哈尔滨市第三中学是黑龙江省级重点中学，全国中小学德育工作先进集体，全国文明单位。拥有南岗校区（老校区）、群力校区（新校区）两个校区。黑龙江省排名第一的高中。
哈尔滨市第三中学成立于1923年10月，初名为 中东铁路普育学校 ，由督办王景春创建，校址在南岗原莫斯科商场第二号房（现省博物馆内）。
成立之初的普育学校只有小学部和幼儿园部，稍后才有初中部，当时名叫“一区十七小学”。其校舍是借用莫斯科兵营商场的场地（后改为莫斯科商场、东省文博会等，今省博物馆址）。
1926年8月，被东省特别区教育局接管。东省特别区收回办学权。
1927年将普育学校改为“ 东省特别区第三中学 ”，并增设了高中班。
1928年，新校舍建成后才将中学部校舍迁回现址，即南岗区果戈里大街415号老校区校址，而小学部仍称十七小学，幼儿园则随中学部迁走并仍作为附设机构存在。
“九·一八”事变后，校址被日伪第四军管区占用，第三中学并到道外区景阳街的“第二中学”，先后改名为“ 东省特别区区立师范 ”、“ 第二中学 ”、“ 第三中学 ”、“ 滨江省立哈尔滨市第三国民高等学校 ”。
1945年哈尔滨光复后，*党**中央决定由李兆麟同志以滨江省副省长的名义，宣布组建哈尔滨市保安总队，总部就设在哈三中的这栋建筑。
1945年3月，学校迁回现址，校名改为“ 哈尔滨市第二中学 ”。
1946年，“四·二八”哈尔滨解放后，改名为“ 松江省立第二中学 ”。
1954年3月，迁回现址，校名改为“ 哈尔滨市第二中学 ”。并被定为哈尔滨市重点中学。
1964年，校名恢复为“ 哈尔滨市第三中学 ”。
1978年，被正式确立为黑龙江省省级重点中学。
1995年，学校与哈尔滨松雷集团合作，建立哈尔滨市松雷中学。
1999年，学校民办公助校三发中学成立。
21世纪初，学校在哈双公路附近建立新校区，2002年秋季落成并正式启用。
