上海市儿童医院泌尿外科成立于20世纪70年代，是国内最早独立建科的小儿泌尿外科专业科室之一。是亚太地区小儿泌尿外科协会（Asia Pacific Association of Pediatric Urologist，APAPU）会员，国际儿童内镜外科协会（International PediatricEndosurgery Group，IPEG）会员，中华医学会小儿外科分会委员，中华医学会小儿外科分会青年委员会委员，中华医学会小儿外科分会泌尿外科学组委员，中国医师协会儿外科医师分会委员，中国医师协会青春期医学专业委员会委员，中国妇幼保健协会妇幼微创分会委员，中国妇幼保健协会妇幼微创专业委员会小儿泌尿微创学组常务委员，上海市医学会小儿外科分会委员，上海市医学会泌尿外科专科分会委员，上海市医师协会泌尿外科医师分会委员会委员等成员单位。
科室现有博士生导师1名，硕士生导师1名。主任医师2名，副主任医师3名，主治及住院医师7名。自2010年以来，相继获得了上海市优秀学科带头人计划、上海市曙光计划以及上海市医学领军人才计划等多项人才培养项目。科室骨干数人获得上海市“青年医师培养资助计划”及上海市儿童医院“优秀青年培养计划”等。科室派送多人多次赴美国波士顿儿童医院、费城儿童医院、多伦多病儿医院等国际著名小儿泌尿外科诊治中心进行交流访问。目前已完成培养博士研究生2名，硕士研究生7名；在培博士研究生5名，硕士研究生4名。
科室现有床位36张。配备有国际先进的诊治仪器与器械，拥有专业的尿流动力室、实验室、上海市交通大学“先天性泌尿生殖系畸形外科诊治中心”等，诊治范围涉及所有小儿泌尿外科疾病的诊断与治疗。在学科带头人陈方教授与科主任谢华主任医师的带领下，自2010年起保持每年完成大中型手术超千例，总手术量逾3000例，在膀胱外翻/尿道上裂、尿道下裂、肾积水、泌尿系肿瘤等诊治方面均位于国内先进水平，部分已达国内领先、国际先进水平；科室95%以上的病儿来自外省市，近年来慕名求诊的港澳及国外病例数也逐年上升，已成为国内少数具有全面、专业的小儿泌尿生殖系统先天畸形疾病诊断、治疗、科研等能力的学科。目前在国内率先开展小儿泌尿外科达芬奇机器人辅助手术；是儿童医院最早开展多学科联合诊治的科室，与内分泌科、神经外科、小儿外科、血液肿瘤科等进行学科交叉与合作，在国内业已具有了一定影响力，尤其作为国内最先开展性别发育异常的多学科伦理的重要组成部分，在临床诊治方面开创国内先河，建立了许多诊治规范与流程。
自2010年以来，泌尿外科承担国家自然科学基金、上海市科委、上海市卫计委等国家级与市局级科研课题十余项；参与编写专业书籍近10部；发表SCI论文及核心期刊论文近30篇；专利2项。曾获第七届宋庆龄儿科医学奖。连续6年主办国家级医学继续教育培训“儿童尿道下裂个体化诊治与进展学习班暨中国尿道下裂论坛”，协办并参与国内外近百余次学术会议及活动。作为牵头单位联合上海多家小儿泌尿外科专业团队进行了“新生儿严重泌尿系统畸形规范化诊治的多中心临床研究”等多项多中心的临床研究。
培养规培医师50余名、进修医师10名，进修护士2名，连续5年进行上海交通大学医学院《儿科学进展》的“小儿泌尿生殖系统疾病诊治进展”的教学授课。在科室自我培训教学方面，参考美国费城儿童医院、波士顿儿童医院小儿泌尿外科的各级医师教学与自学理念，建立了适合本科室的规范化教学流程，始终保持与国际先进理念与先进技术同步，确保在国内的领先地位。
科室特色
1. 微创：微创技术，尤其是应用腹腔镜技术在小儿泌尿外科疾病诊治已成为科室的特色项目，由陈方教授领衔、率领上海市儿科医院、新华医院、儿童医学中心小儿泌尿外科开展的上海市“儿童泌尿外科腹腔镜诊治及重建技术应用研究”，标志着我科已成为国内为数不多的诊治范围最全面的小儿泌尿外科微创中心之一。目前，科室在腹腔镜下肾盂成形术和输尿管再植术、肾发育不良合并输尿管开口异位的腹腔镜诊治、未触及隐睾的腹腔镜诊治以及尿道瓣膜和输尿管囊肿膀胱镜微创诊治等方面已建立完善的规范，并取得良好的治疗效果。2013年年底，谢华主任医师通过达芬奇机器人操作培训，成为中国大陆首位获得该项资质的小儿泌尿外科医师，随后，与上海长海医院合作，首次成功开展了小儿泌尿外科达芬奇机器人辅助腹腔镜手术，并在肾盂成形、输尿管再植、肾肿瘤及肾上腺肿瘤的机器人辅助腹腔镜手术方面，达到国内领先、国际先进水平。
2. 尿道下裂：尿道下裂是小儿泌尿外科常见的先天性畸形。近年来尿道下裂发病率逐年趋于增高，尤其是重度尿道下裂病例数量明显增多，程度趋于严重。科室近5年尿道下裂手术病例数平均每年呈20%以上增长。陈方教授率先在国内开展了采用尿道板纵切卷管尿道成形治疗尿道下裂，由陈方教授和谢华主任领衔的上海市交通大学“先天性泌尿生殖系畸形外科诊治中心”尿道下裂诊治小组目前每年诊治全国各地乃至国外尿道下裂病患近400例，并且率先在国内开展小年龄（6个月）婴儿的尿道下裂手术治疗。同时，科室成立的尿道下裂护理小组率先在国内开展“先天性尿道下裂儿童及家长心理行为问题的现状调查和干预研究”。已建立起一套儿童尿道下裂专业的临床医疗和护理常规，成为国内少数医、护、教、研全面的尿道下裂诊治中心。据此，科室自2012年起至今每年成功举办国家级继续教育项目“儿童尿道下裂个体化诊治与进展”以及“中国尿道下裂论坛”，已在国内小儿泌尿外科界形成一定的品牌和知名度，由于该学习班每年邀请国外著名尿道下裂手术的专家授课，一定程度上也扩大了国际影响力。
3. 上尿路畸形：儿童肾积水、肾发育不良、肾重复畸形、输尿管积水、输尿管开口异位、输尿管囊肿、膀胱输尿管反流等上尿路畸形在小儿泌尿外科先天性疾病中占很大比例。陈方教授在国内率先开展了胎儿和新生儿尿路积水的治疗对策的临床研究，提高了儿童肾、输尿管积水的确诊率和成功率，由陈方教授和谢华主任领衔的上海市交通大学“先天性泌尿生殖系畸形外科诊治中心”上尿路畸形诊治小组，在病因诊断和手术病例数量、种类、诊治成功率方面处于国际先进、国内领先水平。
4. 肿瘤：科室与儿童血液肿瘤内科联合，成立儿童肿瘤诊治协作组，制定肾母细胞瘤、肾上腺良性肿瘤、嗜铬细胞瘤、神经母细胞瘤、泌尿系横纹肌肉瘤、*丸睾**肿瘤和卵巢肿瘤等小儿泌尿系肿瘤的诊治流程，在提高术前诊断率、肿瘤的手术完整切除率和术后生存率方面，实行强强联合，获得良好的治疗效果。对于肾母细胞瘤和肾上腺肿瘤的总生存率已接近或达到国际水平，尤其是儿童*丸睾**畸胎瘤的完整剜除，保留正常*丸睾**组织方面，处于国内领先水平。
5. 疑难病与少见病的诊治：科室在性别发育异常、膀胱外翻和尿道上裂、尿道重复畸形、尿道瓣膜、先天性尿道憩室、神经原性膀胱、外伤性尿道断裂等疑难病以及少见病的诊治方面也有独到的经验。所诊治的病例数也居国内领先。形成多学科联合，共同设计针对病患具体情况的个体化治疗方案，以提高诊治的准确性和成功率。随着由陈方教授和谢华主任领衔的上海市交通大学“先天性泌尿生殖系畸形外科诊治中心”成立，这类病例的就诊数量逐年上升，部分疑难病及少见病的诊治成功率已接近国际先进水平。