1.使用的粪肥应彻底分解
粪肥成熟后分解快，有利于植物吸收。同时，在60-70℃的高温厌氧环境下，大多数有害虫卵和杂草种子会死亡。
常用的粪肥分解方法有三种:
第一，它与高温闷棚相结合，使粪便成熟。夏季棚休闲期长，可结合高温闷棚进行粪肥的成熟，成熟和发酵过程也是土壤改良的过程。在发酵成熟过程中，土壤微生物非常活跃，能促进土壤团聚体结构的形成。
第二，棚外的堆很闷。自然堆肥有足够的时间发酵，但当时间短时，可以使用生物堆肥。
第三，利用细菌制剂进行快速发酵。通常使用ETS菌来缩短发酵时间。
2.根据不同的土壤质量选择不同的肥料
有些大棚土壤含沙、漏水情况严重，所以粪肥应选择纯鸡粪或纯猪粪，这类粪肥纯度较高，营养成分含量也高，由于粪肥具有粘性，对沙地漏漏有很好的改善效果。
在粘性土壤中，应施用有机质含量高、矿质元素含量低的肥料，如羊粪、牛粪或含沙、稻壳、秸秆的鸡粪、猪粪等，可以改善粘性土壤的物理性质，提高其透水性。这样的肥料也很适合改善土壤盐渍化和压实较严重的棚土。
3、使用后粪肥要深
大量的粪肥集中在地表10 ~ 15厘米的土壤中。虽然它与土壤混合，但粪便仍然相对集中。即使是腐烂的肥料，在量大、耕深浅的条件下，也会影响根系的生长。所以施肥后要深，一般深耕要30厘米以上。
4、注意使用配合
虽然粪肥中所含的营养物质是全面的，但总量达不到作物的吸收利用量。因此，粪肥与化肥相结合，可以减少化肥残留对土壤的影响，保证化肥中的养分能被作物及时吸收利用。
有机肥与生物肥料配合使用可加快有机肥的分解和土壤改良速度。粪便中的物质可以促进生物细菌的繁殖，巩固有益细菌对根系生长的保护和促生作用。有机肥对土壤改良有一定的效果，但效果相对较慢，所以含有矿物腐殖酸、海藻提取物等生物刺激剂的产品效果较好。