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不同的内分泌治疗方法会有不同的副作用，但通常来讲，内分泌治疗的副作用比化疗和放疗要少的多，也轻的多。
内分泌治疗可以封闭雌激素，因此它会造成类似于绝经期的一些症状，例如：潮热、月经周期改变、阴道干燥等。另外，内分泌治疗还可以影响骨质的钙代谢，肝脏的脂肪代谢等。
具体的副作用如下：
三苯氧胺可能会造成：
l 潮热
l 阴道干燥
l 月经周期改变
l 恶心
l 白内障
l 子宫内膜增厚并子宫内膜癌的发生率升高
l 血栓
芳香化酶*制剂抑**（包括来曲唑、阿那曲唑、依西美坦等）可能造成：
l 潮热
l 恶心
l 便秘
l 腹泻
l 胃痛
l 头痛
l 背痛
l 肌肉和关节痛
和三苯氧胺相比，芳香化酶*制剂抑**造成的潮热症状更轻而且不增加子宫内膜癌发生的几率，血栓发生率也较低。但芳香化酶*制剂抑**造成骨质脱钙更为严重。
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