自身免疫性疾病是一类由免疫系统缺陷引起的机体攻击自身组织的疾病。如果免疫系统有缺陷，就可能把自身组织当作外来物，产生自身抗体或免疫活性细胞，并加以攻击，导致炎症和组织损伤。
常见的自身免疫性疾病有风湿、类风湿、过敏症、哮喘、*麻疹荨**、红斑狼疮、多发性硬化症、一型糖尿病、恶性贫血、重症肌无力、克罗恩病（回肠末端炎）、异位性皮炎等。
西医治疗主要是抑制免疫系统，控制自身免疫反应。但是多数药物会削弱机体抵抗疾病，特别是抗感染的能力。
从酵素营养学来看，自身免疫性疾病与体内酵素缺*密失**切相关，而且很大程度上与胃肠道健康相关联。人体免疫力一大半在胃肠道形成，肠道益生菌占优势，微生态平衡，免疫系统的负担就减轻了，免疫应答就不易出现异常现象，从而可预防某些免疫缺陷。“肠内腐败”是造成某些免疫缺陷的诱因。因此通过服用微生物酵素把肠道保护好，是防治自身免疫性疾病的重要措施。
国外一些研究显示，大量摄入优质酵素，可导致免疫复合体瓦解，但不会对好转反应造成损害。水解酵素尤其能够有效净化危险的免疫机制，并改善过敏反应。
西医认为花粉、室内灰尘、霉菌、青花鱼、蛋清等物质是过敏原，但是它们只是诱因，真正的原因是体内酵素缺失，导致免疫力不均衡而出现变态反应或过敏反应。酵素一方面可以分解过敏原，另一方面可以活化免疫细胞，调节免疫功能，从而达到抗过敏的作用。很多慢性过敏和机体免疫力直接相关，只要补充酵素，就会有极大的改善。
在Ⅰ型糖尿病中，免疫系统攻击产生胰岛素的胰腺细胞，这种破坏性的、难以治愈的疾病主要发生在儿童之中。国外很早就有研究文献认为，是牛奶中的蛋白质诱导Ⅰ型糖尿病发生。而酵素的生物活性可以启动受损的胰腺细胞恢复生理功能。所以，补充酵素对于Ⅰ型糖尿病的预防和治疗都有积极意义。特别是对于以牛奶为主食的婴儿、儿童，及早补充酵素好处不言而喻。
自身免疫性疾病有几十种之多，这些疾病都是由于自身免疫系统出了问题，导致机体将自身蛋白质看作是外源抗原，而开始攻击自身的结果。在研究所有这些自身免疫疾病与营养的关系时，发现动物来源食物的摄入，特别是牛奶的摄入与发病危险增加之间存在着显著的相关关系。微生物酵素或其他酵素食品，是分解动物性蛋白、脂肪的唯一利器，也是调节免疫功能的关键因素。因此，防治各类自身免疫性疾病，大剂量补充酵素应该是首选。