首先，选用药物要合理、有效。必须从化疗的生物学机制来选用药物，以达到快速杀菌、灭菌的效果。至少必须选用两种以上药物联用，短程化疗方案则至少选用三种以上药物联用。药物应选择具有相加或协同作用者、不宜同时使用作用机制属于同类的药物。如链霉素与卡那霉素等。药物在体内代谢中相互间起作用时对药物血浓度的影响；治疗对象的病灶性质和排菌程度，以及机体功能状态等，在选择药物时亦应充分顾及。病情严重、大量排菌者，化疗方案一定要强，方案中至少要有一个全杀菌药及一个半杀菌药，即达到一个半杀菌效价。
确保化疗方案的安全。是另一个重要原则。禁忌有相同不良反应的药物联合应用，如链霉素与其他氨基糖甙类抗生素的联用；慎重对同一脏器有不良影响的药物联合应用，如：利福平、异烟肼、乙硫异烟胺、吡嗪酰胺等都可对肝脏产生毒性反应；尽量选择安全系数大的药物应用。经济简便，药物充沛，病员可接受性大(如：用药方便，药量不大，胃肠反应小等)等亦应充分考虑到。
肺结核的治疗，只要明确诊断，合理使用药物，是完全可以治愈的。但在防治工作中，常可遇到许多复治甚至慢性排菌病例，屡次复发，常年不愈，其原因是多方面的。
医生方面，放松警惕，对当前结核病流行的危害性认识不足，对咳嗽、咳痰、甚至咯血，认为是一般呼吸系统疾病，延误诊断，较为常见。即使诊断明确，未能掌握活动性与非活动性的标准，盲目治疗，未制定出有计划的合理的化疗方案。治疗中，随意更换化疗药物、改变化疗方案；未按化疗原则进行治疗，症状一旦减轻随意停药，造成复发的根源。
病人方面，对肺结核病缺乏一般常识， 有了可疑症状，未能及时到医院进行检查，以致不能及时发现，积极治疗。或者过分恐惧，各处求医，乱投药物，使病情由轻变重。不按医生制定的方案，坚持服药，或者不按规定服药，症状减轻即自行停药；或因经济困难而停止治疗。结果造成治疗不彻底而引起复发。
