2月28日，在顶住北洋军数次疯狂进攻后，蔡锷率部在纳溪发起反击。
战斗在南起纳溪、双合场、牛背石，北至长江北岸的况场，西至江安，东至龙透关之间的广大地区全面展开。
29日，蔡锷致电唐继尧：“……我军所占阵地，非系自由选择，纯为背水之阵。部队逐渐加入，建制每多分割。幸士气坚定，上下一心，虽伤亡颇众，昼夜不能安息，风餐露宿，毫不为沮。惟旷日相持，敌能更番休息，我则夜以继日；敌则源源增加，我则后顾难继。言念前途，盍胜焦灼！今昨两日，举全力猛攻，逆军阵地已成锐角形，其正面尚依然未动，良以地形艰险，守易攻难。现决必继续猛攻，如能击溃，可望转危为安。如再无进步，为全军计，只有另择阵地扼守，一以伺敌以制胜，一以迁延时日，用待时变……”
护国军连续猛攻，战斗夜以继日，多次短兵相接，相互肉搏，“以寡击众，鏖战经月，日眠食于风雨之中，出入乎生死以外，总计伤亡及失踪不明者，不下千人”。
战况空前激烈，双方死伤惨重。
北洋军据险坚守，护国军粮弹匮乏，疲劳太甚，不得不于3月6日夜后撤，退守大洲驿、叙蓬溪（今护国镇）、白节滩一线。7日，北洋军进占纳溪、江安，双方形成相持之势。
得到战报后，袁世凯欣喜若狂，立即晋升张敬尧勋三位，加上将衔，旅长熊祥生、吴佩孚、吴新田均升援中将，团长刘湘获得了勋五位和少将衔。
为了鼓舞士气，袁世凯毫不吝啬，又特派曾鉴为川南宣慰使，携带由财政部拨款的5万元和袁氏个人赠款1万元，采购大批咸牛肉、咸猪肉、罐头食物、绍酒、彩缎、贡绸、金银用具、衣帽、刀剑、古玩字画、碑帖、相片、瓷器等送往前线慰劳将士，对立功将领给以不同等级的荣光宝星章，得到勋章的人每年可以领取年薪250元至3000元。
袁世凯得意洋洋，只等再打几个胜仗，就要黄袍加身，登基即位了。
面对暂时的困境，蔡锷毫不气馁，养精蓄锐，静待战机。他将司令部设于大洲驿旁永宁河中的一条大船上，后来就从这里发出了总*攻反**的命令，并取得了护国战争的胜利。
为了纪念这个地方，蔡锷将永宁河畔的一块巨石命名为“护国岩”，亲自撰写护国岩铭并作序，手书“护国岩”三个大字，勒铭于岩石上。
直到今天，“护国岩”仍然保留在永宁河畔，供人们瞻仰怀念。
当川南战场炮火纷飞之际，远在数百里之外的川东也激战正酣。
孙中山任命原川军第5师18团团长卢师谛为中华革命军四川总司令，并派原5师连长*伯承刘**等军官回四川发动起义。
1915年12月，*伯承刘**从上海回到四川，以涪陵为活动中心，组建四川护国军第4支队。同月，卢师谛经云南回川，任命王维纲为第4支队长。
1916年3月中旬，王维纲、*伯承刘**率队进攻长寿县，未能攻取。*伯承刘**提议转攻丰都，部队进至马口桠，王、刘派负责联络的军官康云程先去丰都侦察。
此时，*伯承刘**、康云程正值青年，朝气蓬勃，充满了革命信仰和豪情壮志。康云程携带着讨袁檄文和护国军布告，混进了丰都城，发现守军有两个团。康求胜心切，年轻气盛，认为如果据实报告城里有北洋军两团，我军或许不敢进攻。为了坚定攻城的决心，康派人向王、刘报称：“城内只驻有北洋军两个营，望速攻击，静候复命。”
*伯承刘**得报，立即带领第4支队于深夜发起进攻。躲在城内的康云程听到枪声，立即张贴布告、檄文，并准备打开城门接应。双方交火后，战况愈发激烈。
*伯承刘**身先士卒，气壮风雷，头部连中两弹，一弹擦伤头顶，一弹从右边“太阳穴”穿入，透右眼而出，血流不止。由于情报不准，第4支队损失惨重，败下阵来。
康云程找来一个箩筐，*伯承刘**蜷缩在筐里，被人抬走。*伯承刘**是第4支队的主心骨，他这一伤，队伍就散了。
康云程心怀愧疚，把*伯承刘**隐藏到一户农家，亲自给刘上药包洗。伤势稍稳后，又冒险护送*伯承刘**到重庆就医。*伯承刘**在德国籍沃医生的诊所做手术，割去赘肉，安装假眼。
由于条件有限，手术时只能做局部麻醉。手术长达三个多小时，*醉药麻**的作用已经消失，*伯承刘**忍住疼痛，一声不吭。手术结束后，沃医生见*伯承刘**的坐椅扶手被汗水湿透，关心地问：“疼得厉害吧？”
*伯承刘**笑着说：“才割了70余刀，小意思！”
沃医生竖起大拇指，连连赞道：“了不起，了不起，你是真正的中国人。”
*伯承刘**把真实身份告诉沃医生，沃医生更加佩服，说：“你真是军神、军神！”
1950年，西南军政委员会主席*伯承刘**致函涪陵县政府，向支持过他的父老乡亲致敬。
3月15日，广西宣布独立。
护国军经过休整，体力大增，士气复振，于17日发起*攻反**。战至21日，北洋军全线崩溃，护国军占领纳溪、江安、綦江等地，第3支队的前锋进至距泸州十余里处。
21日14时，驻守泸州的北洋军派出3架飞机侦察。第3梯团6支队队长王秉钧命炮兵连速射，击落2架。
此时，全国反袁浪潮风起云涌。
袁世凯被迫于22日下令撤销“承认帝制案”，命陈宦、张敬尧与蔡锷谈判停战。
同时，护国军战线较长，*药弹**所剩不多，炮弹只剩下200发，兵员有减无增，士兵疲惫不堪，后勤供给困难，只能向当地民众借贷度日。为了赢得补充和休整时间，也希望双方暂时停火，以利再战。
23日，蔡锷致电唐继尧：“查纳溪地当水陆通衢，防御颇难，于军事无甚价值；加之经逆军*躏蹂**，人民迁徙一空，物资扫荡无遗，拥兹空城，殊非得计，现仍饬扼扎原地，伺机以进。……溯本月初旬，我军连日猛攻，逆军兵将或遗书通款，或在战壕大声言去逆效顺，请求停战，因乃效三舍之退避，冀其幡然归诚，迄逾旬日，毫无征兆，于是不得不予以剧烈之打击。现拟仍予以犹豫时间，希其践行前约，如仍顽迷不悟，再张挞伐。所有近日军情，合电缕陈，希转达各省为幸。”
从3月31日起，双方停战一个星期。
在此期间，刘云峰经蔡锷同意，与张敬尧通话：“停战期满，你尚愿打否？”
张敬尧说：“哪个王八蛋愿打，你们怎么样呢？”
刘云峰答：“我们是同你一样的，不过我们双方均不愿意打，还要想个法子，方能不打。”
经过试探性接触，双方有了和谈基础。随后，按照双方约定，刘云峰准备前往泸州，与张敬尧面谈。
离去之前，蔡锷有点担心，对刘云峰说：“张敬尧系土匪性质，你到泸州，他把你害了，有什么办法？”
刘答道：“我若不去，后日打仗，又有什么办法？且我不是滇军总司令，即将我害了，滇军亦非不能打仗；若幸有办法，目下危局，即可解决。且张敬尧虽是土匪性质，亦不至于杀来使。”
蔡锷无奈，只好说：“张敬尧如将你害了，我不给你*仇报**，就不姓蔡了。”
翌晨，刘云峰只带着一名参谋和马夫，赤手空拳地来到张敬尧的防地。
张敬尧态度还不错，对刘云峰说：“我不瞒你老弟，我的精锐部队已损失大半，曹三爷（曹锟）直属部队多不能战，全靠我师来撑局面，打死仗，我才不干了呢。若再打下去，我这个师长就当不成了。只要有办法，我决不再打了。且袁作皇帝，我也不赞成。”
刘云峰说：“我们出兵打仗，就是为袁作皇帝，你既不赞成袁作皇帝，我们的宗旨相同，还有什么仗打呢？以后我们商量打袁皇帝如何？”
张敬尧说：“打袁皇帝我也赞成，不过袁倒之后，须请段先生出来当总统，老弟你也是段先生的学生，我想你一定赞成的。”
刘云峰说：“应当何人继任总统，约法已有规定，大总统出缺，应以副总统继任。”
张敬尧又说：“若不请段先生当总统，咱们的仗还是要打。”
刘云峰怕事情闹僵，不好收场，就说：“我不是滇军总司令，不能做主，我回去请示。”
刘云峰回去后，一五一十向蔡锷做了汇报，蔡锷说：“暂时敷衍，未尝不可。”
于是，双方达成协议：“（一）南北两军合组为同盟军，以讨袁为目的，并推蔡锷为总司令，曹锟副之，张敬尧为总指挥。（二）以段祺瑞继任总统。（三）无论何军，与此宗旨相同者为友军，不赞成者共击之。（四）滇军*弹子**由北军供给。（五）同盟军粮饷，概由四川筹备。”
双方已经谈拢，就不再打了，延长停战期两个月。