用国库和内务府拨款。奕譞从海军军费里拿出一部分钱修建这个“军校”。因此开工之初很少有人知道内幕，然而随着建筑规模超过了学校的配置大家明白了实质之后一片哗然。但此时慈禧的独裁地位已经确立加上工程由皇帝生父主持修建，并没有引起太大的波澜。对于一般社会舆论慈禧做了一番解释之后就搪塞过去了。
光绪按照师傅翁同龢的教导亲笔为这座即将竣工的园林题写了匾额“颐和园”作为厚礼献给了慈禧太后。
从光绪十年公元1884年开始奕譞主持军机处。这年光绪14岁，这个年龄对慈禧的垂帘听政构成了极大的威胁，因为康熙大帝就是在14岁亲裁大政成为乾刚独断的一国之君的，所以慈禧不得已在光绪十二年六月初十日公元1886年7月11日向军机大臣宣布于明年正月撤帘归政。奕譞听说要归政立即成了热锅上的蚂蚁带头反对，反对的理由是皇上的学业现在正处在上升期，学无止境，归政以后国事如麻，容易耽误皇帝学习。为了把皇帝培养成一代圣君明主还是希望皇太后再辛苦几年。
其实按照人之常情奕譞当然希望儿子亲裁大政成为名副其实的一国之君，然而他深知政治的险恶和朝廷里的言不由衷。他知道慈禧权利欲极强绝不可能心甘情愿的归政。光绪初出茅庐不经世事归政后围绕着权利之争矛盾肯定越来越多。恭亲王奕訢的下场就是前车之鉴。但是光绪和奕訢还有本质上的不同。奕訢和慈禧闹僵大不了被罢免，回家当个关门王爷也挺好。但是儿子光绪绝对没有这种退路，您想自从秦始皇确立皇帝制度以来哪位皇帝能撂挑子回家呢？到时候慈禧再发动一场*变政**让儿子人头落地也不是没有可能。所以奕譞坚决反对归政。
当时反对归政的人不止奕譞一派，还有朝中的既得利益者他们害怕一朝天子一朝臣一旦光绪亲政清洗前朝旧臣结果不言而喻。他们想劝慈禧继续执政又怕得罪了已经成年的光绪皇帝所以非常矛盾。但奕譞不一样他是皇父，不用害怕得罪儿子，所以他带头反对归政起到的作用是无可替代的。然而慈禧力排众议于光绪十二年六月初十日公元1886年7月11日下发懿旨宣布：
垂帘之举，本属一时权宜。皇帝继统御极，仰承穆宗毅皇帝付托之重，当比典学有成，正宜内外臣工勤求治理，弘济艰难，自应钦遵同治十三年十二月初七日懿旨，即行归政，以慰深宫期望之意。
穆宗毅皇帝是指同治皇帝这是庙号加谥号。深宫是慈禧的自称。同治十三年十二月初七日的懿旨指的是抱养光绪进宫慈禧第二次垂帘听政时做的等皇帝成年就归政承诺。
懿旨下发后，朝臣又是一番言不由衷的推诿，甚至连蒙古王爷都上奏反对，提出来皇帝亲政的几大困难。如皇帝年轻应该以学业为重，中国太大国事如麻，皇帝政治经验不足等等。然而朝臣的推诿之后光绪帝并不表态这让慈禧很是尴尬。为此经过师傅翁同龢的一再劝说光绪言不由衷的表示，希望亲爸爸继续执政他担不起大清国国家元首的重担。（根据慈禧的要求光绪跟她叫亲爸爸）为此慈禧表示
既据该王大臣等再三沥恳，何敢固持一己守经之义，致违天下众论之公？勉云所请，于皇帝亲政后再行训政数年。
大意是说，根据王公大臣的再三恳求。我不能不顾天下舆论孤注一掷。所以宣布皇帝亲政后再训政几年。
所谓训政就是光绪要按照慈禧的训导执政，和垂帘听政比起来本质上换汤不换药。可见奕譞给了慈禧一个台阶，既让慈禧做到了言而有信又没让慈禧过多的损失手中的权利。真不愧是皇子皇父！水平确实了得！
在此之后奕譞在战战兢兢中生活着，唯恐大祸随时及身。在这种状态下，光绪16年，公元1891年奕譞病倒了。按说生病了就应该安心静养并向全国征医治疗。但是奕譞根本没有安心静养的条件，王府每天门庭若市不说，治疗过程中慈禧也跟着瞎掺和，慈禧每天派太监来醇王府打探病情。听说有所好转之后换掉了给奕譞看病的医生改由御医接手治疗。结果不久之后奕譞就去世了。很显然慈禧不想让他再活下去了，因为随着光绪帝的一天天长大奕譞的地位和价值与日俱增，已经具备了跟慈禧抗衡的实力。威胁到了她的独裁统治。在奕譞病重之际光绪慈禧曾几次探望。一次，奕譞拉着光绪的手再三叮嘱：不要忘了海军！可见奕譞直到弥留之际仍对自己挪用海军军费修建颐和园感到忏悔！希望儿子能对海军有所补偿。
奕譞死在光绪十六年十一月二十一日丑时，公元1891年1月1日凌晨。享年51岁。没想到一生小心谨慎低调行事的他死后却风光了一番。
奕譞咽气后，慈禧下发懿旨宣布
皇帝本生父醇亲王奕譞秉性忠纯，宅心仁厚，才猷远大，勋业崇闳。历年以来，平章军国政事，主持正议，利国利民。其综理神机营创立北洋海军，宏谟硕画，成效诏然。近日以来，闻王病笃，深宫默念，日夕焦愁，不料病势已深，医药罔效，遽于二十一日丑时薨逝。深宫震悼实深，着赏给陀罗经被，办理丧事，所有一切事宜，均由管为经理。
陀罗经被又称陀罗尼被一种用梵文绣着经书的被子用于帝王的陪葬
慈禧在懿旨中肯定了他掌管军机处期间创建北洋海军和管理神机营的功劳。并且宣布奕譞享有“皇帝本生父”的称号，所以奕譞丧礼规格很高，甚至像皇帝那样建庙祭祀。光绪穿孝一年等等。慈禧赏给“贤”的谥号。奕譞去世后王位传给了儿子载沣，载沣是第二代醇亲王。
因为光绪一生无子，在光绪三十四年公元1908年光绪辞世后，慈禧下发懿旨宣布“溥仪继承同治皇帝兼挑光绪皇帝” 接着又说：
嗣皇帝此时尚在冲龄，正宜专心典学，着摄政王载沣为监国所有军国政事悉秉承予之训示裁度实行。
这条懿旨说明立溥仪为帝载沣摄政其实全是慈禧的傀儡。因为她说“所有军国政事悉秉承予之训示裁度实行。 ”看来慈禧真的像奕譞推测的那样是个嗜权如命的人。直到她生命的最后一刻也不会让大权旁落。
醇贤亲王奕譞皇帝血脉如下：
爷爷是仁宗睿皇帝嘉庆。
父亲是宣宗成皇帝道光。
哥哥是文宗显皇帝咸丰。
侄子是穆宗毅皇帝同治。
儿子是德宗景皇帝光绪。
孙子是末帝宣统即溥仪。
当然，奕譞没有见过爷爷嘉庆，嘉庆去世的二十年之后奕譞才出生，也没有见过孙子溥仪，奕譞去世十五年后溥仪才出生。但血脉关系无法割断，在清朝入关之后的十位帝王中五位是他骨肉至亲。而且他和他的第五子载沣还是世袭罔替的亲王。可见家世显赫，出身华贵非一般王爷可比。然而这样一个“巨无霸”的王爷自打成年之后就一直生活在慈禧太后的淫威之下。直到死亡都被慈禧的阴影所恐吓。可见慈禧的*制专**独裁给奕譞带来了多大的伤害，对爱新觉罗家族来说是多大的悲剧，也给近代中国造成了多么大的影响！