金匮肾气丸 用干地黄为君药，以滋阴补肾；山药、山茱萸为臣药，补脾补气、滋补肝肾；茯苓、泽泻、牡丹皮为佐药，茯苓、泽泻健脾渗湿、利水消肿，牡丹皮可以活血化瘀；桂枝、附子为使药，温肾助阳、补命门真火。临床上，该方使用广泛，可加减应用于生殖、泌尿系统疾病，也应用于呼吸、内分泌等系统的疾病。
1 慢性前列腺炎
慢性前列腺炎，是男性年老之后的常见病。其发病原因，可能与感染了支原体、衣原体等有关，所以治疗上常使用大环内酯类抗生素，比如克拉霉素口服或注射。但慢性前列腺炎的发病机制，除了感染了支原体、衣原体等因素外，还有自身免疫、理化因素等，因此单纯使用大环内酯类抗生素，疗效往往欠佳。中医认为，本病主要是因为肾虚、血瘀、湿热，属于虚实夹杂，其中许多患者以肾虚为主，所以治疗以补肾为主，兼以活血、利湿。临床采用克拉霉素缓释片口服基础上再用金匮肾气丸口服，连续治疗 30 天，有效率达到 91. 04%。
2 弱精子症
治疗弱精子症，特异性的治疗手段目前还缺乏，仍以经验治疗为主，改善精子质量的常用西药是胰激肽原酶。而祖国医学认为: 精子活力低下，表明肾阳亏虚。所以，中医治疗弱精子症，多采用温补肾阳为治疗*法大**。有研究治疗弱精子症采用胰激肽原酶联合金匮肾气丸，取得了较好疗效，精液量、精子的浓度以及前向运动精子的比率等指标明显改善。
3 支气管哮喘缓解期
支气管哮喘的临床特征，是气道高反应性以及可逆性气道阻塞，具有反复发作以及迁延难愈的特点。因此，在临床治疗上比较棘手。近年来，普遍认为支气管哮喘缓解期为该病治疗的最佳时期。中医理论认为，哮喘以邪为标，以虚为本，哮喘发作期以攻邪治标为主，而在哮喘缓解期就应以扶正治本为主。肾为先天之本、气之根，一旦肾气不足，就会动则气促。
临床采用布地奈德气雾剂基础上再增加金匮肾气丸治疗，用药 4 周后，有效率达到 96. 30%，明显高于单独西药治疗组。
4 老年尿道综合症
老年女性尿道综合征，又称排尿不适综合征、无菌性尿频等，是指女性绝经期后反复出现的下尿路刺激症状。病人虽然有尿频等症状，但经化验、B 超或膀胱镜等检查，排除了肾脏、膀胱、尿道等的器质性疗，非但无效，徒增许多不良反应。目前，西医对此病尚无特效的治疗方法及药物。应用金匮肾气丸为基础方补益肾气治疗，1 个疗程为 14 天，共用药 3 个疗程，每疗程间隔 7 天，总有效率 94. 3%。
5 糖尿病肾病
糖尿病有各种慢性并发症，其最重要的慢性并发症之一，是糖尿病肾病，这是终末期肾病的第二位发病因素，仅次于肾小球肾炎。临床采用金匮肾气丸加味配合西药，治疗糖尿病肾病辨证为阴阳两虚型，对照组总有效率是 65. 21%，治疗组优于对照组。
6 高血压肾病
是长期高血压导致的肾功能损害，夜尿增多是其早期表现，继之出现蛋白尿。临床采用阿托伐他汀联合金匮肾气丸口服，总有效率 95%，效果明显高于西药治疗组。
7 慢性肾小球肾炎
慢性肾小球肾炎，主要表现是水肿、高血压、血尿、蛋白尿等。病情缓慢发展，肾功能逐渐出现不同程度的减退，最终将可能发展为慢性肾脏衰竭。
临床采用金匮肾气丸联合补中益气汤治疗慢性肾炎，总有效率为 96．6%，而且还提高了血红蛋白，降低了肌酐、尿素氮、24 h 尿蛋白定量等相关指标，患者的临床症状和体征得到明显的改善，延缓了慢性肾小球肾炎的进程。
8 痛风
痛风与嘌呤代谢紊乱直接相关，尿酸生成过多或者尿酸排泄过少，导致高尿酸血症、尿酸盐沉积。临床采用金匮肾气丸口服，疗程 3 个月，总有效率达到 96．5%，大多数患者的关节疼痛、关节肿胀、功能受限等明显减轻或消失，治疗后与治疗前相比，血尿酸下降明显，疗效满意。