锅炉控制系统指在保护锅炉并确保锅炉正常运行。这些系统包括燃烧控制系统、火焰保护装置和水位控制。
·首先是燃烧控制系统，它是调节燃料和空气的混合以实现安全高效的燃烧，并保持适当的蒸汽系统压力。控制系统的复杂程度各不相同。简单的系统在燃料调节阀和燃烧空气阻尼器之间使用固定连杆称为单点定位。蒸汽压力的变化使燃烧空气和燃料成比例地变化。
现代系统依靠来自数字变送器的信号来确定燃油阀和空气阻尼器各自的位置，并且通常会针对超出设计参数的情况提供警报以进行调查和补救，这就是所谓的全过程监控系统。
·其次则是燃烧器火焰保护系统，它是由火焰检测系统、联锁装置和继电器组成的装置。它将感测炉中火焰是否恰当，并在出现危险情况时关闭燃料。现代燃烧系统与火焰保护系统以及压力限制开关、低水位切断装置和其他安全控制装置紧密相连。当出现不安全情况时，这些装置将停止向锅炉输入能量。
火焰防护系统可感应火焰状况是否良好以及燃烧是否恰当，并对燃烧器系统的操作进行编程，以便电机、鼓风机、点火和燃油阀仅在需要时才通电，按正确的顺序通电。
·最后则是水位控制，锅炉水位控制系统确保锅炉内的安全水位。通常控制系统向给水控制阀提供信号以调节给水速率。仅感测水位的简单水位控制系统是单元件系统，更复杂的系统包含额外的数据，例如蒸汽流量双元件系统和给水流量三元件系统，并将在负载突变期间提供更好的水位控制。
