一、《农民专业合作社法》门槛低而宽松
主要有三个方面：一是成员身份资格要求过于简单。根据新修订的《农民专业合作社法》第12条和现行的《农民专业合作社登记管理条例》第15条规定要求，可以简单理解为只要有5张居民身份证（其中至少4人为农民身份），就能工商登记注册合作社。法律法规并没有明确要求这5 人必须来自于5个家庭，也就是说这5人可以来自于同一家庭（户）。法律上这一规定的初衷是为了降低合作社的注册门槛，但这一过于宽松的规定也导致一些“一家人合作社（成员来自于同一农户家庭）”或者“家族合作社（成员间都为亲戚关系）”的产生，实现不了弱者联合、生产经营能力增强的理想效果。同时，按照新修订的合作社法规定，合作社接受国家财政直接补助和他人捐赠形成的财产需要平均量化给成员，这就意味着在同一个合作社中，某个家庭的个体成员加入该合作社的数量越多，就能获得更多的财政直接补助量化资金，这显然有失财政直接补助资金的支持初衷（邵科，2018）。二是成员出资要求过于宽松。根据新修订的合作社法第13条规定，设立农民专业合作社，应有符合章程规定的成员出资；农民专业合作社成员可以用货币出资，也可以用实物、知识产权、土地经营权、林权等可以用货币估价并可以依法转让的非货币财产以及章程规定的其他方式作价出资。但法律并没有要求每一位成员都必须出资。现实中，就有很多合作社成员出资不均匀的情况，甚至只有一位出资成员。显然，这种成员出资规定默许或者说纵容了成员出资结构的异质性。导致大量不出资成员难以真正关心和深入参与合作社生产经营活动（邵科，2018）。三是合作社负责人身份没有原则规定。新修订的合作社法第第20条规定，农民专业合作社的成员中，农民至少应当占成员总数的百分之八十。成员总数二十人以下的，可以有一个企业、事业单位或者社会组织成员;成员总数超过二十人的，企业、事业单位和社会组织成员不得超过成员总数的百分之五。这样，实力雄厚的企业事业单位和社会组织就可以牵头领办合作社，自然就成为合作社法人代表，完全控制、支配合作社的经营管理，如入社动机不纯，骗取套取财政项目扶持资金完全可以实现。
二、不同管理部门的扶持政策造成合作社鱼龙混杂
《农民专业合作社法》第64至68条专门规定的扶持政策和措施（原法有4条）。据此及2019年《*共中**中央国务院关于2009年促进农业稳定发展农民持续增收若干意见》，2010年5月4日原农业部等七部门《关于支持有条件的农民专业合作社承担国家有关涉农项目的意见》（农经发[2010]6号）中提出支持有条件的农民专业合作社承担国家有关涉农项目。此后，主要涉农部门都出台政策，给农民专业合作社安排专门项目或把合作社纳入项目实施许可范围之内。由于行业及管理项目标准不一样，导致项目申报、实施、验收及管理差距较大，加之基层不正之风及权力腐败，为投机钻营的合作社承担实施项目，骗取套取扶持项目资金提供了条件，有关系有门道的合作社得到项目，脚踏实地发展的合作社得不到项目扶持。如2016年之前甘肃省农牧厅一个县一年安排合作社扶持项目1-2个，金额8-10 万元；而同期，省财政厅等部门一年安排一个县合作社扶持项目3-5个，金额20-100 万元。农业部门选择承担项目的合作社为熟悉、了解运行情况的市级以上示范社；而财政部门选择承担项目的合作社不一定是各级示范社，项目完成后验收及管理要求也不一样。林业、农机、畜牧、旅游等省级行业部门各此安排行业合作社扶持政策，造成指导、管理、扶持标准不统一，合作社八仙过海各显神通，各级政府建立的农民专业合作社发展联席会议制度形同虚设。
三、重数量轻质量的发展理念影响深远
甘肃省农民专业合作社发展同全国一样，有三个发展阶段。第一个阶段就是数量发展阶段（2007年-2013年），特点是注重合作社注册登记的数量。第二个阶段就是发展与规范并重阶段（2014年-2018年），特点是在继续发展组建合作社的同时，将规范发展提上议事日程，注重各级示范社创建和规范运行的指导，淡化数量增加的考核。第三个阶段就是清理规范阶段（2019-目前），特点是清理空壳社，规范提升合作社经营服务能力。从基层合作社发展历程阶段来看，重数量轻质量的发展比较突出，无论是牵头成立农民专业合作社的企业组织、还是农民身份的经济能人，普遍都抱着功利性、跟风性的目的组建合作社，对合作社法及相关政策没有研究和熟知，加之各级组织对合作社普遍抱着先发展后规范，先上车后买票的态度和理念，造成大量运行不规范的合作社、空壳社、挂牌社的存在。2017-2018年，乡村为了夯实农村基层*党**建工作，适应精准扶贫精准脱贫、“三变”改革带动需要，机械而指令性的要求村村成立村*党**支部书记牵头的富民产业（兴村）合作社，承担精准扶贫产业项目实施、配股带贫、村级集体经济发展工作，这些数量庞大的合作社成立后，由于先天不足，行政化突出，大部分又抡为发展不规范的合作社之中。
四、合作社成员、出资、产业、服务的多元化和多样化加大了规范运行的困难
合作社成员出资与否，出资多少，什么方式出资，可从事的产业，服务方式，合作社法都规定的十分灵活，好处是便于分散小农户联合和组织起来，适应千变万化的大市场，但不好处显而易见，农户个性化、多样化的需求和愿望无法满足，农户普遍趋利僻害，没有风险合作意识，参与意识、民主管理淡化，按《农民专业合作社法》规范要求依法管理运行合作社十分困难。何况面对不同发展层次、不同人群构成、不同产业类型、不同行业范围的合作社就更加艰难了。
五、合作社骨干成员的认识水平与经营管理能力较差
当前，合作社成员普遍组织松散，合作社不清楚成员、成员不知道合作社的现象普遍存在，主要的骨干成员（出资）及管理层成员对合作社发展及规范运行的认知和理解不深不细，重经营赚钱，轻制度管理，导致合作社内部民主管理制度、合作社财务会计制度挂在墙上，实际都得不到有效落实和执行。由于成员出资的虚拟和成员和合作社的松散或直接挂名，导致合作社没有财务会计核算账簿，也无法建立符合合作社生产经营管理要求的银行流水账，自然也不能成为合格的银行承贷主体，直接影响了合作社的进一步发展和质量提升。
六、管理服务职责的分散导致合作社发展指导效能不高
新修订的《农民专业合作社法》第11条规定，县级以上人民政府应当建立农民专业合作社工作的综合协调机制，统筹指导、协调、推动农民专业合作社的建设和发展。县级以上人民政府农业主管部门、其他有关部门和组织应当依据各自职责，对农民专业合作社的建设和发展给予指导、扶持和服务。地方农业主管部门为农民专业合作社的日常管理部门，但是发改委、财政、税收、供销、商务、工信、文旅、环保、银监等部门都或多或少地在影响着合作社的发展，这些部门职能的“缺位”、“错位”和“撞车"现象也经常发生，合作社管理体制还不够顺畅，如农业主管部门也知道要解决合作社的融资难问题、税收负担问题，但其根本就无力解决，有时连找相关部门协商的力量都没有，各部门对合作社的管理逐渐演变为各部间的力量博弈，“操好心，办坏事”的事情时有发生。如何正确、恰当地支持农民专业合作社，引导其健康发展，仍然处于探索之中。此外，一些地方的基层政府对农民专业合作社的发展存在着过度行政干预现象，替合作社进行经营决策，特别是在村办合作社中十分突出。再着，虽然农业主管部门牵头建立了合作社发展联席会议制度，但由于涉农部门职责任务的分割和差异，导致指导、扶持和服务形不成统一规范有效的执行合力。如2019年以来的合作社清理，空壳社整顿退出，涉及市场监管局的全力配合和协作，如果入口（注册登记）和出口（注销登记）不进行改革创新，农业主管部门的任何努力都不会得到好的效果，空壳社会继续存在、继续产生。
七、农民专业合作社注销退出手续繁琐
当前，由于法规和政策的缘故，农民专业合作社登记注册门槛很低，但是要注销退出门槛确很高。按目前政策，要注销农民专业合作社。第一步，向登记机关提出注销申请，领取填报相关表格。第二步，在省级以上报纸刊登（现在可以在企业信用信息公示系统进行公示）公告并准备注销材料，同步办理税务注销登记。第三步，准备相关注销登记材料，自登报公告之日起45日后，前往登记机关办理注销手续。由于农民专业合作社负责人大部分文化程度低，法律意识淡薄，不了解自身应当承担的法律责任和失信后果，注销所要的合作社解散决议、清算报告、债务问题说明、组成清算组决议等文件制作困难，再加上有可能营业执照或税务登记证丢失，补缴税款等，想注销，但面对这些烦琐的材料，复杂的程序，普遍都放弃主动注消，致使空壳社、僵尸社一直不能及时退出。
八、合作社辅导员队伍建设跟不上合作社发展规模
对基层农民专业合作社指导服务的主要部门是县乡农经站，自2006年农村税费改革及乡镇机构改革以来，乡镇农经机构及人员力量受到严重冲击和削弱，实际从事农经业务工作的每个乡镇不足2-3人，分散于乡镇农经财政服务中心和农业服务中心，直接或专职服务指导合作社的辅导员除县农经站有几个人外，乡镇（包括村级）没有一人。这几年，虽然加强了合作社辅导员及合作社负责人的业务管理培训，但由于经费所限和乡镇人员变动频繁，培训工作远远满足不了合作社发展规模和需要，已成为合作社规范化发展与质量提升的制约瓶颈之一。