第一步：进行Q1 SCAN 找出母离子质荷比
1、根据待测化合物性质，选择分析的极性（+/-），一般碱性化合物用正离子模式，如含有懒氨酸、精氨酸和组氨酸的肽类，可用乙酸或甲酸对样品进行酸化，若 pK 值已知，则调至 pK 值以下至少2个单位。酸性化合物用负离子模式，如含谷氨酸、天冬氨酸的肽类，可用*水氨**或三乙胺对样品进行碱化，pH 调至 高于 pK 值至少2个单位。
2、选择离子化方式，中性或极性较强的大分子有机化合物可用电喷雾电离源(ESI)。中等极性或低极性的小分子化合物可用大气压化学电离源(APCI)。
3、根据化合物分子量选择扫描范围和时间。
4、确定母离子的质荷比，准确到小数点后一位。
参数设置：
扫描方式：Q1 Scan；质量范围：Parameter Range，100～MW+30，t=1～2sec，Center Width，MW±5Da，t=0.5sec；通过手动调节DP、GS1，使喷雾平稳、有效。
第二步：进行 Product Ion Scan 找出子离子质荷比
1、得到高质量的MS2图，母离子的强度为图谱中基峰强度的1/3到1/4为宜
2、平滑后选择子离子质荷比，确定到小数点后一位
参数设置
扫描方式：Product Ion Scan；质量范围：Parameter Range，50～MW+10，t=1～2sec；通过手动调节CE。
第三步：优化化合物参数
1、根据前面选出的母、子离子，组建MRM离子对
2、选择多个离子对时，应合理分配每一对的分析时间
3、用“Ramp”，优化Compound项下各参数，以及Source项下CAD参数。各离子对应分别设定。
4、初步建立MRM方法
第四步： 方法转化：将连续进样方法→LC-MS方法
1、关掉所有质谱分析界面，将现有质谱体系灭活，激活液相色谱、质谱设备。
2、单击Acquire中Build Acquire Method，打开上面保存过的MRM方法，添加设备：色谱泵、自动进样器等。
4、设置色谱同步。
色谱参数设置
分析时间一般为0.6～1min，流动相组成和流量与实际样品分析时相同；修改质谱分析时间，与色谱参数一致；设置GS1、GS2、TEM初始值为40、40、400左右，保存方法，例如：LC-MRM.dam。
第五步：FIA-优化Source参数
1、将前面用过的样品溶液稀释100～1000倍。
2、在Tune项下，双击 Quantitative Optimization，选择FIA分析，
3、根据向导进行自动优化。 不接色谱柱进行FIA定量优化
4、 注意：需要优化的各可选值之间用“;”分隔。
当对源参数含义及设置比较清楚后，可以省略此步。
第六步：色谱条件优化
1、接好并平衡色谱柱，用适当浓度标准品考察分离情况；
2、根据色谱分离情况，会设定梯度洗脱；
3、MRM方式可以不必所有峰都基线分离，但要注意避开；
4、基质离子抑制的干扰；
5、调整色谱流动相组成和流速，并相应调整源参数。
第七步：标准工作曲线的制作
1、空白基质添加标准品，稀释成不同浓度；
2、根据LC流动相组成，选择稀释液，配制实际样品；
3、编辑批处理文 件，排列进样顺序；
4、平衡MS离子源和色谱柱；
5、LC-MS/MS采集数据。
第八步：数据处理
参考：http://www.cnreagent.com/source/syziliao_502.html
https://wiki.antpedia.com/babubangningaodingyezhizhidedingliangfenxi-1468794-news