滴灌的核心是防止堵塞。去除水中的各种有机物和无机物，是保证滴灌系统正常运行的关键设备，因此选择合适的过滤器是滴灌成功的前提。
滴灌系统灌水器的流道很小，容易堵塞，因此，为了确保滴灌系统的正常运行，即使使用更干净的水井或泉水作为滴灌水源，也必须设置过滤器。对于明渠水流，应在集水池前设置死亡或砾石层作为过滤装置，必要时应设置沉淀池，以确保进入水泵的水流干净，减少过滤负担。过滤器一般放在早期肥料设施后面。
常用的过滤器包括砾石过滤器、离心过滤器、网格过滤器和堆叠过滤器。
(1)砂石过滤器：也称为砂介质过滤器。钢罐上装满石英砂构成的。通过沙介质过滤杂质。砂石过滤器必须交替清洗。最好是自动反冲洗。
砂石过滤器过滤河水、湖泊中的有机杂质效果最好。通常在滴灌系统的第一部分安装为初级过滤器。
(2)离心过滤器：灌溉水通过该过滤器时，水呈离心状，将颗粒较大的沙粒分开，进入管家筒。积累一定时间后，人工或自动排放泥沙。
离心过滤器最适合过滤井水。经常制作井水滴灌过滤器一级过滤器。
(3)网状过滤器：通过过滤器过滤杂质的过滤器。
水质较好时，网眼过滤器可以单独使用。通常作为二级过滤器与砂石过滤器和离心过滤器一起使用。
(4)叠片过滤器：叠加过滤器将刻有凹槽的塑料叠加在一起，通过凹槽形成的通道通过水，拦截杂质，达到过滤目的。
(5) 如同网式过滤器： 像网络过滤器一样，水质好的时候可以单独使用。通常作为二级过滤器与砂石过滤器和离心过滤器一起使用。一般的过滤器组合方案有：有机杂质丰富的河流、湖泊：砂石过滤网式过滤器或叠砂粒丰富的井水：离心过滤网式过滤器或叠砂过滤质量好：另外使用网式过滤器或叠砂过滤器。