微生物多样性取样方法总结

最全的微生物多样性样品采集方法总结

微生物多样性取样方法总结

样品 第一站

样本准备前注意事项

标本采集是否符合要求,直接影响检验质量。因此要求做到及时性、合理性、有效性、代表性,以下注意事项为取样前读原则:

A. 采集的标本应盛于无菌容器内,确保所采集的标本无外源性的污染;

B. 根据目的菌的种类(需氧菌、厌氧菌等)采用不同的方法采集标本;

C. 所采集的标本必须有代表性;

D. 采集量不得过少,否则提取的DNA量过少不能满足后续实验;

E. 对样本的来源、采集过程和方法等作详细记录。

微生物多样性取样方法总结

样品 第二站

土壤、泥沙、岩石样本

A. 选取采样地点,除去土壤表层未分解的凋落物层,先多点 采集土壤表面腐殖质层,然后用土壤取样器随机多点分别采集 0~10cm 及 10~25cm土层土壤混合样品;

B. 样品带回实验室后过 2mm 筛后;3-5g分装至EP管或冻存管中;

C. 迅速置于液氮中冷冻 3~4 小时,然后转移至-80°C 或液氮中长期保存;

运送方式:干冰运输。

微生物多样性取样方法总结

样品 第三站

粪便、污泥样本

A. 清晨采集动物的新鲜粪便或污泥样品,放于无菌离心管或其它无菌容器中;

B. 样品带回实验室后分装至5mL或更大体积的离心管或冻存管中;或用PBS进行清洗,离心收集沉淀,分装于2 mL离心管中;

C. 迅速置于液氮中冷冻 3~4 小时,然后转移至-80°C 或液氮中长期保存;

D. 运送方式:干冰运输。

微生物多样性取样方法总结

样品 第四站

动物胃肠道样本

A. 无菌条件下对动物个体进行处理,用75%酒精擦拭体表,用无菌解剖剪剪开动物腹部,取出胃肠道等目的器官,用PBS进行清洗,离心收集沉淀,分装于2 mL无菌离心管中;

B. 迅速置于液氮中冷冻 3~4 小时,然后转移至-80°C 或液氮中长期保存;

C. 运送方式:干冰运输。

微生物多样性取样方法总结

样品 第五站

水样(海洋、湖泊、鱼塘、自来水)

A. 采用三点取样法取样,取表层水,样品用经过灭菌的洁净纯净水瓶进行采集,采样前用所采水样将其反复冲洗数遍;

B. 对于水质较为清澈(目测)的或微生物含量极其稀少的水样如:自来水、井水、泉水等,用采集回来的水样样品至少1L通过 0.22μm 的微孔滤膜真空过滤,水样中的总微生物被富集滤膜表面,液氮速冻3-5min,-80℃保存;

C. 对于水质较为混浊的(或微生物含量较为丰富的)水样,如:海水,湖泊水,鱼塘里的水,包括污水等。用采集回的水,三点水样混合摇匀后取80mL分装在两个无菌的50mL的离心管,每个分装40mL,防止分装过满,水样冰冻后体积膨胀,导致离心管破裂,被其它微生物群体污染。液氮速冻3-5min,-80℃保存。

D. 运送方式:干冰运输。

微生物多样性取样方法总结

样品 第六站

茶叶、叶片表面微生物

A. 10克茶叶,加入50~100mL PBS缓冲液,振荡30到60分钟,150-200r/min,超声5分钟,再振荡30到60分钟,150-200r/min,取上清液加入到50mL离心管,1500 r/min离心1分钟,将上清液转移到另一个50mL离心管,12000 r/min离心10分钟得菌体;

B. 迅速置于液氮中冷冻 3~4 小时,然后转移至-80°C 或液氮中长期保存;

C. 运送方式:干冰运输。

以上是微生物多样性测序最常见样品的取样建议,各位可以根据研究目的和样品实际情况作为参考,若没有涉及的样品大家可以给我们留言。