实务中，个人直接持有上市公司股票和个人通过个人独资、合伙企业或有限公司（持股平台）间接持股纳税有什么区别？
一、增值税。金融商品转让应当缴纳增值税。金融商品转让，是指转让外汇、有价证券、非货物期货和其他金融商品所有权的业务活动。股票属于有价证券范畴，因此，转让股票应当缴纳增值税。金融商品转让，按照卖出价扣除买入价后的余额为销售额；转让金融商品出现的正负差，按盈亏相抵后的余额为销售额。若相抵后出现负差，可结转下一纳税期与下期转让金融商品销售额相抵，但年末时仍出现负差的，不得转入下一个会计年度。
举例：假设某一般纳税人公司，其金融商品转让取得含税收入3000元，该项金融商品的含税买入价是2000元，无其他结转，则处置该金融资产应缴纳的增值税税额为：（3000-2000）÷（1+6%）×6%=56.60元
根据《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》(财税〔2016〕36号)附件3有关规定，个人从事金融商品转让业务取得的金融商品转让收入免征增值税。因此，个人转让上市公司股票免征增值税。但如果是个人独资、合伙企业、有限公司转让上市公司股票，应当按照规定缴纳增值税。
二、企业所得税。企业所得税是法人所得税制，因此，个人独资、合伙企业不是企业所得税纳税人。有限公司持有上市公司取得的分红是否属于企业所得税应税收入应当区分情况。根据《中华人民共和国企业所得税法》第二十六条规定， 企业的下列收入为免税收入:…(二)符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益。以及《中华人民共和国企业所得税法实施条例》第八十三条规定，企业所得税法第二十六条第(二)项所称符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益，是指居民企业直接投资于其他居民企业取得的投资收益。不包括连续持有居民企业公开发行并上市流通的股票不足12个月取得的投资收益。即将持有上市公司股票的时间短于12个月的股息红利收入排除在免税范围之外。另外，有限公司转让上市公司股票所得并入企业所得税应纳税所得额计算缴纳企业所得税。有限公司对自然人股东分红，应当按照“利息、股息、红利所得”扣缴个人所得税。
三、个人所得税。个人直接持股和通过合伙企业持股均涉及两个环节个人所得税：分红环节个人所得税和股权转让环节个人所得税。
1、上市公司分红个人所得税。根据《财政部 国家税务总局 证监会关于上市公司股息红利差别化个人所得税政策有关问题的通知》（财税〔2015〕101号）规定：个人从公开发行和转让市场取得的上市公司股票，持股期限超过1年的，股息红利所得暂免征收个人所得税；个人从公开发行和转让市场取得的上市公司股票，持股期限在1个月以内(含1个月)的，其股息红利所得全额计入应纳税所得额；持股期限在1个月以上至1年(含1年)的，暂减按50%计入应纳税所得额;上述所得统一适用20%的税率计征个人所得税。即个人取得股票分红个人所得税和股票持有股票时间长短有关：持有一个月及以下需要缴纳20%的个人所得税，持有一个月(含一个月)到一年(含一年)的需要缴纳10%的个人所得税，持有股票超过一年不交个人所得税。
个人独资企业和合伙企业对外投资分回的利息或者股息、红利，不并入企业的收入，而应单独作为投资者个人取得的利息、股息、红利所得，并且不论是否分配，均应按“利息、股息、红利所得”应税项目计算缴纳个人所得税。上市公司股息红利差别化个人所得税政策，仅适用于个人从公开发行和转让市场取得的上市公司股票的股利。个人独资或合伙企业取得上市公司分红不适用减免税规定。
2、股票转让所得个人所得税。个人转让股票所得属于“财产转让所得”，根据《财政部、国家税务总局关于个人转让股票所得继续暂免征收个人所得税的通知》(财税字〔1998〕61号)规定，为了配合企业改制，促进股票市场的稳健发展，经报国务院批准，从1997年1月1日起，对个人转让上市公司股票取得的所得继续暂免征收个人所得税。因此，个人转让上市公司股票所得不需要缴纳个人所得税。但对个人转让限售股应当缴纳个人所得税。根据《财政部国家税务总局证监会关于个人转让上市公司限售股所得征收个人所得税有关问题的通知》（财税〔2009〕167号）文件第三条规定：个人转让限售股，以每次限售股转让收入，减除股票原值和合理税费后的余额，为应纳税所得额。即：应纳税所得额＝限售股转让收入－（限售股原值+合理税费）应纳税额=应纳税所得额×20%。限售股转让收入，是指转让限售股股票实际取得的收入；限售股原值，是指限售股买入时的买入价及按照规定缴纳的有关费用。合理税费，是指转让限售股过程中发生的印花税、佣金、过户费等与交易相关的税费。如果纳税人未能提供完整、真实的限售股原值凭证的，不能准确计算限售股原值的，主管税务机关一律按限售股转让收入的15%核定限售股原值及合理税费。
个人独资或合伙企业转让股权所得，应按照“先分后税”原则，根据合伙企业的全部生产经营所得和合伙协议约定的分配比例确定合伙企业各合伙人的应纳税所得额，其自然人合伙人的分配所得，应按照“经营所得”项目缴纳个人所得税。即对个人独资或合伙企业转让上市公司股票取得的所得不能“穿透”适用暂免征收个人所得税政策。
四、印花税。印花税在股票的交易过程中是单向收取的，买入股票不需要交印花，卖出股票才需要交印花税，在股票交易之后，系统会一次性扣取。印花税的收取比例相对来说是比较固定的，所有的投资者都会按照相同的比例缴纳。股票印花税的收取规则是股票成交金额的千分之一。也是说投资者将持有的股票卖出时，证券公司会自动扣除印花税。
