明代贵州的移民中，移民数量最多且影响最为深远的当属军事移民。明王朝派大军征服云南，而贵州作为中原进入云南的最为便捷之地，战略地位凸显。为了保障征滇顺利，朱元璋决定在具有战略地位的地方建城设卫。统一云南后，为了确保西南边疆的安全逐步加大设立卫所的步伐，进行大规模的军事移民。洪武时期在今贵州境内设置20多个卫所，其中，除地处贵州东部边沿的五开、铜鼓、平溪、清浪、偏桥、镇远等六卫史称“边六卫”，属湖广都司管辖外，其余大都属贵州都司管辖。
湘黔的卫所和府
有关明代前期贵州都司所辖正军数存在不同说法《明实录》记载:成化三年，贵州巡抚李浩奏称贵州军额就有十六万余。明代前期贵州都司所辖20卫所，除去今属四川省的永宁卫和普市千户所外，按十五万人计算，加上地处湘黔驿道今属黔东南的“边六卫”七万五千余名军卒，这样贵州明前期移入的军伍将近有二十三万人。显然，卫所军士并非军事移民的实际人口数，著名史学家王毓锉认为按明代的军政制度，每一军户出正军一名，每一正军携带户下余丁一名，在营生理，佐助正军，供给军装等。余丁也有妻小。
明初，今贵州所属各卫所正军大都来自内地长江中下游和中原地区，年纪相对年轻，基本可称为“核心家庭”。笔者保守地按每户三人算，今贵州在明初所移入的军户人口就接近70万人。如果加上余丁及其家属，移入今贵州的军事人口至少超过130万人。这对当时地广人稀以少数民族为主的贵州来说，数量相当庞大。
这些军事移民到底来自于哪里？在贵州有一种说法，大部分来自南京。
贵州西北地区有一个自称“南京人”或“南京族”的族群，留存的碑刻、谱书以及“南京人”口口相传的故事等资料都说明他们是明初进入贵州的汉族人
但由于年代久远，历经战乱及民族融合，与这个族群有关的信息只剩下支离破碎的片段。许多人对这个族群的来源、迁移时间及迁移路线等问题进行了猜测和考证，受限于史料缺乏，对于贵州“南京人”的介绍都很简短。如云南《镇雄县志》载:“明初，从南京先后来黔的南京人，原系汉人。对贵州“南京人”的族源最正式也最详细的介绍来自《贵州省志·民族志》，该书提到，“南京人是明代因战争流落或避祸出逃来黔的”，并认为这些人是在明洪武时期，随赵云贵征讨元朝残余势力后留驻屯守的将士。
但是有学者对这一说法提出了质疑。
首先是南京人服役的部队并没有参加对云南、贵州的军事行动和卫所的营建。
元末明初，贵州实际上处于自治状态，由大大小小的土司控制，无论是元的势力还是明的势力都很薄弱。洪武四年(1371年)，在贵州建立最早的卫所—贵州卫，大致位于现在的贵阳市，而贵州卫的军士则来源于征蜀的士兵。贵州卫是平定四川后在贵州建立的第一个也是唯一的一个卫，七年之后，建立了黄平守御千户所，军士则来源于贵州卫及四川所属其他卫。
屯守贵州的兵士还有另一部分，即傅友德征讨云南时在贵州设立了许多卫所，留了军士戍守。但是，这些军士也不是南京人。贵州在永乐十一年(1413年)才建省，在此之前，贵州所辖地域主要由湖广、云南管辖。洪武四年之后，贵州的第一个卫所建立，从此才有正式的军事机构。听从李文忠的建议，军务改为四川、云南管辖，行政上则依然多由湖广、云南管辖。之后仅仅建立了黄平守御千户所。一直到洪武十五年，在征战云南的过程中才建立了一系列的卫所，并同期建立了贵州都指挥使司，这些卫所及前期建立的贵州卫、黄平守御千户所则隶属于贵州都指挥使司。
平定云南所建立的卫所军士来自哪里？在《太祖洪武实录》中有如下记载:“洪武十五年三月丁亥，征南将军颖川侯傅友德遣人入京奏事。先是，上谕友德等以云南既平，留江西、浙江、湖广、河南四都司兵守之，控扼要害，考元时所留兵数，并计岁用及税粮徭役之法，与凡事之便宜以闻。”这段文字明确说明征云南取得胜利后留戍的军士来源于江西、浙江、湖广、河南四都司，而不是生活在南京的京军。
既然明代的军事征伐和卫所营建都没有南京人参加，但到底为什么会出现这么多自称是南京人后代的贵州人呢？
至今贵州还有这枚一种叫“穿青衣人”族群，自称是屯堡人的后代，也就是屯军的后代
再翻翻历史典籍，我们会发现一个出处。
戍守贵州的将士还有一个来源，即获罪被押送到贵州充军的囚犯。“充军者，明初唯边方屯种。”贵州在明代是典型的“边方”地区。明初的充军制度有地域限制，“洪武二十六年定……应充军者……依南北籍编排甲为二册……如浙江、河南、山东、陕西、山西、北平、福建、直隶应天、庐州、凤阳、淮安、扬州、苏州、松江、常州、和州、滁州、徐州人，发云南四川属卫”。按照这种规定，南京人(直隶应天)充军的卫所就很有可能在贵州，因为贵州当时没有建省，贵州境内绝大多数卫所所在的地界正是云南、四川两省(当时称为布政司)管辖。
在明初，有两个事件形成了大规模的从南京向云南、四川两省的充军。一是朱元璋时期的蓝玉谋反案。蓝玉于洪武二十六年以谋反罪被杀，因连坐制度，明初的重臣因为这个事件被诛杀殆尽。很显然这个事件中充军者不计其数，同年就制定了流放的地域规定，南京籍应充军者只能去云南、四川属卫充军，也就极有可能在贵州各卫所戍守。另一个事件是靖难之役。明成祖取得天下后，对建文帝的臣子进行了*害迫**，也有许多人因连坐制受累充军。
为了掩盖明成祖篡位的事实，对于靖难之役，明初的史料不仅多有遗漏，而且严重失实，史料最翔实的《太祖洪武实录》就连修了3次。关于明太祖诛杀功臣的蓝玉案和明成祖在靖难之役后诛杀建文朝诸臣的记载一笔带过，受这两个事件牵连而被充军者的记载在正史上几乎没有。所以，因为这两个事件从南京充军来贵州的具体是什么人、多少人也就无从考证，只能假设和猜测了。