顺治元年(1644年)四月，清睿亲王多尔衮率大军南进，伙同投降的吴三桂的明山海关守军，击溃李自成部。五月初，直入北京。六月，多尔衮与诸王、贝勒、贝子、大臣等议定建都燕京。随后，于崇德八年(1643年)八月继承帝位的清太宗皇太极的第九子福临从盛京(今沈阳)启程，九月抵达燕京。是为清世祖①。十月初一日，郊祀天地，重即皇帝位，正式宣布“定鼎燕京”。当时顺治帝才7岁，实际权力掌握在叔父摄政王多尔衮的手中。面对当时尖锐的阶级矛盾和民族矛盾，清朝统治者为了赢得最后的胜利，制定和实施了一系列政策措施。
首先，严明军纪，争取向附。在入关前夕，满族贵族就已开始改变以往的杀戮、焚掠政策，注意森严军纪。清内秘书院大学士范文程向摄政王多尔衮提出：“古未有嗜杀而得天下者”，“若将统一区夏，非义安百姓不可”。因此，“今当申严纪律，秋毫勿犯”。“军兵之出入民家者，论以斩律”。他的意见得到了采纳。清军占据山海关后准备进取北京时，多尔衮与诸将誓约，并谕令士兵：“今入关西征，勿杀无辜，勿掠财物，勿焚庐舍。不如约者罪之。”当清军进入北京后，多尔衮立即“下令诸将士乘城，厮养人等概不许入”。对为害居民的给以严惩。如一次正黄旗尼雅翰牛录管下有3人捉杀民犬，犬主不依，其中一人用箭射之。后犬主告发，多尔衮下令杀掉射者，其余2人各打100鞭，并贯耳、鼻，因下令申明： “凡强取民间一切细物者，鞭八十，贯耳。”可见，清军在进入北京前后，还是比较重视军纪的。其次，笼络汉族官绅，扩大政治基础。清军准备入关时，就已改变了过去以明为敌的政策，借以笼络关内汉族文武官绅，联合残明势力，共同对付农民起义军。在范文程起草的入关檄文中说：“义师为尔复君父仇，非杀尔百姓，今所诛者惟闯贼。吏来归，复其位；民来归，复其业。师行以律，必不汝害。”清军入京的第二天，即谕令兵部遣人传檄各处城堡，地方官若归顺，各升一级。对来归顺的朱姓宗室，亦不夺其王爵，仍加恩养。第三天，让礼部和太常寺以帝礼改葬崇祯帝，令官、民服丧三日。后又设司香内使保护明帝诸陵，春、秋致祭。对故明罢谪诸臣和各地的“隐迹贤良”，以及那些“前朝犯赃除名”和曾任“流贼伪官”的官员也概加擢用。拿多尔衮的话说，“经纶方始，治理需人，凡归顺官员既经推用，不必苛求”。摒弃前朝的区域界限，尽可能地笼络各类官僚。如原明朝大学士冯铨因*党**附魏阉，罢官家居，多尔衮即“以书征铨，铨闻命即至”，令仍以大学士原衔人内院佐理机务。
再次，宣布减负免税，巩固社会基础。为了笼络人心，稳定统治，摄政王多尔衮于顺治元年(1644年)七月即下令免除“厉民最甚”、“数倍正供”的明末“三饷”等项加派，宣布“自顺治元年为始，凡正额之外一切加派，如辽饷、剿饷、练饷及召买米豆，尽行罢免”。地亩钱粮悉照万历时旧籍原额征解。另外，还不同程度地减免了北方地区的赋税钱粮。如凡*队军**经过地方，免征正赋半年；归顺州、县，也免征本年额赋的三分之一。凡顺治元年五月初一日以前百姓拖欠的各直省应起运、存留的本折钱粮和额解工部四司的料银、匠价银、砖料银等折色银以及盔甲、腰刀、弓箭弦条等本色名目，概行戒免，以苏民困。对各运司盐法递年所加增的杂项加派等银，尽行豁免。关津免除顺治元年后间的商税；凡明末增加的商税，尽行免除；各直省州县零星抽取的落地税银等名色，也一概严禁。
此外，清朝统治者还注意制止某些人借“搜捕贼孽”之名首告纷扰、进行私人报复的行为；严禁贪污，规定“官吏犯赃审实，立行处斩”。又吸收明末宦官弄权的教训，痛绝中官弊政，“一切厂监钱粮(之权)，悉归有司”。
清军进京前后，虽然采取了一些争取人心、稳定局势的措施，起到了一定的积极作用，但它同时也执行了一些错误的政策，在社会上产生了不良影响，因而遭到了*制抵**。
首先是“剃发令”。满族贵族认为，汉人只有剃发依从满俗，才算是真心归顺。所以，清军一入关，就连下剃发令。当清军和吴三桂在山海关打败李自成以后，马上令“山海城内军人各剃发”。随后至通州，“谕令剃发”。入京后，令兵部遣人持檄至各地，“檄文到日，剃发归顺”。但当时清军刚入关不久，战局不明，胜败未卜，具有民族压迫性质的剃发政策遭到了京畿各地的强烈反抗，于是清廷被迫又收回成命，不得不暂时宣布“自兹以后，天下臣民照旧束发，悉从其便”。及至顺治二年(1645年)六月，大顺军主力进一步受挫，清军占领了南京，遁至芜湖的福王束手就擒，整个战局已经大定，清廷便又重申剃发令：“自今布告之后，．京城内外限旬日，直隶各省地方自部文到日，亦限旬日，尽令剃发。遵依者为我国之民，迟疑者同逆命之寇，必置重罪。若规避惜发，巧辞争辩，决不轻贷。”各地方官员皆应“严行察验”，若有为此事“渎进章奏”，欲将平定地方“仍存明制”的，也“杀无赦”。清朝统治者所执行的这种民族高压政策，大大激化了民族矛盾。
其次是“圈地”。清军入关后，对住房和土地疯狂掠夺。京师的东、中、西城的房基皆被圈占。顺治元年(1644年)十二月，清廷下令户部调查和圈地，“凡近京各州、县民人无主荒地及明国皇亲驸马、公、侯、伯、太监等死于寇乱者，无主田地甚多”，“尽行分给东来诸王、勋臣、兵丁人等”。从字面看，好像所圈的不是无主荒地，就是明朝勋贵的原占土地，其实不然。在圈占过程中，他们常常是把民地硬指为官庄，把私人熟田硬说成是无主荒地。之后，清廷随着东来满洲人的不断增加，又一再扩大圈地的范围。顺治四年正月后的圈地规模最大，对于近京的40余府、县，“不论有主、无主地土”一律圈占。这次圈占共达993707人。民地被圈者虽有“拨补”无主屯地的规定，但往往不能兑现，或只拨给一些离京较远的未圈州、县的不毛之地。当时的圈地具有极大的野蛮性，“凡圈田所到，田主登时逐出，室中所有皆其有也”。“圈一定，则庐舍、场圃悉皆屯有”。土地被圈占的住户，“离其田园，别其坟墓”，倾家荡产，无以为生。被圈的土地分配给了宗室王公、八旗官员和旗丁，这些土地统称“旗地”。得到肥沃圈地的主要是八旗上层，至于旗丁虽可分到大约30亩左右的土地，但因兵役繁重，往往抛荒歉收。清初大规模圈占土地主要是在顺治四年(1647年)以前进行的，但零星圈占和以薄易肥的活动一直到康熙初年，前后持续了20多年，共圈占土地163000余顷，约占当时全国耕地面积500余万顷的三十分之一。
再次是强迫汉人“投充”和严申“逃人法”。在圈地的基础上，清宗室王公和八旗官员建立了大量庄田。庄田上的生产，主要依靠从辽东迁来的“壮丁”(农奴)。这些庄丁多是战争中被掳掠的关内人口，入关后他们“竞省亲戚，不复肯去”，造成庄田上劳动人手的减少。另外，气田的扩充也急需更多的劳力。为了补充劳动力，满洲庄头(Tokso i da)和管庄拨什库(Bogoku)“威逼投充”：“耕种满洲田地之处，庄头及奴仆(指投靠的豪仆或棍徒)人等，将各州县、庄村之人逼勒投充。不愿者，即以言语恐吓，威势逼胁。各色工匠，尽行搜索，务令投充。”更有甚者，他们“公行抢夺，逾房垣，毁仓廪，攘其衣服、赀财。少不遂意，即恃强鞭挞，甚至有捏称土贼妄行诬告”。因而又有大量汉人沦为满族贵族和八旗官员的壮丁。这些新、旧庄丁遭受着落后的农奴制方式的剥削，没有人身自由，甚至可以被主人任意贩卖。为了摆脱这种被奴役的处境，他们纷纷逃亡。自“入主(二载)以来，逃亡已十之七”。
及至顺治六年(1649年)，有些满洲官兵的庄奴“今俱逃尽”。为了防止逃亡和缉捕逃人，维护其落后的生产方式，清统治者一再严申逃人法，对逃人与窝逃者严加处分。早在顺治元年九月，即谕令京东地区的地方官员“严查各属，遇有一二逃人，获时即行解京。倘隐匿不解，被原主认识或被傍人告发，所属官员从重治罪，窝逃之人置之重刑”，对京师搬迁途中的逃逸庄丁进行防范。后为防止在近京地区所设庄田上的庄丁逃跑，制定了更为严酷的逃人法，“有隐匿逃人者斩，其邻佑及十家长、百家长不行举首，地方官不能觉察者，俱为连坐”。重在惩治隐匿逃人的人，使其不敢窝藏。后对隐匿者和知情者的处罚虽有所减轻，但隐匿者仍要受到流徙的处理。顺治十年十二月，又设立兵部督捕衙门，“专理缉逃、捕寇事务”。但逃亡仍与日俱增。“逃人”成为严重的社会问题。
北方人民的抗清斗争 清军进入北京后，由于强行“剃发”、“圈地”，掠人为奴，遭到京畿一带百姓的反抗。特别是近京的三河县，“地被圈占，所余无多”，加之地“当两京(指盛京、北京)孔道，供应甚繁”，反抗斗争首先在这里爆发。畿南的霸州，人们“白昼成群”，出没丛林，到处袭击清军。京西西山一带，义军*锁封**交通，使京师用煤“两月不至”。河间府的天津和沧州、南皮县间也都爆发了反抗斗争。可谓“白昼连镳，行旅断绝，辇毂近地，几同化外”，“惶惶靡有宁宇”。
山东各地的抗清斗争也是如火如荼。以鲁西南的兖州府嘉祥县的满家洞等地的抗清斗争最为著名。满家洞“界连四县，穴有千余，周回二三百里”，地形复杂。以宫文彩为首的满家洞义军，曾高举闯王义旗，与明朝官军进行了英勇斗争。清军占领山东后，他们由反明转为抗清。“坚事逆闯，遵奉伪号，结连诸贼，到处攻城”，拥众两万余，“五兵火器，件件俱全”，屡创清军。顺治二年(1645年)六月，清军重兵围困，并使用填塞洞穴、断绝水源等毒辣手段，使他们最后遭到失败。
任七、张七等人所率抗清力量，以东昌府的濮州和范县为根据地，广泛活动于附近的朝城、观城、犊城、城武等县，“凡数百里”。他们利用榆林作掩护，并“掘有地道，不时出入，屡败官军”。顺治五年，在李化鲸等人的率领下，连克曹县、定陶、城武等城，建立政权，建元天正，设官置将，“聚众至数十万”。他们还“结连北直、河南”，攻城占地，“势如鼎沸”。次年，清朝派张存仁为直、鲁、豫三省总督前来*压镇**，屡吃败仗，无计可施。后采用商丘士绅侯方域“五剿五抚议”的计策，用焚烧森林、扒河灌地道等狠毒手段，到顺治十二年将这里的抗清武装*压镇**下去。
顺治元年清军进入山西后，遭到在该地驻防的大顺军的猛烈抵抗。各地农民也纷纷占山结寨，抗击清军。顺治五年，投降清朝的大同总兵姜壤重又起兵反清。山西抗清斗争的强大声势，使清政府极为震骇。摄政王多尔衮亲自驻军浑源指挥*压镇**，并以博洛为定西将军进攻汾州。经过几年的战斗，义军渐次失败，但以任亮、傅青山等为首的太原南部的交城山区抗清义军，一直到康熙十年(1671年)才被*压镇**下去。
二、南明福王政权始末，江南人民的抗清斗争
崇祯十七年(1 644年)四月．北京明朝政权被大顺农民军*翻推**的消息传到南京后，南京明臣即议立新君。掌握兵柄的凤阳总督马士英和阉*党**余孽阮大铖取得刘泽清等一干武人的支持，强行决定拥立崇祯帝的从兄、当时逃住在淮安清江浦的福王朱由崧。五月初一日朱由崧进入南京，初三日建国，十五日即皇位，宣布次年建元弘光。南京兵部尚书史可法、南京户部尚书高弘图以及马士英都被命为阁臣。负有众望的史可法最初在内阁中处于主导地位，但是马士英一伙使用诡计，很快就把他挤出南京，令其到江北的扬州督师。顿时，舆论大哗，有人指出，“秦桧在内，李纲在外”，国势危殆。史可法以大局为重，决心“鞠躬致命，克尽臣节”。
南明小朝廷仇视农民军，当他们得知吴三桂*引勾**清军进入北京，“破走逆贼”，认为是替他们报了君父之仇，感恩戴德。八月，便派出“北使”，携带大
量金银、绢帛到北京酬谢、犒劳清军，幻想双方能“连兵西讨”，并试探清军的意图。而摄政王多尔衮却欲独享天下，写信给史可法，对南京政权的建立严加斥责，令他们削去帝号，归称藩王，否则就要“转旋东征”史可法具有强烈的民族气节，当他识破清军的目的是要征服和统治全中国时，就丢掉了幻想，积极准备抗清。当时，以刘泽清、高杰、刘良佐、黄得功所部10余万*队军**驻扎在江北的淮安、泗水、临淮、庐州等地，称为“江北四镇”。史可法开府扬州，节制诸镇，共同屏卫南京。
弘光小朝廷非常腐败，不求振作。福王昏庸荒淫，每天关心的只是饮醇酒、选淑女，闹得间井骚然。统治层内部纷乱倾轧，以拥戴首功做了内阁大学士的马士英乘机树*党**营私，和阮大钊一起大肆打击、*害迫**曾经归顺过农民军和反对他们的人，叠兴大狱。阮大铖编了一本叫做《蝗蝻录》的黑名单，希图把反对派一网打尽。他们非但不实现减轻赋税的诺言，反而勒派军饷，增加盐课、酒税等，加重人民的负担。更为恶劣的是，他们标价卖官，贿赂公行。当时南京有民谣讽刺说，“金．TJ莫试割，长弓早上弦，求田(指宦官田成)买马(指马士英)即为官”，“职方贱如狗，都督满街走”。
史可法在扬州尽力协调四镇间的关系，团结各方力量共同抗清。弘光元年(1645年)正月，史可法准备北伐，收复河南失地，派高杰出兵归德(今商丘)、开封。睢州总兵许定国杀死高杰，率众渡河降清，导引清兵入仪封。黄得功、刘良佐乘机兼并高杰所部，以扩充各自的实力。四月初五日，清军从归德分两路向南进攻，一路指毫州，一路指徐州。总兵李成栋清，引导清军向江南进攻。这时，镇守武昌、拥有七八十万*队军**的左良玉，以“清君侧”为名征讨马士英，正兴师东下，逼近南京。马士英不顾大局，不恤众议，急调刘泽清、黄得功等部逆江而上前去截击左军。不久，左良玉病死九江，停止了进攻。因刘、黄所部的调离，南明江北的防御力量大为削弱。
清军乘机南进，毫不费力地攻下了淮安和泗州。四月十八日，清军逼近扬州城下，史可法孤立无援，誓死坚守。二十五日，城破被执。清豫亲王多铎备加礼敬，劝他投降。史可法说：“岂肯苟且偷生，作万世罪人哉!我头可断，身不可屈”，慷慨就义。⑤他的余部同清军展开激烈巷战，全部牺牲。清军占领扬州后，对当地的抵抗斗争进行报复，大肆杀戮士民，掠夺财物。
扬州失守后，清军很快破镇江，取瓜州。江防守将刘孑L昭、杨文聪等闻风而逃。五月十四日，清军兵临南京城下，守卫京城的明军也纷纷降清。清军屯营城外，不屠不掠，以示守信。五月十九日，正式进驻南京。此前，弘光帝已逃到上游太平府的芜湖，清军蹑踪追击，他很快就成为俘虏，被多铎押到北京斩首。马士英、阮大U也先期逃到杭州。来不及逃跑的许多南明官僚，也都纷纷降顺清廷。清改南京为江宁府，并派洪承畴为江南总督，坐镇江宁，招抚江南各省。
六月，清政府重申剃发令，促使民族矛盾进一步激化。大江南北各地纷起抗清。“江北诸山寨并起，号为明守”。南京周围90余村农民也奋起抗击。清军对他们残酷“剿洗”。由于抗清声势的高涨，明宗室朱谊石也乘机率军屡次*攻围**南京，致使洪承畴受到解职的处罚。
江阴、嘉定人民的抗清斗争，更是惊心动魄，可歌可泣。顺治二年(1645年)六月，常州府江阴的清知县方亨刚刚上任，就要当地献册归顺。闰六月，开读诏示，其中有“留头不留发，留发不留头”二句，强迫当地剃发，激起城乡人民的强烈愤慨。城内士子鼓动市民*市罢**，四乡百姓也纷纷来到县城*威示**，群情激奋，同仇敌忾，表明“头可断，发不可剃”的决心，拘留并杀掉知县方亨，公推本县典史陈明遇和前任典史阎应元组织领导，守城抗清。阎应元昼夜不寝，周回巡城，加强戒备；陈明遇身先士卒，亲自登城燃炮防御。城内侨寓的徽商捐献银子助饷，懂得制造炮药的匠人赶制军需物资。大家齐心协力，轮流登城防守。从闰六月初一日到八月二十一日的两个多月中，他们击退了清军的多次进攻，拒绝降清明将的屡次诱降，击毙击伤大量清军，其中包括一些清军的大员。最后清军从松江调来援兵，运来大炮200余尊，集中轰城。城墙崩塌，清军涌入。阎应元等率众巷战，全部壮烈牺牲。清军占领江阴后，对这个拥有20余万人口的发达的江南工商业城镇，进行了整整3天的残酷血洗和破坏。
同期，苏州府嘉定县也爆发了10多万人参加的反剃发斗争。清朝嘉定知县张维熙强迫人们剃发，激怒了城乡各地人民。先是散布各地的自然村镇的乡兵迅速行动起来，烧毁前来*压镇**的降清将领李成栋的船只。从闰六月十九日起，素有声望的缙绅黄淳耀和侯峒曾积极组织、部署，决心坚守嘉定县城。李成栋带兵先来攻打，后有太仓的清兵支援，义军坚守孤城。到了七月初四日，天降大雨，清军趁势用重炮轰击，城墙倾毁。清军攻入城内，大肆掠抢、
杀戮。
苏州府吴江县进士吴易的抗清武装，最初只有30人，后渐发展至1000多人。他们利用太湖水面和长白荡做掩护，撑驾船只，采用游击战术，多次打败前来*压镇**的清朝驻防镇江的吴胜兆的*队军**。他们头裹白罗，人称“白头军”。顺治三年(1646年)六月，吴易被捕就义。赤脚张三等继续战斗。张三夫妇“矫健绝伦，舞双刀，能履水飞行，人不敢近”。他们坚持斗争10多年，直到康熙元年(1662年)才被清*用军**计*压镇**下去。
三、鲁王、唐王政权始末，东南人民的抗清斗争
清军攻下江南后，很快南下进入浙江。顺治二年(1645年)六月，逃至这里的潞王在刚刚宣布监国数日之后，投降清朝，杭州失陷。闰六月，浙东地区举起了抗清义旗，余姚乡绅原名九江道佥事孙嘉绩在当地起兵，诸生郑遵谦在绍兴、原明刑部员外郎钱肃乐在宁波起兵响应。在这种抗清情绪高涨的形势下，临海人陈涵辉拥戴暂住台州的鲁王朱以海监国。于是，浙中义师公推张国维等人去台州迎接朱以海到绍兴就监国位，以明年为监国元年。七月，郑芝龙、郑鸿逵、黄道周等也在福建福州拥立唐王朱聿键称帝，建元隆武。
鲁王政府以张国维、朱大典、宋之普为阁臣，以孙嘉绩、熊汝霖、钱肃乐等为佥都御史负责督师，拥有绍兴、宁波、温州、台州等地。鲁王、唐王两个政权互争真伪，不能倾心合作。而鲁王政权政治腐败，统辖区域经济困难，所属*队军**互不统属，矛盾重重。顺治三年六月初，清军渡过钱塘江，进攻绍兴。鲁王浮海南逃，温、台等地很快陷落。
唐王政权内部同样腐朽。唐王政权建立之初，除直接领有福建地区外，两广、云贵和安徽、江西、湖广的一部分地区的抗清士绅，也都纷纷表示拥护。但唐王政府的军政大权完全掌握在郑芝龙手里，而郑芝龙本无意抗清，他之所以拥立唐王，只不过是借其旗号为己争权夺利、搜刮财物、排斥异己而已。他握有军权和*队军**，既不主动出击，也不支援各地义军的抗清斗争。首辅黄道周知郑芝龙无经略中兴之意，遂挺身而出，请求督师北伐。但郑芝龙却百般刁难，不与粮饷。黄道周在江西募招门生子弟约千人，拿着锄头扁担，怀着一腔热血出师北上。当进军至婺源时，兵败被俘，解至南京，不屈遇害。
当浙东鲁王政权崩溃、清军南下进逼福建时，郑芝龙为了保全自己的大笔家产，与洪承畴暗中勾结，准备降清，尽撤由浙入闽的要塞仙霞关的防军。顺治三年八月，清军得以长驱直入。唐王闻讯，逃至汀州，为清军所俘，带回福州杀害。郑芝龙为财富和*官高**所累，不听从儿子郑成功等人的苦心劝告，剃发降清，隆武政权倾覆。
浙、闽失陷后，东南地区广大人民和南明爱国将士在极其艰苦的情况下，仍继续坚持斗争。其中尤以浙东地区宁波大兰山的王翊、王江所领导的队伍最为严整。在浙东义军的英勇斗争下，“浙东列城为之昼闭，胥吏不敢催租缚民，惴惴以保守一城为幸”。直到顺治八年，清军才在当地地主团练的配合下，攻破了大兰山。王翊在奉化被俘，壮烈牺牲。
鲁王属下的钱肃乐、张名振、张煌言等，也招集旧部，重整军旅，继续战斗。顺治四年(1647年)七月，钱肃乐、郑彩等联络福建各地义军*攻围**福州，并先后收复了建宁、邵武、兴化三府和福宁州以及连江、长乐、莆田、闽清等27县，声势大振。鲁王进驻福宁州。后因郑彩擅权自恣，排斥异己，谋杀大臣，闹得四分五裂，所复州县很快丧失，鲁王只得再度漂泊海上。顺治六年九月，张名振等迎鲁王北上，据舟山岛，以为继续抗清的根据地。张名振、张煌言曾屡次兴师北伐，进军吴淞，给清军以威胁。顺治八年，舟山被清军攻破，张名振、张煌言护鲁王航海南下到金门。顺治十年，鲁王去监国名号。张煌言与郑成功结合起来，继续进行抗清斗争。
四、桂王政权始末，西南人民的抗清斗争
清军占领江南和东南沿海的广大地区以后，顺治三年(1646年)，又以优势兵力向广东及西南腹地进发，企图一举消灭西南地区的抗清武装。十月，明广西巡抚瞿式耜、两广总督丁魁楚、湖广总督何腾蛟等，在广东肇庆拥立桂王朱由榔即皇帝位，以明年为永历元年，竖起坚持抗清斗争的旗帜。桂王政权虽然内部矛盾重重，腐败不堪，但由于先后得到了大顺军和大西军余部的支持，再加上道路偏远和地貌复杂的地理因素，所以在所有南明政权中坚持的时间最长，抗清的力量也最强。
李自成牺牲后，大顺军尚有众40余万，分为两支：一支由郝摇旗、刘体纯等率领；一支由李过、高一功等率领，在湖广地区中部继续坚持抗清斗争。他们纪律严明，“与百姓公买公卖”，深得百姓拥护。顺治二年(1645年)秋，清军进一步南侵，民族矛盾逐渐激化。鉴于这种危急的局势，他们主动与南明政权联合，共同抗清。郝摇旗、刘体纯等部10余万人由南明将领何腾蛟统一领导，高一功、李过等部30余万人归南明将领堵胤锡直接指挥。顺治三年春，清派孔有德率军进攻湖广，何腾蛟等与大顺军英勇抗击，大败清军于岳州。接着又在藤溪、湘阴取得了胜利，使清军一时不敢南进。
顺治四年(永历元年，1647年)正月，清军攻下肇庆，拥立桂王的两广总督丁魁楚降清。桂王先后从肇庆逃到梧州、桂林、全州、武冈等地，席不暇暖。由于瞿式戡在桂林的坚守和广东抗清义军在敌后的牵制，最后才算保住了广西的一角。这时，清军在湖广继续增兵，何腾蛟因为各镇明军逗留不前，只得率同郝摇旗等部退守衡州，后又转移到桂林。李过等部则退守川东。湖广几乎全部失守，清军直逼广西。十一月，郝摇旗等部在全州大败清军，“斩级无算”，“诸帅连营阁道亘三百里”，声威大震。清军被迫退保湘南。
永历二年(顺治五年，1648年)是抗清斗争形势发生重大转变的一年。原来占据江西的降清明将金声桓和占据广东的降清明将李成栋，由于没有达到个人目的，对清廷不满。在人民坚持抗清斗争的影响下，他们先后反正。清军因之失掉了江西、广东，湖广为之动摇。大顺军与明军乘胜大举*攻反**，连克靖州、永州、宝庆、常德、衡州、益阳、湘潭、湘乡、衡山等地，包围长沙，前锋直达汉水北岸，几乎收复了湖广地区的全部失地。全国各地纷纷响应，到处展开攻势，掀起了一个抗清高潮，局势为之一变。在此情况下，桂王政府又迁回肇庆。
但是，腐朽的桂王政权不仅不能利用和推进抗清斗争的有利形势的发展，反而加剧了内部的*党**争。随李成栋反正的官僚结为楚*党**，跟随永历帝的护驾诸臣结为吴*党**；双方互相攻击，各图私利，对前方的抗战不加支援，甚至处处牵制，百般刁难，排挤大顺农民军，这样就削弱了抗清力量，给清军以可乘之机，战局又急剧发生逆转。永历三年春，清军攻破南昌，金声桓败死。李成栋由广东驰援，也兵溃信丰，在渡水时溺死。何腾蛟也在湘潭被俘，不屈牺牲。永历四年十一月，清平南王尚可喜破广州。定南王孔有德破桂林，瞿式耜、张同敞被执殉难。至此，大顺军也大受损伤，原40余万农民军只剩下几万人。李过病死，高一功也在由广西庆远进入贵州的途中，受到大西军孙可望的袭击而死。余部由李来亨、贺锦率领，由贵州向巴东进发。永历五年冬，李来亨、郝摇旗、刘体纯等所率领的大顺军都先后转移到巴东一带，重建根据地，继续坚持抗清斗争。
在清军的紧逼下，桂王由肇庆仓皇西奔梧州，继而南宁，再也无力支持下去了。这时，李定国等所领导的大西农民军又出现在抗清斗争的最前线，掀起了一个新的抗清高潮。原来在张献忠牺牲后，大西军余部由孙可望、李定国、刘文秀、艾能奇等率领，在川南、云、贵一带继续斗争。他们纪律严明，注意发展生产，团结当地少数民族，因而得到了支持和拥护。据载，“定国所将，半为罗、倮、瑶、佬”，虽其土官“极难钤束”，而定国却“御之有法”。永历三年正月，鉴于清军的日益深入，他们主动提出愿和桂王政府联合抗清。最初遭到拒绝，后来桂王走投无路，才接受了大西军的建议。永历六年二月，孙可望迎桂王居于贵州的安隆所。三月，大西军开始发动大规模*攻反**。孙可望留守贵州，李定国率主力8万出湖广，刘文秀率偏师6万攻四11．1 o一李定国进入湖广后，连克靖州、武冈、宝庆等地。又转攻广西，下全州，破桂林，清定南王孔有德兵败自杀。李定国又回师北上，连下永州、衡州，直取长沙，兵锋到达江西吉安。大西军的节节胜利，使清廷大为震惊，急派敬谨亲王尼堪率精兵10万迎战。李定国避开清军锋芒，主动撤离长沙。十一月，李定国与清军大战于衡州城下，血战四昼夜，大破清军，击毙尼堪。这样，李定国出兵9个月，纵横三千里，收复湘、桂，大破清军数十万，“两蹶名王，天下震动，3。刘文秀在四川也大败清军，收复叙州、重庆等地，迫使吴三桂退守汉中。
李定国在抗清斗争中的巨大战功，引起了孙可望的忌妒。孙可望为树立自己的威望，擅自破坏原定的作战部署，率领留守军上前线争功，并欲加害李定国。李定国为顾全大局，退回广西，转攻广东，拟与郑成功会合，联兵收复浙、闽，进攻南京，但这个计划没有实现。后退保南宁，又转移到云南。孙可望在宝庆遇清兵，大败，退回贵州，恼羞成怒，于永历十一年(1657年)以10余万大军进攻李定国。孙可望的倒行逆施，引起了大西军将士们的义愤，临阵纷纷倒戈投向李定国。孙可望日暮途穷，仅率千余亲信狼狈逃往长沙，投降了清军，沦为可耻叛徒。
由于孙可望的告密，清军摸清了大西军内部的情况，遂于永历十二年(1658年)四月分三路向云、贵发起进攻。永历十三年正月，清军陷昆明，桂王逃入缅甸。李定国在磨盘山(今云南马龙县西北)设伏准备袭击来追的清军，但计划又被桂王官僚卢桂生出卖，伏击失败。李定国退至孟艮(云南边境)，团结当地少数民族，在更加艰苦的条件下继续坚持抗清斗争。康熙元年(1662年)春，吴三桂在缅甸俘获桂王，带回昆明，后以弓弦绞杀于市。七月，李定国在勐腊不幸病逝，年仅42岁。
大西军的抗清斗争失败后，转移到巴东的大顺军仍在坚持斗争。李来亨、郝摇旗、刘体纯、袁宗弟等转移到川东以后，便与当地人民结合，组成夔东十三家军。他们招集*亡流**，开荒减租，革除盐弊，百姓自然归之，抗清队伍很快由数万人发展到几十万人。他们活跃在巫山山区，不断打击清军。当清军大举进攻云南时，刘体纯、李来亨等率军由水路进攻重庆，牵制清军，全蜀为之震动。李定国失败后，清军遂集结重兵向巴东大顺军扑来。李来亨、刘体纯等率军浴血奋战，终因众寡悬殊，郝摇旗被俘不屈而死，刘体纯在苦战中力竭自杀，李来亨率众退守茅麓山九莲坪。康熙三年(1664年)八月，终因矢尽粮绝，全部壮烈牺牲。
以农民军为主体的各族人民的联合抗清斗争，轰轰烈烈地进行了20年之久。清廷基本统一大陆