9世纪中叶以后，波斯人政权，萨曼王朝不断发动对喀喇汗王朝的圣战，占领了喀喇汗王朝的大片领土。受其影响，伊斯兰教在河中地区得到快速传播。自此，伊斯兰教开始在*疆新**生根传播，此后，西域大地便成了伊斯兰文明和佛教文明拼杀的主战场。
一、喀喇汗国和向于阗国发起的圣战
喀喇汗王朝又称"黑汗"，建立时间为公元九世纪中叶前后，是中国古代西北地区回纥人（维吾尔人的祖先）和葛逻禄人等族群在今*疆新**、中亚建立的封建政权。
喀喇汗王朝建立之初并非伊斯兰国家，最初信仰的是萨满教与拜火教(古波斯国教)，也有一些摩尼教徒（明教）与佛教徒。后受到西亚、中亚伊斯兰教的影响在公元960年，王朝宣布伊斯兰教为国教。
王朝以圣战为名，开始对东方的于阗（*疆新**和田地区）王国发起了进攻。于阗国(前232-1006年)是古代西域佛教王国，起初是塔里木盆地南缘一个古老的塞人城邦，公元前二世纪(西汉时代)，尉迟氏在此建立于阗国，为西域南道中，国势最强的国家之一。
喀喇汗王朝对于阗用兵，以圣战为号召，得到了西亚穆斯林的大力支援。而于阗王国除了得到高昌回鹘、归义军(以河西地区敦煌为中心的一个政权)、甘州回鹘等的支援外，基本上处于孤立地位。
虽然得到支援，但是王朝对于阗的用兵并不十分顺利，战争历时40年。公元1004年，在西亚、中亚雇佣军的帮助下，喀喇汗王朝一举攻克于阗城，灭了于阗国，再后来于阗国的语言和人种逐渐回鹘化，并且上上下下全部被迫皈依伊斯兰教。这是个极为痛苦的过程。
消灭于阗不久，喀喇汗王朝同自己的同族兄弟高昌回鹘发生了战争。公元866年鹘集团中的新首领仆固俊建立高昌回鹘王国（佛教国家），疆域最广时东起甘肃西部，西到中亚两河流域，南抵昆仑山北麓与于阗、喀什一线，北达天山以北。此时的高昌回鹘也拥有强大的国力。
经过一系列的战争，喀喇汗王朝将地盘推进到了阿克苏地区的库车，至此*疆新**南疆大部分地区全部伊斯兰化。
二、西辽帝国征服东西喀喇汗国，减缓伊斯兰传播速度。
耶律大石（1087～1143年）字重德，契丹族，辽太祖耶律阿保机八世孙。公元1125年辽为金所灭。这个没落的契丹皇族率铁骑200自夹山（呼和浩特西北）西行，开始了他的复国之梦。
于是他继续向西！向西！终于他到达了叶密立城（*疆新**额敏县），凭着他的威名远扬，各地散落的契丹部落纷纷投奔于他。短短几年时间，耶律大石建立了自己的国家，名曰喀喇契丹，史称西辽王朝。
耶律大石称汗的年底，便率军去征服高昌。耶律大石的*队军**到达高昌后，回鹘王便束手投降。
两年之后，耶律大石挥兵进攻东喀喇汗国。他采取蚕食的策略逐步将首都喀什葛尔变成一座孤城。无奈东喀喇汗国也只好向他俯首称臣。
不久，西辽王朝的军旗开始直指西喀喇汗国。西喀喇汗国岂是耶律的对手，当然人家也不是泥捏的。战败之后，西喀喇汗国请来了帮手——宗主国赛尔柱王朝。公元1142年，中亚各国伊斯兰联军十万，北渡阿姆河与展开决战。赛尔柱王朝是中亚的霸主，自然不会将耶律大石看在眼里。战争的结果是赛尔柱一败涂地，从此一蹶不振。于是西喀喇汗国也不得不向西辽俯首称臣
同年，耶律大石一举攻灭中亚强国花喇子模。至此耶律完成了他第一阶段的霸业史。他以自己卓越的军事能力和政治智慧打造出一个中亚最为强大的帝国。
西辽是伊斯兰教传入中亚和*疆新**以来，在这一地区建立的第一个非伊斯兰教政权。契丹民族信仰萨满教，仍保持着自己的信仰。佛教在辽朝时期已在契丹上层流行，在西辽时期也如此。
西辽奉行宗教自由的政策，改变了过去喀喇汗国法定以伊斯兰教为国教，限制其他宗教的政策，各种宗教都允许在西辽的境内存在和发展。佛教、伊斯兰教、景教、萨满教、摩尼教和犹太教在西辽都得到了很大的发展。
宗教自由的政策也使伊斯兰教失去了过去的独尊地位，从而既有利于遏制伊斯兰教上层势力的膨胀，防止其以势干政，又避免了同占居民绝大多数的穆斯林发生对抗和冲突，并且在客观上减缓了伊斯兰教在*疆新**快速传播的进程。
耶律大石死后，西辽历经三代君主后，西辽走向衰落，最终被乃蛮部太阳汗子屈出律篡国。1218年被蒙古*队军**所灭。
三、察合台汗国皈依伊斯兰教
察合台汗国(1222--1683)是蒙古四大汗国之一，由成吉思汗次子察合台依其领地扩建而成。察合台汗国最盛时其疆域东至吐鲁番、罗布泊、西及阿姆河，北到塔尔巴哈台山，南越兴都库什山，包括阿尔泰至河中地区(河中地区特指阿姆河与锡尔河之间的大片地区)。
河中地区是察合台汗国的统治中心，迁居河中地区的部分蒙古贵族，迷恋城市生活，改信伊斯兰教，并积极主张突厥化。但有一部分蒙古人则反对突厥化，主张保持原有的游牧生活方式和风俗习惯。1321年后，察合台汗国分裂为东、西两部分。
后西察合台汗国逐渐演变为帖木儿帝国。1369年，帖木儿上位，西察合台汗国正式灭亡。
1348年，统治天山南路的杜格拉特部权臣布拉吉找到一个18岁的贵族秃黑鲁帖木儿，宣布他是也先不花的儿子，并在阿克苏拥立为汗。历史上把秃黑鲁帖木儿统治的地区称为东察合台汗国。秃黑鲁帖术儿是第一个信奉伊斯兰教的蒙古汗，他用强制手段迫使天山以北16万蒙古人改信伊斯兰教。
由此，伊斯兰教开始向*疆新**北疆挺进。
东察合台汗国从1348年建立，历经8代、15位汗主政，到1514年被叶尔羌汗国取代。
四、准噶尔汗国消灭叶尔羌汗国，构筑最后的“佛教长城”
准噶尔汗国是准噶尔部(漠西蒙古，明朝时期称瓦剌)的首领噶尔丹于1676年打败卫拉特盟主鄂齐尔图汗之后，把松散的联盟体制步步改变为集权的政权体制后建立的君主制国家。噶尔丹通过把准噶尔首领的台吉地位上升为汗王地位，在1678年正式建立了一个汗国
噶尔丹深受喇嘛教的影响，一直想建立一个以喇嘛教为国教的准噶尔帝国，所以，他第一步在1678年率兵攻灭了叶尔羌汗国。
叶尔羌汗国是由察合台后裔、东察合台汗国满速尔汗的三弟赛依德，于1514年在原察合台汗国的旧地上创立的一个国家，
叶尔羌汗国建立之后，在原东察合台汗国境内出现了两个政权并存的局面，即占据喀什噶尔、阿克苏、和田等南疆大部分地区的叶尔羌汗国；另一个则是占据吐鲁番、哈密的满速儿汗政权。1543年，满速儿汗死，子沙汗继位。后来，沙汗死于一次与瓦剌的战斗中。叶尔羌汗国的第三代汗阿不都克里木乘机出兵占领了吐鲁番、哈密等东部地区，结束了自东察合台汗国中期以后向阳地(南疆)分为东西两部的局面，实现了统一。
叶尔羌汗国后期，陷入严重的教派斗争之中，早在16世纪60年代至90年代初，伊斯兰教的"和卓"一派即开始进入叶尔羌汗国。黑山派和卓受到汗王的大力支持，这一教派在叶尔羌汗国内迅速发展。稍后，白山派也进入该国，要求分享黑山派的权力。两派之间的矛盾越来越尖锐，甚至发生血腥厮杀。1670年，黑山派拥立伊思玛业勒为叶尔羌汗。伊思玛业勒汗*压镇**白山派。白山派首领阿帕克和卓经克什米尔逃往*藏西**。后来他假借达赖五世介绍的名义，前往准噶尔勾结浑台吉噶尔丹。
噶尔丹于1678年进军叶尔羌，将伊思玛业勒汗及其家族俘获，带回准噶尔，另立阿帕克和卓为傀儡国王。叶尔羌汗国亡。
近年来，有专家学者提出“佛教长城”这个概念。即在西域形成的佛教文明缓冲区不自觉地抵抗着伊斯兰文明，从而避免中华文明和伊斯兰文明发生直接冲突。
准噶尔部作为佛教文明的倡导者，称霸中亚，并征服了*疆新**南疆，将宗教首领大小和卓作为人质，确保汗国对南疆的绝对控制，客观上重新筑起了新的“佛教长城”。从而将伊斯兰势力进一步*压打**，成为佛教文明在西域最后的回光返照。
五、乾隆扫荡准噶尔用力过猛，导致伊斯兰势力卷土重来
准噶尔汗国在中亚的崛起，势必影响到大清帝国在西域及蒙古各部的利益。
经过康熙、雍正、乾隆三朝多次用兵*疆新**，终于在1757年冬，准噶尔汗国覆亡。由于准噶尔部一直反抗较为激烈，因此乾隆决定采取一劳永逸的办法，就是对其进行无差别清洗。
清洗之后，*疆新**北疆徒有空空如也的准噶尔盆地，准噶尔部的蒙古人却几乎消失殆尽。北疆出现人口真空。清政府又故伎重演，采用“湖广填四川”的办法开始实施移民政策。
柯尔克孜人、哈萨克人、从南疆而来的维吾尔人、甘肃的回民以东归的土尔扈特部人，以及乾隆从东北老家搬来的锡伯、察哈尔部、索伦，迅速填补了这里的空白。
我们从填补北疆人口的各民族成分可以看出，*疆新**北疆地区逐步迅速穆斯林化，并沿着河西走廊向中国西北推进。
乾隆消灭准噶尔汗国，收复*疆新**，绝对是件值得称颂的丰功伟绩，但是清军对准噶尔部下手太重，导致“佛教长城”被彻底摧毁，伊斯兰势头再次抬头。
准噶尔被KO之后，猴子称大王，由穆斯林建立的浩罕汗国在中亚迅速崛起，并不断向*疆新**南疆渗透和侵略，成为19世纪西域两次大乱的根源！