哑女和水怪在浴室内相拥，她将水龙头拧到最大，用毛巾堵住浴室的门缝，然后用手语比划着。紧接着她褪去自己的衣服，手慢慢伸向水怪。时间一分一秒的过去，双方的爱意如这灌满房间的水一般一发不可收。哑女深吸一口气潜入水中，和水怪紧紧相拥，享受独属于他们的时间，丝毫不顾及水会从地板和窗户溢出。
楼下电影院睡着的观众突然就被水砸醒，接到投诉的邻居老头走进哑女的房间，浴室的房门已挡不住任性的水花。他赶忙将房门拉开，一浴室的水倾泻而出。老头好奇的往里一看，哑女在水怪怀里意犹未尽，而水怪身上正散发着幽幽蓝光。老头心领神会，知道自己来的不是时候，便默默的把门关上。事后他还是向哑女表示震惊。
虽然他知道哑女从小不能说话，性格孤僻也没有什么朋友，内心深处一直渴望着得到关心和爱。但他怎么也没想到，哑女和水怪会产生感情。而这场禁忌之恋要从几个月前说起。
女人名叫伊莉莎，年幼时她被人在河边捡到，脖子上有着醒目的三道疤痕。她天生不会说话，使她的生活圈子格外狭小，与外界隔绝让她倍感孤独。她仅有两位朋友，一位是落魄的邻居老画家吉尔斯，一位是她工作上的黑人女同事泽尔达。
她在美国秘密研究基地里干着低下的保洁工作，一干就是十年。她的生活过得简单又规律，每天按时起床做饭，准时上班打卡，从未变过的白水煮蛋。虽然生活万分无趣，但伊莉莎依旧怀揣着热情去对待。她的愿望是拥有一双红色高跟鞋，可这与她的形象相差太远，导致她迟迟没有入手。
那天她像往常一样打扫卫生，科研团队送来了一个大型水箱。伊莉莎趁没人注意好奇的凑上去看，水箱里的生物察觉到开始暴躁，博士生怕弄出什么乱子，连忙把人都赶出了实验室。自从这个生物运进来后，清洁工便不允许走进实验室，每天只能洗洗厕所。
直到一次意外发生了，伊莉莎和泽尔达正吃着饭，主管一脸紧张的跑来催促两人带上工具跟自己进实验室，只见地面上全是斑驳的血迹，所有人都意识到出了大事，但也不敢问只管埋头清理。种种迹象表明水箱里的生物很可怜，伊莉莎完全不害怕，反而更多的是好奇。
她听见水箱里传来低吼声，不自觉的向前走去，也终于见到了对方的真面目。这是一个类似人的怪物，皮肤呈暗蓝色，还长了鱼鳍，还没来得及仔细观察，主管就走进来检查工作。从那天起，伊莉莎满脑子都想着再去看看怪物。
实验室里关了一只怪物，女人忍不住好奇想近距离观察，她剥开鸡蛋等候着，鸡蛋的香味成功将怪物吸引出来。她终于看清这半人半鱼的模样，试图将手里的鸡蛋递给怪物，没想到怪物的反应非常激烈，女人赶紧放下鸡蛋，示意自己并没有恶意。
怪物似乎很怕人，一把抓走鸡蛋就潜到了水下。自从这次近距离接触后，伊莉莎更加不害怕怪物了，总是趁着打扫卫生没人的时候，将准备好的鸡蛋拿出来给怪物吃。渐渐的，他们越来越熟络，事实证明，虽然无法交流，但能通过音乐联系感情。
情到深处时，伊莉莎还会拿着拖把跳舞，怪物则在一旁默默注视。就在他们和谐相处之时，所有的行为都被博士目睹，博士大为震惊，他的研究一直没有进展。原以为怪物凶残不通人性，没想到在伊莉莎面前，它却展现出了温柔的一面。
这天伊莉莎像往常一样，带着鸡蛋溜进实验室，却发现怪物被铁链绑在试验台上，身上的伤口还渗着血。原来虐待怪物的是不久前被咬断手指的保安队长，他拿起*棍电**捅向怪物报复，怪物的惨叫声让伊莉莎听的发怵，直到门再次打开，怪物已倒在了血泊之中。
这些人完全不在乎怪物的伤痛，只想弄清楚可利用的价值。伊莉莎现在只有一个念头，就是把怪物救出来。一回家她就跟吉尔斯商量救怪物的事，对方认为这个想法太疯狂了，根本不可能成功。但伊莉莎不停用手语比划，向吉尔斯讲述这些天来两人相处的情况。吉尔斯从动作和表情中深刻感受到伊莉莎与怪物之间的情感，最终他被说服了，决定共同完成这个艰巨的任务。
同样想拯救怪物的还有实验室博士，原来博士的真实身份是苏联间谍，他希望苏联能出手救下怪物。上司不肯冒这个险，但也不想美国把研究继续下去，就给了博士一剂毒药，让他找机会把怪物毒死。这样一来，怪物会因为受到药物污染失去研究价值。
博士对上司的决定非常失望，就在他准备好毒药走进实验室时，察觉到监控画面有一丝异样，他意识到有另外的组织要把怪物救走，而这个组织正是伊莉莎他们。她已经和泽尔达吉尔斯做了周全的准备，打算里应外合完成这项艰巨的任务。
按照计划，伊莉莎会先把怪物藏在清洁工具车内，再悄悄转移到停车场，让吉尔斯开车将怪物运走。然而行动才刚开始，博士就来到了实验室，伊莉莎的脸上写满了惊恐，她以为被发现了，没想到博士是来帮助他们的。两人合力将怪物塞进车内，博士还交给伊莉莎一盒矿物盐，因为怪物必须活在盐水中。
不仅如此，博士还用上司交给他的*弹炸**炸掉了基地的供电系统，用毒药毒死了停车场的保安。众人齐心协力，怪物成功转移到了车里。吉尔斯迅速开车驶离实验基地，保安队长发现时已为时已晚了。女人宽衣解带，朝浴缸里的怪物走去，走进浴缸并拉上帘子。
然而这只是伊莉莎幻想的场景。自从把怪物救出来后，伊莉莎知道怪物活在浴缸的盐水中始终不是办法，它会变得越来越虚弱，只有回到大海才能活下去。根据预测10号是个暴雨天，有了充足的水量，怪物就能顺着城市水道顺利回到深海。
离计划的日子还有一段时间，为了不被实验室的人怀疑，伊莉莎和泽尔达继续去上班。虽然保安队长有找她们的麻烦，但她们还是凭借着演技蒙混过关。那天伊莉莎下班回家，发现吉尔斯受了伤，一问才知道，怪物溜到了客厅，把一只猫吃了。怪物似乎意识到自己做错事了，丢下猫冲出了家门。还不小心划伤了吉尔斯的手臂。伊莉莎立马跑出去寻找怪物的下落，还好怪物并没有跑远，只是在楼下的电影院里看起了电影。伊莉莎连忙将它带回家，看着受伤的吉尔斯，怪物向他表达了歉意。
先是摸了摸对方的头，又用手掌覆盖住画家手臂上的伤口，随后便乖乖回到了浴缸中。伊莉莎也并没有责怪它，反而轻轻抚摸它表示安慰。就在肌肤接触的瞬间，一种奇妙的感觉油然而生，怪物竟然将手伸向了伊莉莎。伊莉莎下意识的逃离了浴室，可这种迷之的情绪始终萦绕在她心头，最终她突破了束缚，重新走进浴室。
所有事情都是顺其自然的发生了，原以为可以安安心心的等到10号，却没想保安队长已经查到了博士头上。虽然博士矢口否认，但还是被监视了起来。而博士的苏联上司也意识到他已经背叛了组织，放走怪物坏了大事，计划将博士干掉。
等到十号那天晚上，果真下起了暴雨，苏联上司也开始动手了，他将博士抓到郊外，刚准备下死手时，一直监视博士的保安队长也赶了过来，他开枪击毙了苏联上司，又将奄奄一息的博士暴揍了一顿，逼迫他说出怪物的下落。到最后博士只留下了一句：(没有名字)。
保安队长反复琢磨这句话，突然就顿悟了，立马把侦查方向转到伊莉莎和泽尔达身上。泽尔达非常仗义，面对威胁依旧装作什么都不知道，没想到她老公竟是个怂包，三两下就招了，连带把晚上的放生计划都说了。
得知怪物在伊莉莎手中，保安队长立马驱车赶到码头边，此时伊莉莎和吉尔斯正搀扶着怪物来到了这里。大雨中，怪物最后一次摸了摸吉尔斯的头，还用手语伊莉莎教的手语向伊莉莎道别。就在分别之际，保安队长赶到了，他开枪打中了伊莉莎和怪物。伊莉莎生命垂危，而怪物又站了起来，它身上散发着幽蓝的光线，伤口已经通过强大的超能力自愈了，它毫不犹豫的给了保安队长致命一击。随后抱起奄奄一息的伊莉莎跳进了大海，它深情吻向伊莉莎。片刻过后，伊莉莎脖子的三道伤疤突然张开，口里也冒出来气泡，竟然进化成了鱼鳃，能在水中自由呼吸。他们紧紧拥抱在一起，慢慢沉没于深海。