十九世纪中期，一种普遍进化的思想似乎已经开始酝酿，黑格尔在其中起了重要的作用。这种思想开始对个别科学产生重大的影响，它不仅为生物学，而且也为地质学开拓出了崭新的视野。不过对于哲学以及一般的社会意识具有特别重要意义的还是生物学的发展。生物科学成为十九世纪下半期对哲学思想起决定作用的理论背景，一大批重要的思想家，特别是斯宾塞和尼采都受其影响，这与一个世纪前心理学对英国的经验主义者和穆勒产生的影响非常类似，在这之前数学也曾经对笛卡尔、莱布尼茨以及其他思想家产生过巨大的影响。
英国人查尔斯·达尔文（1809—1882）是第一位将生物进化的思想运用到生命科学研究中的人，他的主要著作是《物种起源》（1859年）和《人类的由来》（1874年）。
达尔文的进化论是以生物可变性（变异性）、遗传和繁衍后代等生物学事实为依据的。生物之间为了自我繁衍便展开了“生存的竞争”，那些由于不利的个性特征而在斗争中失败的物种则不可能继续繁殖后代并逐渐走向灭绝。只有“适者”才能生存，他们通过把自己的优良特征遗传给后代而使种群得以保持。在漫长的时空演化过程中，在自然选择的条件下，生物的种、属和科等便形成了。尤其是，生物会以这种方式从较低级的形式逐渐发展为较高级的形式。人类就是从低级的形式逐渐发展成今天的这种高级生物的。
不言而喻，即使这一理论只是作为一种或然性的假设，它的重要意义也远远超出了生物科学的领域。譬如，这一理论所持的观点与上帝从虚无中创造万物的宗教学说是截然相反的。进化论对于哲学的重要意义在于，它为人们开辟了一个新的观察问题的角度，自然的合目的性也可以通过因果机械论的方式加以解释：最能适应生存条件的有机物也就最适宜存活和繁殖，并通过自然选择从低级形式向高级形式进化，而那些不能很好地适应生存条件的“不适宜生存的”物种就会被逐渐淘汰。
达尔文进化论的出现及其传播被认为是十九世纪后期人类思想史上最为重要的事件。“进化”成了一个富有魔力的词，人们以为用它可以揭开所有难解之谜的谜底。达尔文进化论中给人印象最深的是，他不仅提出了一种普遍的进化原理，而且还把实际的生物进化过程用非常直观的形式表达出来。在这样的一种印象的影响下，进化论思想开始左右自然科学和人文科学的发展，而且各门学科也通过它开始相互接近起来。我们在这里再简短地考察一下英国的进化论与黑格尔的进化论的不同之处。如果我们把黑格尔的观点——即认为自然中的进化只能是一种理念的变化发展——撇开不谈，那么，黑格尔的进化思想与英国进化论还存在如下区别：在黑格尔那里，进化是一个辩证的飞跃过程，它从一个极端转向另一个极端，并在一个更高的层面上继续发展，也就是说，它在某种程度上是一种变动不居的革命性进程；在英国人的那里，进化是一个不易被觉察到的渐变过程。我们会发现，英国的社会状况及其发展也是这样的一个渐变过程。
达尔文的最著名的德国学生就是恩斯特·海克尔（1834—1919）。他的普及性哲学著作《宇宙之谜》赢得了众多的读者。海克尔在书中对“二元论”的基督教世界观提出了尖锐的批评，认为他们在自然与神之间，在物质与意识之间树立起了一道屏障；他信奉的是一元论，认为人并不是与自然对立的或优于自然的，而是自然的一部分，上帝和世界是一回事，因此他的这种思想也可被称为泛神论。他试图用真、善、美的理想取代上帝、自由和永生的理念。
今日流行的所谓生物发生基本规律这个概念就是从海克尔那里来的：个体发生是对种系发生的一种简要表达，也就是说，单个生物从胚细胞到一个完整个体的形成的进化过程就是它的祖先从原初进化至今的整个过程的缩影。
歌德、黑格尔和孔德就个体的精神发展也说过同样的话。
