随着三抄纸机的投产和日产500吨脱墨浆生产线的正常运行，为了降低生产成本，南纸决定全部采用木片磨木浆和废纸脱墨浆生产新闻纸。这样一来，就意味着之前建设的整条化学浆生产线包括碱回收车间全部面临着停产的境地，这两个车间的设备便将成为一堆废铁。整条化学浆生产线的600多位工人将面临下岗、失业的命运。所以，无论从公司的利益还是职工的出路来考虑，都得设法解决这个问题。经公司和车间领导的多方探讨，最终决定把这两个车间从原料采购、生产、设备维修、产品销售实行一条龙外包经营的方法来维持生产。化浆、碱回收车间和公司签订了承包合同，实现了化学浆板单独结算外销的经营模式，创造了很好经济效益和社会效益。
2002年，福建南纸公司的新闻纸产量达到了25万吨，销售收入12.4亿元，达到了历史最好水平。
98金融危机后，亚洲经济在1999年复苏，2000年是新闻纸市场的黄金年，新闻纸一度供不应求。随着价格的不断上调，国内一些中小企业纷纷上马、改产新闻纸。到2001年，国内新闻纸产量达到173万吨，到2004年，则达到300万吨，2000-2004年年均增长率达到20.77%。9大新闻纸生产厂家中，除了广州造纸厂、南纸以及黑龙股份，因为有国家贴息*款贷**支持及上市融资建设了三条进口大型新闻纸机，尚保持了一定的市场占有率外，其他生产线逐步因为设备陈旧、能源，原材料价格不断上涨，成本居高不下、产品质量差逐步被市场所淘汰。同时，通过吸收外资及技术，一大批如上海泛亚、山东华泰等大型新闻纸机的相继投产，新闻纸市场一度陷入价格混战，南纸的新闻纸利润空间被一再压缩。
2001年12月11日，中国加入WTO，成为了世贸组织第143个成员。因我国在加入WTO时，承诺将逐步降低部分纸产品的进口关税并开发造纸产业投资，中国的造纸行业也进入了一个飞速发展的时代。国际性的兼并重组已经成为世界造纸业的潮流，规模效应越来越明显。国内新闻纸生产企业，跟世界大型企业相比，总体来说规模尚小。整个新闻纸行业如何面对新的形势，特别是如南纸这样在新中国造纸发展史上曾建立过赫赫功勋，取得过辉煌成绩，给国家做出了重大贡献的大型造纸骨干企业。接下来是否要走国际化的道路，是否引入外资扩大经营打造“航母”级的新闻纸企业，还是加快企业转型步伐，建设新基地，增加新设备、开发新品种，走多元化发展路线？一时众说纷纭。
在这个时期，福建的沿海地区有大量的电子、化妆品、服装、鞋子、食品和渔业产品出口，需要大量的优质包装箱和包装盒，同时，福建人民生活水平在全国算是比较高的，消费理念比较好，生活用纸需求量发展的很快。福建省利用良好的港口优势，开始大量使用废纸生产工业包装用纸和利用进口商品浆生活用纸。涌现出了恒安集团、优兰发集团、恒利集团、安妮纸业、贵格纸业、联盛纸业、港兴集团等一大批民营造纸企业，逐渐成为了福建省的造纸骨干力量。南纸集团地处闽北山区，与沿海地区相比，无论原料运输还是成品纸运输，都没有优势，虽然也有人提出到东南沿海投资上马包装纸项目，但随着新闻纸利润的压缩，企业的盈利、竞争能力逐步下降，2005年以后，南纸被各种困难因素重重包围，步入了企业生存压力最集中也最沉重的困境。异地建厂扩大投资无疑成为一个遥不可及的梦。
为扭转困境，增强公司发展的后劲，福建造纸行业协会及南纸集团领导班子都提出，南纸还是要依托自身的技术、地域优势，走“林纸一体化”的发展道路，把南纸建设成为中国南方最重要的浆纸生产基地。
福建省是林纸一体化的发源地，早在1962年轻工部就在福建进行了纸厂办林场的试点，1984年南平造纸厂被列为国家计委列为全国林纸结合试点以后，福建的造纸原料林建设全面起步。1999年南纸在利用募集资金6000万元建成1.93万公顷独资林场的基础上，又利用开发银行资金1.38亿元建成总共已经超过5.6万公顷的林业基地，分布在延平、建阳、建瓯、政和、光泽、古田、连城等地。但福建省林业部门长期的林纸分家政策造成的负面影响还是很大。造纸厂的林业基地只有林地所有权而无砍伐权。2001年国务院批准了《国家计委、财政部、国家林业局关于加快造纸工业原料林基地建设的若干意见》，算是在政策上为林纸一体化指明了方向，并提供了一系列优惠政策。
在此基础上，南纸集团“年产18万吨低定量胶印新闻纸林纸一体化项目”正式提出，项目得到了国家和省政府的大力支持。该项目包括：1、新增年产18万吨以上的世界最先进的胶印新闻纸机生产线一条，使企业的新闻纸产能总量达到45万吨以上。2、新增热磨机械浆生产线产能24万吨。3、新建5万公顷原料林基地。
整个项目建设资金需求超过10亿元，如果完全靠借贷、自筹资金实施项目将给企业背上沉重的债务。经过多方论证，南纸选择了非公开发行股票这一融资方式来为项目筹集资金，并于2005年开始实施。这个以项目吸引投资、以投资服务项目的非公开发行股票方案获得中国证监会审核通过，共向9家投资者发行股份总数1.75亿股，筹集到资金9.8亿元。