炎症性肠病，是慢性病，临床表现为活动期缓解期交替进行。活动期时，患者表现为比较频繁的腹泻，也就是说大便次数增多、便血、或粘液脓血便，乏力、里急后重等。缓解期时患者大便次数减少，接近正常，大便性状正常，成形。
病理活检是如何界定炎症活动性的呢？
一般来说，在日常的诊断工作中，对所取活检组织标本要进行活动性分级，也就是说要对中性粒细胞介导的上皮损伤程度进行评估，将炎症粘膜病变分为静止期（非活动期）、轻度活动性、中度活动性、重度活动性四个级别。
1. 静止期：也称为非活动期，主要表现为表面上皮、粘膜固有层、隐窝均无中性粒细胞浸润，没有糜烂、溃疡。
如果粘膜固有层单核细胞浸润明显，还需要对病变“非活动性”进行分级。
2. 轻度活动性：中性粒细胞浸润表面上皮或局部隐窝炎累及＜25%隐窝，罕见隐窝脓肿（不超过1个）。
3. 中度活动性：较多隐窝有中性粒细胞浸润（≥25%隐窝受累），或明显隐窝脓肿（2个以上）。
4. 重度活动性：弥漫隐窝炎或隐窝脓肿（≥50%隐窝受累），或黏膜糜烂或溃疡。
需要注意的是，这种分级仅针对单个活检标本。
组织学活动性分级与活检取材部位相关，不同部位病变程度不一致，活检所见不同部位活动度可能存在差异。
当内镜活检避开糜烂或溃疡取材时，组织学可能仅表现为轻度活动性或静止性，与内镜活动度不一致。如果出现这种情况，是与活检的部位有关，所以一定要结合临床，不能只是片面地看病理活检报告。
克罗恩病炎症呈斑片状、节段性分布，活检取材部位不同，造成的偏倚较大，一定要注明在什么部位取的活检，才方便全盘考虑，得出比较准确的病理诊断。也就是说，仅仅一块活检组织所见的结果，仅仅代表这块组织的病理改变。溃疡性结肠炎，由于粘膜炎症呈现连续性弥漫性分布，所以检查的偏倚比克罗恩病少。
组织学黏膜愈合
炎症性肠病被确诊后，就开始了治疗之旅。治疗的过程中，需要了解治疗的效果，判断药物的疗效，除了了解临床症状的变化以外，要了解肠粘膜炎症的变化，是加重了，还是愈复了，为了这个目标，则需要结肠镜检查加病理活检。
病理活检组织的粘膜炎症变化和结构变化，对于评估药物的治疗反应具有非常重要的意义。
也有专家采用组织学分级系统地对溃疡性结肠炎病变严重程度进行分级，对急性和慢性炎症细胞浸润程度、基底浆细胞增多、隐窝结构改变等进行综合评估，用于临床诊断及临床试验中评估治疗前后黏膜病变情况，但由于多数分级系统实际操作复杂、重复性差，目前诊断工作中尚无统一的分级系统。
目前对于组织学黏膜愈合（histological mucosal healing）尚无统一的标准，有的形容为黏膜形态完全恢复正常，也有的形容为黏膜病变好转，隐窝变形及炎症细胞浸润程度减轻，残留黏膜损伤可持续存在，仍可见如隐窝密度减少伴隐窝分支、隐窝缩短等改变。
组织学缓解（histological remission）病例仅残留微小显微镜下病变，无活动性改变，容易获得内镜及临床缓解，减少手术切除概率。炎症性肠病常常缓解、复发交替进行，复发的危险因素可能与粘膜慢性炎症，持续黏膜全层炎症细胞浸润、基底浆细胞增多、大量嗜酸性粒细胞浸润等有关。
如果在临床实践中见黏膜无明显活动性，且表面上皮完整，但隐窝大量或完全消失。这类病例也在临床上可以见到，如何分级尚无定论，但是可以在备注中加以说明。
对于组织学愈合或组织学缓解，溃疡性结肠炎由于炎症弥漫性分布，评估结果更可靠；
克罗恩病由于炎症分布的不均一性，可能由于活检取材偏倚，影响组织学评估的可靠性。
随着炎症性肠病治疗的发展，组织学愈合受到日益关注，组织学愈合逐渐成为炎症性肠病评估的重要标准。
医学在进步，对于炎症性肠病的病理学认识也在进步，如何评估活动期、缓解期、粘膜愈合等，标准还未统一，研究仍然在路上。
