做招商加盟的企业必须要进行商业特许经营备案，主要基于以下几个原因：
1. 法规遵从与合规性：根据《商业特许经营管理条例》等相关法律法规，企业在开展特许经营活动时，需要进行备案。这是企业遵守国家法律、法规的基本要求，也是确保企业合法经营的必要步骤。
2. 保护企业权益：虽然商业特许经营备案并不构成政府对特许人经营资质的认可，但备案材料仍然可以作为解决争议的依据之一。在发生法律纠纷时，备案资料可能有助于企业维护自身的合法权益。
3. 提升企业信誉与市场竞争力：进行商业特许经营备案可以向潜在加盟商和消费者展示企业对法律法规的遵循和诚信度，从而有可能提升企业在市场上的信誉和竞争力。
4. 促进行业健康发展：商业特许经营备案制度的实施，有助于规范特许经营行业的发展，减少市场乱象和不良竞争。虽然备案属于形式审查，并不对经营资质进行实质性审查，但它仍可以为政府提供一个渠道，对市场进行一定程度的监管。
综上所述，做招商加盟的企业进行商业特许经营备案是必要且有益的，主要体现在确保其经营的合法性，有助于保护其权益，提升市场竞争力，同时也有助于行业的整体规范与健康发展。