怀孕期间，孕妇的肠道菌群已经开始影响胎儿的发育，而在孩子出生时和出生后，母亲的菌群也会通过与婴儿朝夕相处而直接或间接地影响到他们。因此，了解孕妇肠道菌群的变化，保持健康的肠道菌群对母亲和婴儿都非常重要。
有实验在妊娠的早期、中期和晚期分别采集孕妇粪便，分析妊娠不同时期粪便中细菌的组成，借以了解孕妇肠道菌群的变化。结果发现，孕妇肠道菌胖的多样性随孕周的增加逐渐减少，其中对健康有益的细菌随着孕周的增加逐渐减少、与疾病有关的细菌则逐渐增多。一方面，这些变化导致孕妇代谢状况的改变，促进身体储存更多的能量，为胎儿生长创造条件。另一方面，孕妇肠道的炎性反应会随着怀孕的进程逐渐增加。有两个和代谢最相关的改变就是身体脂肪增加以致体重增加和机体对胰岛素敏感性降低，导致糖尿病样变化。故此，肥胖和糖尿病成为常见的妊娠综合征。这些研究亦显示孕妇的身体通过与微生物群体协作，并把肠道细菌作为一种调节身体代谢的工具来帮助孕妇获取更多的能量以支持胎儿的发育。 孕妇总会被劝：你不吃，肚子里的孩子也得吃啊；为了孩子，多少吃点；等等。但是，为了保证生一个健康的孩子，孕妇首先需要保证拥有健康的肠道菌群，应该尽可能地维护肠道的健康，不要让肠道微生态在整个孕期的不同阶段发生太多的改变。
如果因为疾病的原因，在怀孕期间甚至怀孕前必须使用抗生素，就应该在饮食上做出调节，必要时还需要服用益生菌和益生元，帮助肠道尽可能重建健康的肠道菌群，把抗生素的副作用降到最低。
维生素D对保持一个健康的肠道菌群结构也非常重要。维生素D可以保护肠黏膜，防止肠漏，防止有害物质进入血液。怀孕期问孕妇应该检查维生素D的水平，并注意补充维生素D。维生素D不仅对孕妇很重要、对孩子建立健康的肠道菌群也很重要。