梅毒是一种全身性的疾病，临床表现极为复杂，几乎可侵犯全身的组织和器官，并产生多种多样复杂的临床症状和体症，早期主要侵犯皮肤粘膜，晚期侵犯内脏器官，严重者可引起严重的心血管系统和神经系统损害，造成残废甚至危及生命，危害极大。
梅毒侵入人体后经过2-3周潜伏期，即发生皮肤损害，病程进入一期梅毒。典型损害为硬下疳，开始在螺旋体侵入部位出现一红色小丘疹或硬结，以后表现为糜烂，形成浅在性溃疡，性质坚硬，不痛，呈园形或椭圆形，境界清楚，边缘整齐，呈堤状隆起，周围绕有暗红色浸润，有特征软骨样硬度，基底平坦，无脓液，表面附有类纤维蛋白薄膜，不易除去，如稍挤捏，可有少量浆液性渗出物，含有大量梅毒螺旋体，为重要传染源。硬下疳大多单发，亦可见有2-3个者。女性硬下疳多见于大小阴唇、阴蒂、尿道口、阴阜，尤多见于宫颈，易于漏诊。
硬下疳出现一周后，附近淋巴结肿大，其特点为不痛，皮表不红肿，不与周围组织粘连，不破溃，亦称为无痛性淋巴结炎。
发生皮肤损害后机体产生抗体，研究证明，梅毒初期的组织学特征是单核细胞侵润在感染的第6天，即有淋巴细胞浸润，此时梅毒螺旋体见于硬下疳中的上皮细胞间隙中，以及位于上皮细胞的内陷或吞噬体内，或成纤维细胞、浆细胞、小的毛细血管内皮细胞之间及淋巴管和局部淋巴结中。
二期梅毒为梅毒的泛发期。自硬下疳消失至二期梅毒疹出现前的时期，称为第二潜伏期。二期梅毒疹一般发生在硬下疳消退后3-4周，相当于感染后9-12周。二期梅毒是梅毒螺旋体经淋巴结进入血行引起全身广泛性损害。除引起皮肤损害外，尚可侵犯内脏及神经系统。
二期梅毒在发疹前可有流感样综合征（头痛，低热，四肢酸困），这些前驱症，约持续3-5日，皮疹出后即消退。二期梅毒的皮肤损害可分为斑疹、丘疹及脓疱疹，后者已少见。
斑疹，又称玫瑰疹（蔷薇疹），最多见。约占二期梅毒70%-80%。早发型者类似伤寒病的玫瑰疹。为淡红色，大小不等，直径约为0.5-1.0cm大小的圆形或椭圆形红斑，境界较清晰。压之退色，各个独立，不相融合，对称发生，多先发于躯干，渐次延及四肢，可在数日内满布全身（一般颈、面发生者少）。自觉症状不明显，因此常忽略（在温热环境中不易看出，在室温较低则明显易见）。发于掌跖者，可呈银屑病样鳞屑，基底呈肉红色，压之不退色，有特征性。大约经数日或2-3周，皮疹颜色由淡红，逐渐变为褐色、褐黄、最后消退。愈后可遗留色素沉着。
三期梅毒发生时间一般在发病后2年，但也可更长时间达3-5年者，好发于40-50岁之间。主要是由于未经抗梅毒治疗或治疗时间不足，用药量不够。
三期梅毒的特征如下：发生时间晚(感染后2-15年)，病程长，如不治疗，可长达数十年，甚至终生;症状复杂，可累及任何组织器官，包括皮肤、粘膜、骨、关节以及各内脏，较易侵犯神经系统，易与其它疾病混淆，诊断困难;体内及皮损中梅毒螺旋体少，传染力弱，但破坏组织力强，常造成组织缺损，器官破坏，可致残废，甚至危及生命;抗梅治疗虽有疗效，但对已破坏的组织器官则无法修复。梅毒血清反应不稳定，阴性率可达30%以上，脑脊液常有改变。
皮肤粘膜损害: 结节性梅毒疹好发于头皮、肩胛、背部及四肢。树胶样肿发生在小腿部,为深溃疡形成,萎缩样瘢痕;发生在上额部时,组织坏死,穿孔;发生于鼻中膈者则骨质破坏,形成马鞍鼻;舌部者为穿凿性溃疡;阴道损害为出现溃疡,可形成膀胱阴道瘘或直肠阴道瘘等。
近关节结节:是梅毒性纤维瘤缓慢生长的皮下纤维结节,对称性、 大小不等、质硬、不活动、不破溃、表皮正常、无炎症、无痛、可自消。
心血管梅毒: 主要侵犯主动脉弓部位,发生主动脉瓣闭锁不全,即梅毒性心脏病。
神经梅毒: 发生率约10%,多发生于感染后10年～20年。可无症状, 也可发生梅毒性脑膜炎、脑血管梅毒、脑膜树胶样肿、麻痹性痴呆。脑膜树胶样肿为累及一侧大脑半球皮质下的病变,造成颅内压增高,头痛及脑局部压迫症状。实质性神经梅毒系脑或脊髓的实质性病损,前者形成麻痹性痴呆,后者表现为脊髓后根及后索的退行性变,感觉异常,共济失调等多种病征,即脊髓痨。
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