在遇到民事纠纷时，我们需要注意诉讼时效问题，因为一旦超过了法律规定的诉讼时效，我们就无法通过法院强制对方履行义务，也就是在诉讼中丧失了胜诉权。
关于海上货物运输，按照运输的区域不同，分为远洋国际海上运输，沿海水路运输，内河水路运输等，不同区域的海上货物运输，发生货物运输纠纷，诉讼时效的规定是不一致的，需要加以区分，避免因超过诉讼时效问题无法通过诉讼维护自己的权益。
远洋国际海上货物运输和国际航次租船合同纠纷的诉讼时效，应当依据《海商法》的相关规定来确定。
《海商法》第二百五十七条规定：“就海上货物运输向承运人要求赔偿的请求权，时效期间为一年，自承运人交付或者应当交付货物之日起计算；在时效期间内或者时效期间届满后，被认定为负有责任的人向第三人提起追偿请求的，时效期间为九十日，自追偿请求人解决原赔偿请求之日起或者收到受理对其本人提起诉讼的法院的起诉状副本之日起计算。有关航次租船合同的请求权，时效期间为二年，自知道或者应当知道权利被侵害之日起计算。”根据该条法律规定，海上货物运输合同纠纷的诉讼时效是一年，航次租船合同纠纷的诉讼时效是两年。
关于沿海、内河货物运输赔偿请求权的诉讼时效，不适用《海商法》的规定。
根据《海商法》第二条的规定：“本法所称海上运输,是指海上货物运输和海上旅客运输,包括海江之间、江海之间的直达运输。本法第四章海上货物运输合同的规定，不适用于中华人民共和国港口之间的海上货物运输。”最高院在2001对该问题进行了批复，批复的理解与适用中首先明确了，虽然关于海上货物运输合同纠纷的诉讼时效的规定在《海商法》第十三章，但是根据立法的本意，相关海上货物运输纠纷的规定都不适用于国内港口之间的海上货物运输。
因此，《海商法》二百五十七条关于海上货物运输纠纷的时效规定，不适用于国内港口之间的海上货物运输纠纷案件。
最高院考虑到1986年的《水路货物运输合同实施细则》，以及1995年交通部修订的《水路货物运输规则》规定，水路货物运输索赔时效为180天，当然这些规定已经失效，但是如果直接适用当时《民法通则》的诉讼时效二年的规定，则对于水路运输的当事人来说变化太大。最高院最终决定参照《海商法》的规定，将沿海和内河货物运输赔偿请求权的诉讼时效定为一年。
关于沿海、内河航次租船合同的诉讼时效，最高院确定沿海、内河货物运输赔偿请求权的诉讼时效时，不知道是否因为《海商法》和《民法通则》对于航次租船合同的诉讼时效规定都为两年，最高院没有对沿海、水路航次租船合同的诉讼时效加以明确。
2017年《民法总则》实施后，普通民事案件的诉讼时效调整为三年，沿海、内河航次租船合同的诉讼时效究竟适用两年还是三年出现了一定的争议。
司法实践中，青岛海事法院（2019）鲁72民初1409号案件中，针对国内港口之间的航次租船运输纠纷的诉讼时效争议，认定时效为三年。
从《海商法》立法时对于航次租船合同时效规定，不仅是诉讼时效的时间，包括讼时效的起算时间，都是与当时的普通民事纠纷的诉讼时效保持一致。因立法对于普通民事案件的诉讼时效进行了调整，而《海商法》因各种原因一直长期未能进行修改，最高院也没有针对沿海、内河航次租船合同的诉讼时效进行特别的规定的情况下，沿海、内河航次租船合同纠纷适用三年的诉讼时效规定较为合理。
