马祖酒厂成立于1956年，原名中兴酒厂，隶属马祖战地政务委员会。厂设复兴村，早年以酿造高粱酒、大曲酒、陈年老酒及各式纪念酒为主，于1983年设立马祖特产中心于台北市，供销各种马祖酒类，并与台湾烟酒公卖局协商将马祖酒纳入公卖系统。1992年战地政务终止，马祖酒厂脱离军方掌控，改隶连江县政府。1999年8月8日正式改制为马祖酒厂实业股份有限公司，下设南竿厂、东引厂及台北营业处等。
下图为近年来马祖酒厂推出的3种小酒版（100ml），其中45°东涌陈高系原东引酒厂酿造，其余2种58°马祖高粱酒均为南竿酒厂酿造，其中迷彩版可能供应部队。
下图4种东引高粱酒系2012年马祖东引厂出品，分为42°、50°、58°，以及陈高47°四种（80ml），台湾陈高酒（陈年高粱酒）至少需要窖藏5年以上。而马祖东引酒厂位于北纬26度，与贵州茅台酒厂和五粮液酒厂同处相同的纬度，是公认的最佳酿酒环境。其商标及外盒背景上的东涌灯塔是东引岛上最著名的地标建筑。
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