在很久很久以前，洞庭湖畔有一座小村庄，村里世代捕鱼为生。村中有个小伙子叫石生，从小跟随父亲在船上劳作，长年累月皮肤晒得黝黑，身材也高大挺拔。石生不仅勤劳善良，还练得一身好水性，在湖中潜水捕鱼如同家常便饭。村里的老人都说，石生将来必定会继承父亲的衣钵，成为村里的捕鱼能手。
这一年洞庭湖突发大水，一时间白浪滔天，渔船摇摇欲坠，石生奋不顾身地驾船在湖上疏散乡亲，将他们安全地送到岸上。正当石生准备返回时，一个白裙飘飘的女子忽然从水中冒了出来，向他呼救。石生将女子救上船，正想问她的来历，不料一个浪头打来，将她卷入湖中。石生来不及多想，跃入湖中救人。
他潜入水底四处寻找，但始终没有找到那名女子的身影。就在石生失望地准备返回时，忽然发现一根白绳从水底伸了出来。他抓住白绳往上拉，竟发现一具巨大的青石板被人凿空雕刻成棺材的模样。石生打开棺盖，发现那女子正躺在里面一动不动。石生将女子抱回村中，经过村中老人的救治，她终于苏醒过来。
原来这名女子是青蛇精，因误食仙丹才变成这般模样。青蛇告诉石生，若能帮她找到九叶灵芝草，她便能恢复原样。石生告别青蛇，踏上了寻找九叶灵芝草的征程。他历尽千辛万苦，终于在一座深山古洞中找到了九叶灵芝草。当他带着草药回到村庄时，却发现青蛇已经恢复了原样。
青蛇感激涕零，对石生说道：“你为了救我，吃了不少苦头，我愿与你结为夫妻。”石生听后高兴地答应了。不久后，青蛇与石生结为夫妻，夫妻俩恩爱有加，生活得十分幸福。
然而好景不长，一日一个道士闯进了村庄，他告诉村民们，青蛇是妖精，会给村庄带来灾难。村民们害怕不已，纷纷要求处死青蛇。石生挺身而出，护住青蛇。道士与石生展开激战，然而村民们不肯善罢甘休，联合起来*攻围**石生和青蛇。
青蛇为了保护丈夫和村民，甘愿牺牲自己与道士斗法，最终青蛇化作一道青光消失在天际，只留下一串晶莹的泪珠。石生悲痛欲绝，紧紧地握住那串泪珠。就在这时，泪珠忽然发出一道青色光芒直冲云霄。随后天空中出现了一朵五彩祥云，将石生和青蛇接到了天宫之中。
原来青蛇并非凡间的蛇精，而是瑶池中的青蛇仙子。她因误食仙丹才下凡历劫，如今劫数已过，她将功补过，升入仙班。而石生也因救妻心切，感动了上天，被赐予长寿。从此以后，石生和青蛇在天上过上了幸福美满的生活。
他们常常回到人间看望村民们，并给他们送去长寿和幸福。村民们也渐渐明白了妖精和神仙之间的区别并非那么简单，开始懂得珍惜生命和善待他人。